向高分大佬文章看齐：如何优雅绘制高阶进化树？

阅读文献时，我们经常会在文献（特别是一些高分期刊）中看到构建的系统发育树会有对应的物种剪影，如下图这两个案例。这样的进化树不仅看起来更加炫酷美观高大上，同时更便于阅读者直观理解，审稿人看着也赏心悦目，妥妥的一箭双雕了！

Fig1（Nature ,2023）

Fig2（Nat Rev Microbiol ,2021）

今天我们以Fig1和Fig2为例，为大家分享这类进阶版系统发育树的美化方法。

内容一览：

1. 为不同cluster添加颜色划分虚线，如Fig1；
2. 为不同cluster添加分类渐变色块，如Fig2；
3. 为不同物种添加剪影。

#使用软件：AI（Adobe Illustrator 2020）

打开AI，新建一张A4横向的画板，当然，也可以根据自己的需求自定义尺寸。

菜单栏选择文件—置入，将提前准备好的进化树（保存为矢量格式）导入到AI，点击“嵌入”。

1. 颜色划分虚线绘制

首先学习如何绘制不同颜色的虚线段用于区分不同的cluster。难点在于当进化树较为复杂时，如果按照常规方式一条条绘制会很费时。特别是线段左端是紧贴着物种学名，无规则且不等长，今天学习一个较为便捷的方式。

首先在图层属性面板将进化树所在的图层锁定（这样就不会误触），并创建新图层，专门放置下面要绘制的线段。工具栏中选择钢笔工具（或直线段工具），绘制一条水平线（绘制时长按Shift键），和进化树第一个物种分支处于同一直线。

切换到选择工具，将上一步绘制的直线段垂直复制多一条（拖拽复制时长按Alt Shift键），和第二个物种分支处于同一水平线，之后我们只需通过重复上一操作（Ctrl D），即可快速绘制完全部线段。

切换到钢笔工具，绘制一个不规则的闭合路径（这里用红色线段显示），该路径需要从各物种学名之后开始，且能够框选住物种学名后的全部线段，如下图。

切换到选择工具，同时选中上两步绘制的全部路径，鼠标右击—建立剪切蒙版。

然后我们就能得到从物种学名后起始的所需的线段啦！

剩下就是常规操作，选中不同cluster的线段，修改为不同颜色。

最后再在描边属性面板中，勾选虚线样式，调整虚线的长度与间隙到觉得合适即可。

2. 剪影素材添加