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有一些科研想法即使有价值也不珍贵啊

 健明 2022-12-06 发布于广东

说的就是生物信息学数据挖掘领域,大家耳熟能详的策略有;

  • 差异分析+PPI网络+hub基因
  • WGCNA+hub基因
  • 诊断模型构建
  • 预后模型构建
  • 肿瘤免疫,CIBERSOFT计算的LM22比例分组,以及ESTIMATE算法等等
  • m6A等生物学功能基因集
  • 药敏信息

(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)均可走上述流程,也就是说33种癌症乘以5种亚型,乘以5种分子,乘以15个策略就已经是过万篇数据挖掘课题了,而且你仔细搜索一下就发现,真的是已经有了过万篇数据挖掘文章了哦!

当然了,现在是单细胞时代,所以上面的科研思路全部套用到到单细胞水平即可,预后相关的单细胞亚群,特异性单细胞亚群标记基因的诊断或者预后作用。顺应时代,我们培养了大量的生物信息学实习生和学徒,他们也需要项目练手,所以有一些简单的数据挖掘辅助服务(跟发文章没有关系),仅仅是明码标价。因为做教程这些年,经常有小伙伴在后台求助我们,希望可以做一个对咱们生信工程师来说是举手之劳的数据分析,所以有了:最低仅需800,就有一个生信工程师为你服务! ,可以看到,都是常规分析,比如:

其实就是难者不会,会者不难 ,毕竟每个人要成为一个能做这些举手之劳分析的工程师,就需要至少一年的努力学习,为大家的学习和付出买单是理所当然的。

科研想法撞车是很正常的事情吧

有一些肿瘤,做的人非常多,比如肺癌,胃癌,结直肠癌,但是它们的单细胞数据集就那些,所以很多数据挖掘文章都是处理的同样的数据集,可能就是落脚点不一样,绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分,包括淋巴系(T,B,NK细胞)和髓系(单核,树突,巨噬,粒细胞)的两大类作为第二次细分亚群。但是也有不少文章是抓住stromal 里面的fibo 和endo进行细分,并且编造生物学故事的。

最近《单细胞天地》公众号就分享了《结直肠癌中的B细胞单细胞图谱及临床情况》,英文标题:Single-cell landscape and clinical outcomes of infiltrating B cells in colorectal cancer ,处理了两个单细胞数据集,就是GSE132465 和 GSE146771,然后提取了里面的B细胞编织科研故事。

但是诡异的是,半年前的一个单细胞转录组数据集的降维聚类分群的商业委托的粉丝居然找上门来讨要说法:

上门来讨要说法

首先,这些:最低仅需800,就有一个生信工程师为你服务! ,可以看到,都是常规分析,粉丝自己拿到了数据分析结果自己没有成功发表文章是自己的问题吧。不能因为自己的能力问题,就迁怒于我们的实习生吧,几百块钱的事情指望实习生当牛做马也不合适啊,而且明码标价写的很清楚,就是完成特定的分析出图。

同样的代码,同样的数据集,每个人都可以出图,实习生仅仅是帮你完成了你代码能力缺乏无法达到的分析而已。

更加有意思的是

同样是这个粉丝,半年前找到我们,“诚意满满”的一定要找我们委托的时候,态度完全不是这样。

态度完全不是这样

因为截图展现的对话信息量有限,也为了净化网络环境,很多“污言秽语”我就自己默默承受了吧。

不得不说,现在各种辣鸡公众号喜欢搞各种套路化文章解读,对这些辣鸡硕博士来说也算是一种揠苗助长吧,让它们有一种幻觉就是自己有科研想法了,而且还很高大上。

其实稍微思考一下就明白,既然是对咱们生信工程师来说是举手之劳的数据分析,所以有了:最低仅需800,就有一个生信工程师为你服务! ,如此没有门槛的事情, 肯定是常规分析啊,你还指望仅仅是靠这个800块钱帮你发文章吗?

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