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企业申报的领域问题
企业填报申报高新技术企业系统时，在选择《国家重点支持的高新技术领域》时，技术领域选择错误。
核心自主知识产权问题
专利为实用新型或外观设计专利，未发挥核心支持作用的专利，技术含金量不高，无法取得高分甚至会不得分；
专利取得为外购或者权利转让，部分企业不经过消化吸收直接应用生产，缺乏研发过程。
企业人员问题
科技人员工作时间难确定：企业联合外地科研单位外聘科研人员时，难以判断外聘人员能否符合到岗183天的时间要求；
研发人员身份难确认：企业申报材料中有研发人员同时兼管理人员，此类人员是否参与研发活动或是否具备科研技能；
企业研发人员比例不准确：部分企业申报高新技术企业时，瞒报少报生产人员总数，以求研发人员比例达到标准。
考核时参考具有时间标记的证明材料以及缴纳社会保险费来鉴别；
企业职工总数包括企业在职、兼职和临时聘用人员（满183天以上）
月平均数＝（月初数＋月末数）÷2
全年月平均数＝全年各月平均数之和÷12
高新技术收入占比问题
有产品为贸易收入，剔除后导致高新收入占比不够；
有产品技术含量低，为简单的加工包装产品，不符合重点支持领域，剔除后导致高新收入占比不够；
产品归集收入范围大，高新收入应该是发票的一部分，企业在归集后将全部金额计入，剔除后导致高新收入占比不够；
产品的证明材料不足，检测报告不能支撑产品的技术性、创新性，不能被专家认可，剔除后导致高新收入占比不够。
主要产品收入不足高新产品收入的50%
企业知识产权数量有限，高新产品收入归集存在问题等原因，造成主要产品收入不足高新技术产品收入的50%，不符合必要的申报条件；
高新技术产品收入是指企业通过研发和相关技术创新活动，取得的产品收入与技术性收入的总和；
技术性收入包括：技术转让收入、技术服务收入、接受委托研究开发收入。
研究开发管理制度文件千篇一律
不能根据企业的实际情况制定制度文件，全部为网上模板，实际得分1-2分，极大降低高新技术企业评分总分。
缺少重要证明材料
有的企业提供的是增值税纳税申报表，有的提供的是企业所得税季报申报表；
因压缩技术不佳，上传资料存在缺漏。
财务存在问题
年度审计报告中注册会计师出具审计意见为“保留意见”；
企业自行修改纳税申报表，存在作假问题。
产品销售与发票开具问题
发票不开具高新产品名称，销售收入归集难：高新技术产品销售开票项目只写统称，仅在规格栏中注明代码，发票对应销售收入难以鉴别是否属于高新产品；
发票、销售明细账上货物名称难确定是否是高新产品：部分化工企业申报产品使用专用术名，企业发票、明细帐使用通用名，难确定两者是否一致；
销售收入数据不准确：部分企业申报资料中的高新产品销售收入与纳税收入日常申报资料数据不一致。
研发费用核算归集问题
《高新技术企业认定管理办法》要求企业研究开发费用总额占销售收入总额的比例达到一定标准，并实行专帐管理。
研发费用未单独分开核算和专帐管理，大部分企业未在科目设置上单独设置研发费用，也未对研发项目进行相应的费用归集。
研发费用的归集数据不准确。主要表现在研发人员的工资计算归集不准确，部分企业研发人员年平均工资低于生产工人工资，研发人员工资计算或人数可能存在问题。
审计报告中的研发费用数据与申报表中数据不一致。
研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例符合如下要求：
最近一年销售收入小于5,000万元（含）的企业，比例不低于5%；
最近一年销售收入在5,000万元至2亿元（含）的企业，比例不低于4%；
最近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。
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