|
本文来源：国际呼吸杂志，2023，43（1）：7-14.
1.mNGS检测SCAP患者BALF中的细菌 1.1 常见致病细菌 1.2 机会性致病细菌此类细菌一般情况下不会引起感染，当患者存在免疫功能低下、呼吸道屏障功能破坏或下呼吸道微生态失衡时，亦可导致肺部感。因此，当mNGS检出以下细菌时，需要结合临床情况，尤其是宿主的免疫状态进行分析判断。包括：咽峡炎链球菌群包括星座链球菌、中间链球菌）化脓性链球菌、柠檬酸杆菌、阴沟肠杆菌、放线菌属、纹带棒状杆菌、副流感嗜血杆菌、皮氏不动杆菌、解甘露醇罗尔斯顿菌、惠普尔养障体等。非结核分枝杆菌大部分为寄生菌，仅少部分对人体致病，属条件致病菌。高龄、免疫抑制、长期服用抗菌药物、肺部基础疾病、环境暴露如热水器及与淋浴器气溶胶接触人群都是易感人群。其中鸟-胞内分枝杆菌复合群、脓肿分枝杆菌、龟分枝杆菌、戈登分枝杆菌可导致肺部感染。mNGS结果可视为非结核分枝杆菌的分子生物学检测之一，但也存在环境污染参照临如患临床表现、影，参照《非结核分枝（2020年版）》符合1次BALF培养和（或）分子生物学检测阳性可诊断为NTM肺病。鼠疫耶尔森菌毒力很强并有高度mNGS1需高度重。 病毒核酸易提取且核酸片段小，mNGS在病毒具有优势。随着mNGS的广泛应用，人们对病毒感染及定植有了进步的认识分别列出常见致病病毒与下呼吸道定植病毒。需注意的是，如临床怀疑RNA病毒感染mNGS的RNA（有些mNGS检测实验室的RNA测序是单独一项流程）。 2.1 SCAP常见致病病毒 SCAP患者常见的致病病毒包括流感病毒、腺病毒巨细胞病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒等。 2.1.1 流感病毒PCR检测仍为首选推荐手段。mNGS若检出流感病毒序列数较多，考虑为致病病毒。若检出流感病毒序列数较少（如序列数≤3），建议尽快完善流感病毒PCR抗体检测等传统病原学方法确诊。2.1.2 腺病毒 mNGS若检出腺病毒序列数较多，且符合腺病毒临床表现、常见易感人群等情况（详见《人腺病毒呼吸道感染预防防控技术指南2019版》），考虑其为致病病毒。若检出病毒序列数较少（如序列数≤3），建议尽快完善病毒PCR或抗原/抗体检测等传统病原学方法，结合临床情况进一步确诊。 2.1.3 巨细胞病毒 巨细胞病毒可以定植于免疫正常患者的下呼吸道。mNGS检出巨细胞病毒时，需结合宿主免疫状态分析。若为免疫抑制、结构性肺病、糖尿病宿主，要结合影像学特征考虑感染可能；若为非免疫抑制宿主，则要考虑定植可能。 2.1.4 新型冠状病毒 新型冠状病毒不是下呼吸道的定植病毒，mNGS若检出即考虑感染，需要尽快完善新型冠状病毒核酸或特异性抗原/抗体检测。 2.1.5 鼻病毒及呼吸道合胞病毒鼻病毒和呼吸道合胞病毒常引起上呼吸道感染，少数情况下可引下呼吸道感染，极少引起SCAP。mNGS若检出鼻病毒呼吸道合胞病毒的同时，检出其他常见致病病毒或细菌，优先考虑其他常见微生物引起肺炎可能。2.1.6 副流感病毒 呼吸道分泌物检测出副流感病毒时，多考虑上呼吸道感染。高龄、免疫功能抑制、长期居住于医疗照护机构者感染副流感病毒可出现严重的下呼吸道感染。 2.1.7 人类偏肺病毒 成人呼吸道分泌物检测出人类偏肺病毒时，多考虑为上呼吸道感染。长期居住于医疗照护机构者可出现严重的下呼吸道感染。免疫功能抑制宿主与免疫功能正常宿主人类偏肺病毒感染情况无明显差异，但免疫功能低下宿主人类偏肺病毒感染可能病情重、病程长。 2.1.8 汉坦病毒 汉坦病毒不是下呼吸道的定植病毒，若mNGS检出即考虑其致病。目前血清学方法（lgM抗体）是诊断人类或啮齿动物汉坦病毒感染的金标准。 2.1.9 水痘-带状疱疹病毒 水痘疱疹病毒少数情况可引起肺炎，若mNGS水痘疱疹病毒，宿主存在高龄、免疫抑制等情况，应尽快完善PCR及抗体相关检查，进一步明确其致病可能。 2.2 常见下呼吸道定植病毒 病毒也是下呼吸道定植微生物之－。 2.2.1 人类疱疹病毒 人类疱疹病毒为一DNA病毒，以下主要讨论可能引起肺炎或定植的人类疱疹21.3部分的内容。 人群普遍携带，呼吸道分泌物检测出单纯疱疹病毒1型时，多不考虑致病，当患者为免疫功能抑制宿主时，需结合临床表现考虑是否致病。 几乎在所有成年人中表现为持续终身的无症状携带，成人呼吸道分泌物检测出EB病毒几乎不考虑致病。EB病毒血症与淋巴瘤、鼻咽癌、移植后淋巴细胞增殖性疾病等的发生相关。 原发感染在成人中罕见成人人疱疹病6型达90，几乎不考虑致病。免疫功能抑制宿主，尤其是移植受者，可能出现人疱疹病毒6型的再激活，导致病毒血症和（或）临床疾病。 超过95%的成人人疱疹病毒7型血清学阳性，几乎不考虑致病。免疫功能抑制宿主，尤其是移植受者易出现病毒的再激活。因巨细胞病毒与人疱疹病毒6型、人疱疹病毒7型之前存在相互作用，当免疫功能抑制宿主合并巨细胞病毒感染时，可出现人疱疹病毒6型、人疱疹病毒7型的再活化，因此诱发巨细胞病毒感染的病毒综合征以及器官特异性疾病。 2.2.2 细环病毒 真菌是厚壁微生物，核酸提取较困难，mNGS检测真菌的敏感度相对较低。肺部真菌感染的诊断需要结合患者临床特征，尤其是宿主的免疫状态综合判断。3.4 隐球菌毛霉菌感染常见于糖尿病、血液系统恶性肿瘤、实体器官或造血干细胞移植及其他免疫功能低下的患者，mNGS检出阳性时，需高度警惕。胸部CT提示特征性病变：反晕征、结节、晕轮征、空腔、楔形浸润，以及与胸膜炎疼痛相关的胸腔积液等。CT肺动脉造影见血管闭塞。为明确感染，可选择六胺银染色，在组织标本切片中可显示为宽大、不规则，无分隔或极少分隔或直角分枝的菌丝。 4. 非典型病原体非典型病原体这一概念提出之时，病原学诊断技术还比较落后，主要是为了与经典的细菌性肺炎相区别。时至今日，非典型病原体已成为SCAP非常重要的致病原之一，且多数可引起多系统并发症，导致患者预后更差，需高度重视。为与临床实践保持一致，本文仍将军团菌、支原体及衣原体归在非典型病原体这一部分进行阐述。 1 军4.团菌 由于既往常规检测手段的限制，军团菌肺炎的发病可能处于被低估状态，国内该病导致的SCAP并不少见。mNGS检测军团菌的敏感度和特异度均较高，阳性结果需引起重视，但要先排除环境污染可能。通常有1/100万序列数即可考虑，随着序列数的增加，其可信度逐渐增加，但达到30/100万时，其增量不再有增加可信度的意义。当序列数较低时，可通过军团菌核酸、尿抗原检测等方法来验证。 4.2 肺炎支原体/肺炎衣原体 肺炎支原体和肺炎衣原体不是下呼吸道的定植微生物，mNGS技术在二者的检测方面较传统检测方法具有一定优势，一旦检出，即需考虑致病可能。当序列数较低时，可通过肺炎支原体/肺炎衣原体核酸或lgM抗体检测来验证。 4.3 鹦鹉热衣原体 mNGS在鹦鹉热衣原体的诊断方面具有较大优势，若有相关流行病学史（鸟类或禽类接触史），即使序列数较低，仍需要考虑致病可能。可通过恢复期（2周）血清抗体滴度增加4倍以上来验证。 寄生虫肺炎在非寄生虫流行区发病率低，易被误诊。目前寄生虫的基因组参考数据库种类不多，且寄生虫作为真核生物，有很多与人基因组相似的元件，因此在判断阳性时要特别要求序列的特异度。寄生虫作为阳性判断的阈值需在10/100万以上，并且需要严格确认序列的特异度之后再进行阳性判读。 6. 小结目前，人们对mNGS的认识尚有待进一步规范。mNGS确实是敏感、快速的病原学检测技术，但不能完全取代常规病原学检测，应强调“平行送检”。同时，本着“宽进严出”的基本原则，在保证病原微生物高检出率的同时，临床医师要严格把控临床判读，避免过度诊断和治疗。 附录—mNGS报告中常用术语指的是该微整（细菌、真菌、病毒、寄生虫）中所占的比重相同物中高。 陈成（苏州大学附属第一医院），程真顺（武汉大学中南医院），淦鑫（南昌大学第一附属医院），高延秋（郑州市中心医院），耿爽（武汉市中心医院），郭璐（四川省人民医院），韩伟（青岛市市立医院），何莲（贵阳市第二人民医院），侯鹏国（大同市第三人民医院），黄建安（苏州大学附属第一医院），黄曼（浙江大学医学院附属第二医院），蒋明彦（湘潭市中心医院），李丹（吉林大学第一医院），李琦（陆军军医大学第二附属医院），李轶（河南省人民医院），罗红（中南大学湘雅二医院），上官红（山东大学齐鲁医院），王立红（内蒙古医科大学附属医院），邢丽华（郑州大学第一附属医院），徐德祥（青岛市中心医院），徐晟伟（青岛市第三人民医院），詹庆元（中日友好医院），周童（苏州大学附属第二医院） 孙婷（中日友好医院），吴小静（中日友好医院） 蔡莹（中日友好医院），刘一洁（中日友好医院），吴宇晗（中日友好医院），翟天姝（中日友好医院） 利益冲突：所有作者声明无利益冲突 参考文献略 |
|
|
