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一个完整的S-400防空系统可同时引导160枚导弹，攻击80个目标(S-300PMU2为72枚导弹，36个目标)，对付目标的最高速度可达4800米/秒(S-300PMU2的为2800米/秒)。其中，对付空气动力目标的有效距离3-380千米、有效高度0.01-30千米(S-300PMU2的分别为3-200千米和0.01-27千米)。对付弹道导弹目标的有效距离5-60千米(S-300PMU2的为5-40千米)、有效高度2-25千米。S-400之所以有这么大的变化，主要归功于子系统的变化。  S-400
指控系统
s-400和S-300PMU2的指挥/控制系统分别为30K6E和83M6E2，两者结构一致，都包含一部大型战场管理和探测雷达以及一个指挥中心。构成上的一致让它们在一些指标上也变化不大，如都是由6个人操作;系统进人作战状态也类似，从行进状态进人作战状态都需要5分钟、备用状态进人作战状态需要40秒，不同的是从部署状态进人作战状态，30K6E只需3分钟，83M6E2为4分钟。
 S-300
此外，30K6E和83M6E2在其他性能数据上则相差巨大。30K6E可同时跟踪300个目标(83M6E2为100个)。30K6E对雷达反射面积4平米目标的探测距离为390千米(战略轰炸机目标570千米)，对飞行速度2800米1秒和4800米1秒、雷达反射面积0.4平方米弹道导弹目标的探测距离分别为超过250千米和230千米。而83M6E2对雷达反射面积4平方米和2平方米目标的探测距离分别为280千米和263千米，对雷达反射面积0.2平方米巡航导弹目标的探测距离为160 千米。
这两款指挥/控制系统在一些数据的差距之所以这么大，关键在于它们所使用的大型战场管理和探测雷达。
S-400的指挥控制系统所采用的雷达是91N6,S-300PMU2的是64N6E2，两部雷达工作在C波段，频率可控91N6在进行扇形扫描或天线静止时可达到600千米的最大探测距离。64N6E2工作在400赫兹时探测距离为300千米，工作在800赫兹时探测距离为150千米。
除了探测距离，91N6相比64N6E2还有两个优势:-是探测精度;二是功能更全面，如91N6不仅可以识别主动干扰源装置的方位，还可以更好地识别被动干扰源。
如前文所述，并不是所有情况下S-400/S-300PMU2都必须配备大型战场管理和探测雷达，这类雷达的优势是功能全面、探测弹道导弹目标能力强。在不配备此类装备的情况下，S-400和S-300PMU2的选择是一样，即选择96L6全高度探测雷达，这种雷达也工作在C波段，且更为小巧性能并可靠。可以说，96L6的曝光率很高，是S-400的标配。为了满足在叙利亚的战场监视需要，俄军部署S-400之前就已经先把96L6送到了叙利亚，这直接导致了2015年11月初有S-400进驻的传言。
火力单元
火力单元是S-400和S-300PMU2的基本作战单位，通常这样的单元即为一个营。前者的指挥控制系统可以同时控制8个火力单元(每个单元最多可包含12部导弹发射车)，后者为6个。两款防空系统火力单元的构成也类似，即火控雷达加导弹发射车，火控雷达最多可以控制12部导弹发射车。不过通常情况下，S-400/S-300PMU2的火力单元一般配备4-8部发射车，俄罗斯和中国这两个最大的用户皆是如此。两者火力单元的性能完全取决于火控雷达和发射车使用的导弹。
火控雷达方面，S-400的92N6相比S-300PMU2的32N6E2可以说有本质的区别，虽然两者外形类似、都是工作在X波段的无源相控阵雷达，但前者可以说是一款全新设计的多用途雷达，后者只是用途单一的火控雷达。
92N6除了准连续波体制之外，它还可以以多普勒体制、脉冲压缩体制以及线性调频体制工作。抗干扰能力增强不少，这反映了俄罗斯在电子技术方面的巨大进步。92N6可同时跟踪40批次目标，引导20枚导弹，攻击10个目标(30N6E2为12枚导弹，6个目标)，可跟踪目标的最大速度为4800/秒(30N6E2为2800/秒)，对雷达反射面积16平米和4平米目标的探测距离分别为超过340千米和250千米，对雷达反射面积0.4平米的弹道导弹目标探测距离超过185千米。
导弹发射车方面，S-400与S-300PMU2所使用发射车底盘类似，因此如车辆机动性能、展开时间等一些基本性能并无区别，关键在于它们所携带的导弹。
俄军现役s-400所禁使用的导弹主要是48N6DM/48N6E3，该导弹的尺寸、重量，甚至弹头重量都与S-300PMU2使用的48N6E2导弹一模一样，但射程从200千米增加到了250千米。据消息，48N6DM仍会进行改进，改进后射程将达300千米。
除48N6DM之外，S-400还有备受关注的40N6导弹，这款射程400千米的导弹几乎是S-400的代名词。40N6虽然射程比48N6DM多出150千米，但重量仅多出58千克，贮存在发射筒内时的重量与48N6DM一致，也是2600千克。以此推断，40N6导弹的尺寸与现有的48N6DM不会相差太大，发射车或许也是能够通用的。不过，俄罗斯已经确定为40N6导弹选购了以MZKT-7930为底盘的51P6发射车。据获得消息，经过测试，40N6对空气动力目标的射程确实可以达到400千米(出口型号为380千米)、对巡航导弹的射程超过45千米、对弹道导弹的射程超过70千米(俄为出口型号标示的射程为60千米)。俄军从2013年就已经开始试用40N6,目前应该已经小批量装备。
除此之外，S-400还可以使用和S-350防空系统通用的96M6D/96M6E2，该导弹重420千克，贮存在发射筒内时整重560千克，射程120千米。一部51P6 发射车可以携带16枚96M6D导弹。值得注意的是，96M6D 的弹头重量只有24千克，仅为48N6DM的14%。这其实也正是96M6D的特点，作为类似“紫菀”和“爱国者”-3的第四代防空导弹，它不同于早前导弹依靠大威力的破片杀伤，而是以来高机动和高精度命中，甚至是“直接撞击来毁伤目标。
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