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冻干机在冻干过程中，为使干燥箱体的压力低于该温度下水的饱和蒸气压，需要采用真空泵组成的真空系统。真空系统的能力通常用排气速率来表示，即单位时间内真空系统排出气体的体积，通常用升／分(L／min)表示。
在通常情况下，冻干腔室的压力控制有两种不同的方式。一种是调节干燥箱体与冷凝器之间的阀门，改变两者间的通道面积；另一种是向腔室适当地充入气体，周期地引入定量空气或其他气体，使腔室内压力保持在一定范围。
后一类冻干机需要设置独立的进气系统。为了把冻干过程控制在设定状态，依靠电磁阀和微调式的针形阀门来实现进气量的精确控制。进气系统应该配置气体除菌过滤装置，以控制导入的空气或氮气中的微生物。
所谓冻干工艺过程的计算机编程控制，是将工艺过程的各种温度、真空度信号分阶段实施调控，并将工艺过程的各温度、压力数值由记录仪自动记录下来的控制方式。
近年来还出现了将冻干机的核心控制单元与微型计算机相结合，构成一台微机对一台或多台冻干机进行监控调节的智能化集中控制系统。控制系统的显示界面由数字显示方式向微型计算机图形界面的显示系统、触摸屏显示控制的方向转变。
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