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明洪武十三年（1380年），胡惟庸案爆发，明太祖朱元璋宣布罢中书省，废丞相，由皇帝直接统领六部，这导致皇帝的工作量激增。平均下来朱元璋一天要批阅二百份奏折，处理四百件国事。朱元璋是个工作狂，对于繁杂的国事还能吃得消，但他的子孙后代可吃不了这苦，于是内阁制度应运而生。内阁本是皇帝的咨政机构，后来权力增大并逐渐成为明朝的行政中枢，充当着宰相的职责。清朝入主中原后效仿明制，将原来的内三院改为内阁，并设立内阁大学士之职。那么明清两朝的内阁制度有何不同呢？
其一，内阁大学士的官阶不同。明朝的内阁大学士官阶很低，只是正五品官。不过随着时间的推移，开始以尚书、侍郎入阁办事，兼大学士，加官至于一品，但尚书、侍郎的官阶本就很高，实际上并没有提高内阁大学士的官阶。到了清朝，内阁大学士才变成正一品官，协办大学士为从一品，学士为从二品。
其二，形成及确立过程不同。明朝的内阁是洪武十五年（1382年）初设，内阁大学士只是皇帝的顾问，无实权；明成祖时内阁成为常制，但并无法定地位，也无衙署和印信，说白了就是没有裁决权和下发指令权；至明朝中叶内阁建制才完备，此时的内阁等同于之前的中书省，内阁大学士兼掌各部院，拥有实权，内阁首辅等同于宰相。 清朝内阁前身是文馆，负责辅助皇帝料理政务，皇太极在位期间将文馆改为内国史院、内秘书院、内弘文院，职责无大的变动；顺治十五年（1658年）清朝效仿明朝，将内三院改为内阁，另设翰林院掌管原内三院的部分职权；康熙帝即位初期曾短暂的恢复过内三院，但亲政以后就复设翰林院，成立内阁，内阁制度得以确立。
其三，内阁职权不同。明朝内阁的职责有票拟、批；草拟诏敕与封驳；顾问咨询与劝谏；会议决策与会审；经筵讲进。清朝内阁的职责有宣布丝纶、草拟谕旨；办理本章；筹办典礼和祭祀；组织修书，收贮档籍。可见还是明朝内阁的职权大一些。
其四，阁臣的选任方式不同。明朝永乐至宣德年间，阁臣都由皇帝破格选用；正统年间则先由内阁推举，再由皇帝点用；成化开始由吏部会同六部、都察院、通政司、大理寺及科道官推举，再由皇帝钦点；嘉靖年间阁臣多由皇帝下诏入阁；崇祯年间还会采用考试的方式选拔阁臣。而且明朝的入阁门槛并不固定，阁臣可以是七、八品的小官，也可以是二品大员，无拘资品。 清朝阁臣选任就比较固定了，即“大学士均有特简”。康熙年间规定大学士以各部尚书、左都御史会推，然后由皇帝任命，如果皇帝不满意这个人选，则再由各部侍郎会推。不过康熙帝慢慢发现这种会推的方式会助长朝臣党同伐异的风气，便将大学士的任用又改回了纯粹的“特简”。而且清朝的入阁门槛很高，阁臣一般都是六部尚书和左都御史。
其五，内阁衙署不同。明朝的内阁并没有被视为一个正式的衙门，所以没有专属的衙署。作为翰林院的附属机构，文渊阁成为内阁固定的办公场所。清朝的内阁则正式的多，不仅有属于自己的衙署，还分本署和分署。内阁本署位于午门内太和门外，分署位于圆明园。
其六，内阁印信不同。明朝内阁无专属的印信，对外的印信都是用的翰林院印信。清朝内阁虽然也无印信，但有典籍厅的关防，不论是对外还是对内都可以用这个关防。 总的来看，明朝的内阁是宰相制的替代品，拥有相权。清朝虽然也将内阁制度沿袭下来了，但是没有发挥实际作用，相比较内阁制，满族人更喜欢“议政王大臣会议”。雍正年间成立军机处，内阁地位进一步降低，几乎成为摆设。
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