一个Sweave 的简单实例（R 和 LaTeX）

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• 一个Sweave 的简单实例（R 和 LaTeX）

• bjt
• 2007年11月27日

下面是 Sweave 的一个例子，如果你有 R 和 LaTeX 使用经验，将很轻松就会了解它的用法：

将这个例子拷贝到一个文件（建议没有后缀），在 R 中使用 Sweave 编译。即可在工作区域生成供使用的 LaTeX 源码和供使用的绘图（ps和pdf）。



PS：

不太喜欢 Emacs 下面的noweb模式，故……

\documentclass[CJK]{cctart}<br />
\usepackage{verbatim}<br />
\title{Sweave 实例}<br />
\author{}<br />
\date{}<br />
\SweaveOpts{echo=FALSE}<br />
<br />
\begin{document}<br />
<br />
\maketitle<br />
<br />
使用 Sweave 可以很容易地将 \LaTeX{} 同 R 的代码混排文档转化为可<br />
编译的 \LaTeX{} 文档。<br />
<br />
在这种混排的文档里，基本机构仍然是 \LaTeX{} 形式的，唯一的区别是，<br />
R 代码需要放置在以 $<<>>=$ 为开头，$@$为结尾的段落里面。开头部分<br />
有两个常用的参数：echo和fig,使用逻辑值分别表示是否将 R 代码输入<br />
作为 \LaTeX{} 文本输出；是否在 \LaTeX{} 文档中绘制图形。<br />
这篇文档只需要在 R 中编译一遍，即可形成\LaTeX{}需要的输出（文件）。<br />
<<echo = TRUE>>=<br />
require(stats)<br />
## Student's paired t-test<br />
m <- t.test(extra ~ group, data = sleep, paired = TRUE)<br />
print(m)<br />
@<br />
R 中的运算结果很容易插入到标准文档，<br />
比如\texttt{sleep}数据的配对t检验结果<br />
中的$p$-value是\Sexpr{format.pval(m$p.value)}；<br />
或者是直接运算<br />
<<echo=TRUE,results=hide>>=<br />
choose(49,6)<br />
@<br />
美国威力球（类似于福彩双色球）的理论组合数等于\Sexpr{choose(49,6)}。<br />
<br />
R 代码中可以随意写注释，但这些注释默认不会被输出。如果要求输出注释，<br />
抱歉，现在还没有更好的解决办法。<br />
<br />
使用 Sweave 还可以将 R 生成的图形加入到 \LaTeX{} 文档中，而不必事先<br />
做出 \LaTeX{} 需要的图形文件\footnote{Sweave会自动生成ps和pdf图形}。<br />
下图是关于Titanic号根据海难中人员的经济状况、性别、年龄和是否存活四<br />
个变量绘制的马赛克图：<br />
<br />
<<fig=TRUE,echo=FALSE>>=<br />
require(graphics)<br />
mosaicplot(Titanic, main = "Survival on the Titanic")<br />
@<br />
<br />
\end{document}

• yihui
• 2007年11月27日

很好很好，基本的功能都有了：）



另：不知道大家是否都清楚utils包中的Sweave()函数。

• abel
• 2007年11月27日

ding下

Sweave相当好用

5 个月 后

• cloud_wei
• 2008年4月16日

十分感谢，的确很方便。



btw:众里寻她千百度，蓦然回首，此帖灯火阑珊处……快顶起来。

• cloud_wei
• 2008年4月19日

[quote]引用第0楼bjt于2007-11-27 09:02发表的“一个Sweave 的简单实例（R 和 LaTeX）”:

R 代码中可以随意写注释，但这些注释默认不会被输出。如果要求输出注释，

抱歉，现在还没有更好的解决办法。



.......[/quote]



在latex中，

\begin{lstlisting}[language=R]



\end{lstlisting}

中间将R程序加进去，注释会照样输出的(中文字符除外)。



如果设置了\lstset{numbers=left,basicstyle=\footnotesize,numberstyle=\tiny,

keywordstyle=\color{blue!70},commentstyle=\color{red!50!green!50!blue!50}, frame=shadowbox,rulesepcolor=\color{red!20!green!20!blue!20},escapeinside='',

xleftmargin=2em,xrightmargin=2em, aboveskip=1em}



那么输出的程序不仅支持高亮显示，而且还可以将中文置于''之间，能得到需要的中文注释。



另外，Sweave输出的程序很难看，怎样自己设置得到漂亮的输出，请指教。

1 个月 后

• 陈放
• 2008年6月2日

Sweave 在\documentclass[CJK]{beamer}里面好像不能用，请问这是为什么？

• bjt
• 2008年6月4日

[quote]引用第5楼陈放于2008-06-02 21:33发表的“”:

Sweave 在documentclass[CJK]{beamer}里面好像不能用，请问这是为什么？[/quote]

应该可以用吧。

按理说，Sweave编译过的 tex 文档可以通用。它没有改变 tex 的结构。

• bjt
• 2008年6月4日

[quote]引用第4楼cloud_wei于2008-04-19 13:09发表的“”:





在latex中，

begin{lstlisting}[language=R]



.......[/quote]

呵呵， RFAQ就是用的这个环境。

• 陈放
• 2008年6月5日

谢谢,我来试试.

• 陈放
• 2008年6月5日

我用的是 \documentclass[CJK]{beamer}

再这种情况下根本不认命令

\usepackage{C:/PROGRA~1/R/R-27~1.0/share/texmf/Sweave}

• mstzhan
• 2008年6月5日

[quote]引用第9楼陈放于2008-06-05 08:30发表的“”:

我用的是 documentclass[CJK]{beamer}

再这种情况下根本不认命令

usepackage{C:/PROGRA~1/R/R-27~1.0/share/texmf/Sweave}[/quote]



latex不认这样的路径的.

• 陈放
• 2008年6月5日

在article下是认的，就是在benmer下不认，同时在beamer下listing宏包也不认

4 天 后

• 陈放
• 2008年6月9日

我问的问题已经解决，

1，在beamer中不认usepackage{C:/PROGRA~1/R/R-27~1.0/share/texmf/Sweave}

  是因为中间可能省略，我把Sweave.sty拷到一个路径较简单的地方就行了，

现在我用的是\usepackage{C:/newfile/Sweave}就没有问题；

2，在beamer中用listings package时在 要在begin{frame}后加上命令[containsverbatim]

比如：

\begin{frame}[containsverbatim]

\frametitle{1、R Latex } \textbf{1、Sweave 函数的应用}

\begin{lstlisting}[language=R, keywordstyle=\color{blue!70}\bfseries,

commentstyle=\color{red!50!green!50!blue!50}, escapeinside=``,

basicstyle=\normalsize]

testfile<-as.character("listings")

options(device.ask.default=FALSE)

Sweave(testfile)

Stangle(testfile)

\end{lstlisting}

\vskip 2cm

\end{frame}

就没有问题了

2 年 后

• kelffon
• 2010年9月10日

正在学习Sweave！[s:11]

7 天 后

• DavidLung
• 2010年9月17日

!LaTex Error:File 'Sweave.sty' not found.是怎么回事？

• yihui
• 2010年9月18日

回复 第15楼 的 DavidLung：LaTeX找不到这个样式文件，如果你用Windows，它的位置在file.path(R.home(), 'share', 'texmf', 'Sweave.sty')，在当前的R版本（2.11.1）下，你需要手工把这个文件（或者所有texmf下的文件）拷贝到LaTeX的宏包路径下再刷新MikTeX数据库，如果你用的是MikTeX的话。

• biomedbox
• 2010年9月19日

回复 第1楼 的 刘思喆：

注释可以输出，如果仅仅想输出某个代码框的注释

<<keep.source=TRUE>>=

就可以显示了

放在\SweaveOpts{}里作为宏应该所有都会显示

还有如果在代码框中用df$value的方式latex会出现识别错误(进入数学模式)，需要在代码框后加一个%$来抵消数学mode，当然这可能是ess自己的问题。。

4 天 后

• DavidLung
• 2010年9月23日

回复 第16楼 的 谢益辉：不好意思，对你的回答仍不太明白：

1.LaTeX的宏包路径在哪？我装在c盘

2.如何刷新MikTeX数据库？

• yihui
• 2010年9月24日

回复 第18楼 的 DavidLung：

1、宏包的路径一般在 CTeX安装路径\MiKTeX\tex\latex\，那里你可以看到很多包；虽然把文件直接复制到这里并不是好办法，但我见你似乎并不熟悉MikTeX，就先这样办吧

2、从开始菜单中找到MikTeX的设置菜单（MikTeX在CTeX菜单的下一级），有个Refresh FNDB的按钮即是

• DavidLung
• 2010年9月24日

回复 第19楼 的 谢益辉：我这只有把所有texmf下的文件拷贝后，问题才解决，谢谢。