CellPhoneDB是一个受配体及其相互作用的数据库,整合了UniProt, ensemble, PDB, IMEx,IUPHAR等数据库的信息。CellPhoneDB数据库概况如下图所示 本文将从头开始介绍(1)如何安装cellphonedb以及解决可能的报错,(2)如何下载cellphonedb数据库,(3)单细胞数据提取输入文件 以及(4)简单的可视化. 一 cellphonedb准备 1,cellphonedb安装 考虑到不同的生信软件对于python 或者 R 的版本要求不一致,建议建立一个独立的python环境。官网https://github.com/ventolab/CellphoneDB介绍了conda 和 virtualenv 2种方式,这里使用conda的方式。 1) Create python=>3.6 environment
2) Activate environment
3) Install CellPhoneDB
ERROR1:如果这一步出现如下报错 解决方式就是先安装一下rpy2
安装之后再安装pipinstallcellphonedb 即可。 检测方式:在终端输入cellphonedb ,出现如下截图的提示则安装成功,cellphonedb主要commands有四个,本文主要介绍一下红框内的method和plot,database也很重要 。 安装成功! 2,下载cellphoneDB数据库 一般直接默认选择最新的版本。 (1)使用上述的database参数下载数据库文件,
(2)在https://github.com/ventolab/CellphoneDB-data 网址手动下载cellphone.db文件 。 以上两种方式均可以,记清楚数据库文件所在的路径就可以。 3,准备输入文件 在单细胞的seuratObject文件中提取矩阵文件和注释文件,这里以以一个样本为例
将上述的test_count.txt ,test_meta.txt 和 cellphone.db文件,上传到终端。 二 cellphonedb 计算 1,method-计算通讯关系 (1)首先使用method参数进行主要的细胞通讯计算
主要参数: --database :cellphonedb数据库文件 --counts-data :count 矩阵是基因名格式,添加参数--counts-data=gene_name ;如果行名为ensemble名称的话,可以使用默认值。 --output-path :输出路径 其他一些默认参数:Threshold:0.1 Iterations:1000 Debug-seed:-1 Threads:4 Precision:3 (2)运算完成后,会在输出路径下得到以下4个文件: deconvoluted.txt:基因在亚群中的平均表达量 2, cellphonedb可视化cellphonedb提供了plot函数可以进行简单的可视化
ERROR2:如果出现如下报错
解决方式:可以将markupsafe降为2.0.1 。
ERROR3:出现如下报错,提示没有ggplot2 解决方式:安装R环境以及对应的R包
之后再运行plot即可得到以下2张图 至此cellphonedb的主要分析就完成了! A:当然希望你不会遇到以上ERROR,如果遇到了那就解决就完事。 B:当然也可以根据method得到的4个结果文件,使用ggplot2或其他R包自行绘制 (以待后续)。 参考资料: https://github.com/Teichlab/cellphonedb ◆ ◆ ◆ ◆ ◆ 精心整理(含图PLUS版)|R语言生信分析,可视化(R统计,ggplot2绘图,生信图形可视化汇总) |
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