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真菌属于真核生物，真核生物eukaryotes由真核细胞构成的生物，包括原生生物界、真菌界、植物界和动物界，真核生物是所有单细胞或多细胞的、其细胞具有细胞核的生物的总称。
它包括所有动物、植物、真菌和其他具有由膜包裹着的复杂亚细胞结构的生物。真核生物与原核生物的根本性区别是前者的细胞内有以核膜为边界的细胞核，因此以真核来命名这一类细胞。许多真核细胞中还含有其它细胞器，如线粒体、叶绿体、高尔基体等。 原核和真核生物最主要的区别就是，原核生物没有由核膜包围而成的成型的细胞核，即原核生物的细胞中只有大型环状DNA(丝状)而无染色体。其次，原核生物的细胞中除了核糖体就没有各种细胞器，它的许多生命活动都是在细胞质基质中完成的。
真菌，定义是一种具真核的、产孢的、无叶绿体的真核生物。包含霉菌、酵母、块菌以及其他人类所熟知的菌菇类。
原核生物是指一类细胞核无核膜包裹，只存在称作核区的裸露DNA的原始单细胞生物。它包括细菌、放线菌、立克次氏体、衣原体、支原体、蓝细菌和古细菌等。
综上所述，真菌不是原核生物，细菌是原核生物。
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