1666年为解决吐蕃与西域2个方向的地缘战略,陕西与甘肃分治,西北战略重心转向甘肃。
西域准噶尔势力范围扩展到蒙古和吐蕃,经营西北必须同时兼顾蒙古、西域、吐蕃三个方向。
在吐蕃方向,出重兵布防拉萨防止准噶尔持续扩张,由西宁代理青海地区军政,在吐蕃方向形成拉萨、西宁2个军政中心。
在蒙古方向,设宁夏将军府和凉州将军府,形成张掖、银川2个军政中心。
置重兵于酒泉、伊犁,设伊犁将军府。
1748年吐蕃、西域形势趋于稳定,设甘肃总督府,辖西宁总理府、宁夏将军府、凉州将军府、伊犁将军府。
1759年开始培养迪化(乌鲁木齐)军政中心,在西域形成伊犁、迪化2个政军中心。
1862年西北在太平天国及捻军影响下局势动荡。
1865年英俄资助阿古柏侵入甘肃西部,俄国侵占外西北。
陕西甘肃东干人欲建立政教合一的伊斯兰国家,多方军政首领在甘肃庆阳董志塬会盟。
1866年左宗棠以陕甘总督及钦差大臣身份总领西北军政,历经18年平定陕甘东干动乱,收复甘肃西部部分地区,外西北无法收回。
1884年甘肃、新疆分治,建立新疆省,甘肃辖区约148万平方公里,新疆辖区约166万平方公里。