在现有税法的规定下，针对建筑企业“预收账款”预缴增值税的稽查主要涉及到预缴增值税的纳税时间、纳税地点和纳税金额三方面的涉税稽查重点。
一、稽查重点一：稽查“预收账款”的增值税纳税义务时间
（一）税收法律依据
根据财税[2016]36号文件规定，自2017年7月1日起，建筑企业收到业主或发包方的预收账款的增值税纳税义务发生时间不是收到预收账款的当天。即建筑企业收到业主或发包方预收账款时，没有发生增值税纳税义务，不向业主或发包方开具增值税发票。
（二）建筑企业“预收账款”的增值税纳税义务时间
既然建筑企业收到业主或发包方的预收账款的增值税纳税义务时间不是收到预收账款的当天，那到底什么时候缴纳增值税呢？基于以上税法规定，建筑企业预收账款的增值税纳税义务时间为以下两个方面：
如果业主或发包方强行要求建筑企业开具发票，则该预收账款的增值税纳税义务时间为建筑企业开具发票的当天；
如果业主或发包方支付预付款给施工企业不要求施工企业开具发票的情况下，则建筑企业收到预收款的增值税纳税义务时间为：已经发生建筑应税服务并与业主或发包方进行工程进度结算签订进度结算书，或者按照建筑施工合同中的“工程结算和工程款支付”条款约定：“预收账款”扣减发包方确认施工企业已完工的工程计量的一定比例的工程进度款时，在财务上将“预收账款”科目结转到“工程结算”科目的当天。
二、稽查重点二：稽查预缴增值税的纳税地点
纳税人提供建筑服务取得预收款，应在收到预收款时，以取得的预收款扣除支付的分包款后的余额，按照以下两种情况预缴增值税。
第一种情况：按照现行规定应在建筑服务发生地预缴增值税的项目，纳税人收到预收款时，如果适用一般计税方法计税的项目，则按照2%预征率在建筑服务发生地预缴增值税；如果适用简易计税方法计税的项目，则按照3%预征率在建筑服务发生地预缴增值税。
第二种情况：按照现行规定无需在建筑服务发生地预缴增值税的项目（即纳税人在同一地级行政区范围内跨县（市、区）提供建筑服务），纳税人收到预收款时，如果适用一般计税方法计税的项目，则按照2%预征率在建筑企业机构所在地预缴增值税；如果适用简易计税方法计税的项目，则按照3%预征率在建筑企业机构所在地预缴增值税。
一般计税项目应预缴增值税税款=（预收账款-支付的分包款）÷(1+税率9%）×2%； 简易计税项目应预缴增值税税款=（预收账款-支付的分包款）÷(1+征收率3%）×3%；（二）在没有发生总分包业务情况下的预交增值税计算公式
一般计税项目应预缴增值税税款=预收账款÷(1+税率9%）×2%；
简易计税项目应预缴增值税税款=预收账款÷(1+征收率3%）×3%；
四、稽查重点四：稽查预缴增值税的抵扣处理
（一）应按照工程项目分别计算应预缴税款，分别预缴
建筑企业取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为负数的，可结转下次预缴税款时继续扣除。建筑企业应按照工程项目分别计算应预缴税款，分别预缴。建筑企业一个项目预缴的增值税时，不能抵减另外一个项目应预缴的增值税。只能在建筑企业注册地申报增值税时，且都是一般计税方法的项目之间，每个项目在工程所在地已经预缴的增值税可以抵减在建筑企业注册地申报缴纳的增值税。
（二）总分包之间的总包差额预缴增值税的凭证要求
如果存在总分包业务，该分包方向总承包方开开具增值税发票时，必须在增值税发票上的“备注栏”中必须注明建筑服务发生地所在县（市、区）、项目的名称，否则总包在差额预缴增值税时不可以扣除分包额。
五、稽查重点五：稽查预缴增值税的城市维护建设税及附加的处理
建筑企业跨地区提供建筑服务应在建筑服务发生地预缴增值税时，以预缴增值税税额为计税依据，并按预缴增值税所在地的城市维护建设税适用税率和教育费附加征收率就地计算缴纳城市维护建设税和教育费附加。在建筑企业机构所在地（一般计税项目）按照（增值税销项税额-增值税进项税额-异地预交增值税额）×机构所在地的城市维护建设税适用税率和教育费附加征收率机构所在地计算缴纳城市维护建设税和教育费附加。
