反攻菲律宾在攻台案尚未完全搁置前，麦克阿瑟与尼米兹取得共识，即台湾位于当前陆航基地航程之外，故须先在菲律宾南部取得一空军基地，才能以此支援无论是吕宋还是台湾的进攻行动。在麦克阿瑟正准备进攻联参会规划的菲律宾中南部岛屿时，因为第3舰队司令哈尔西对莱特岛实施空袭，日军却仅有微弱的抵抗，使哈尔西向尼米兹提报该岛防御能力脆弱，建议跳过中部其他前沿岛屿、直接进攻莱特岛，此构想获得尼米兹、麦克阿瑟与联参会的认可。1944年10月20日，克鲁格率第6集团军登陆莱特岛，而麦克阿瑟则从轻巡洋舰纳什维尔号监督行动，当天下午，因为缺乏登陆艇，麦克阿瑟只得涉水登陆，在踏上菲律宾后随即发表演说：
莱特岛战役并非美方原预期的顺利，事实上日军航空兵力并非被消灭而是向后退却，而莱特岛在肯尼陆航的航程之外，麦克阿瑟只得仰赖海军航母的舰载机掩护，而在莱特岛登陆期间日本海军也做出反击，因为哈尔西对日军实力错误的认知，下令第3舰队北上追击日军作为诱饵的航母部队，使金凯德的登陆舰队受到日军战列舰舰队袭击的风险，一度形成重大危机，事后麦克阿瑟为哈尔西辩护，并将此事归咎于指挥权为自己与尼米兹瓜分所致。  1944年10月20日，麦克阿瑟登陆莱特岛、实现1942年回到菲律宾的承诺，这张麦克阿瑟与幕僚涉水登陆的照片之后被建为雕像，置于麦克阿瑟登陆纪念国家公园。 莱特岛的地面战斗未如预期的顺利，豪雨与泥浆地面使陆航飞机无法进驻起降，而日军大批增援，使美军滞难于行、战斗旷日费时，麦克阿瑟甚至一度想换下第6集团军，由8月新建的第8集团军（由艾克尔伯格指挥）取代之，至12月底，克鲁格估计岛上尚有5000名日军，而麦克阿瑟即于12月26日发布公报宣布除了稍微的扫荡外，本次战役已经结束，但实际上艾克尔伯格率第8集团军至1945年5月真正结束战斗期间又击毙额外27000名日军。1944年12月18日，麦克阿瑟紧接在马歇尔之后，晋升五星上将，之后艾森豪与阿诺德德也同样获此晋升。该军衔根据美国国会法第78-482号于1944年12月14日设立为临时军衔，而在战争结束后六个月将受阶者恢复为永久军衔，至1946年6月23日该军衔才透过第79届国会第333号议会法改为永久军衔，该军衔退役者还享有全额工资与津贴。 由于莱特岛的作用远不如预期，麦克阿瑟进攻民都洛岛，占领后10天内便完成修筑机场跑道，肯尼的陆航作战半径相当于向前推进了500千米，整个吕宋岛都在盟军作战半径内。1945年1月9日，在实施多起欺骗措施后，麦克阿瑟的部队大举登陆林加延湾，由于日军战略为在内陆与盟军决战，故美军登陆过程未受到抵抗。13日，麦克阿瑟将司令部移至菲律宾岸上，由于他先前曾向联参会保证两个月内解放马尼拉外，战前尼米兹也要求原借给金凯德的舰只要在2月上旬归还、投入硫磺岛战事，否则行动只能向后推迟，麦克阿瑟不愿承担此一责任，只能要求部队大胆穿插，向格洛克机场与马尼拉突进。 2月4日，第6集团军第1骑兵师已攻抵马尼拉市区边缘，陆续解放关押在当地各处的战俘，而日本海军将领岩渊三次（日语：岩淵三次）决定死守马尼拉，与美军进行惨烈的巷战，以至于马尼拉战役时长三周，期间为了保护菲律宾民众，麦克阿瑟禁止进行近距离空中打击，但美军仍动用155毫米榴弹炮轰击街垒与建筑物。2月26日，日军防线崩溃，岩渊自杀，而在败象渐露的同时日军也对马尼拉平民展开大规模屠杀，即马尼拉大屠杀，估计整场马尼拉战役中有10万名菲律宾平民死亡。3月3日，马尼拉作战结束。 马尼拉战役结束后麦克阿瑟将重心置于扫荡退居吕宋岛中部和北部山区的日军残部，日方司令山下奉文大将实施防御战，而克鲁格推进缓慢，一直到日本宣布投降时山下部队仍旧继续抵抗，使亟欲在战争结束前解放菲律宾全境的麦克阿瑟非常恼火。1945年9月2日，山下奉文率残存的10万军队向美军投降。 没落行动与日本投降硫磺岛战役后不久、准备进攻冲绳时，美军内部由谁担任进攻日本本土作战——没落行动的总司令而起了争议。1945年4月3日，罗斯福命令太平洋各战区进行重新编组，原西南与太平洋战区废除，麦克阿瑟被任命为美国太平洋陆军总司令（AFPAC），指挥全部的地面部队以及除了第二十航空队外的陆军航空队，海军则由尼米兹指挥。不过这种结构并未使麦克阿瑟满意，罗斯福于4月12日去世后又再度要求重新分配。根据海军部长詹姆斯·福莱斯特的说法，麦克阿瑟要求把持全太平洋的所有陆军、航空部队的指挥权，而把海军打成仅作支援的小角色。尼米兹与第二十航空队司令柯蒂斯·李梅皆强烈反对，麦克阿瑟因此怀疑海军试图在战后垄断所有海外行动的权力，而陆军则将只用来保卫本土。最后因尼米兹的强硬态度，麦克阿瑟还是撤回了要求。 “没落行动”由入侵九州南部的“奥林匹克行动”和进攻关东平原的“小王冠行动”组成，前者将由克鲁格率领约766,700名官兵于1945年11月1日执行，后者则将由麦克阿瑟指挥亲自指挥，预计将于1946年3月1日发起。在“没落行动”准备期间，美军持续评估预计伤亡人数，并以冲绳战役受到重大伤亡为鉴，决定动用研发完成不久的原子弹。1945年8月6日与8月9日，美军分别在日本广岛与长崎投下原子弹。8月8日，苏联对日宣战。8月15日，日本宣布投降。 对于苏联出兵、原子弹又或是其他因素最终促成日本选择投降，一直以来都是历史学家争论不断的议题，其中苏联参战便是麦克阿瑟早在1944年就曾屡次提出的主张，还曾告诉属下小保罗·拉马尔·弗里德曼（英语：Paul L. Freeman Jr.）：如果苏联不出兵攻打日本的关东军，我不会考虑进攻日本的任何岛屿。而在战争结束后数年，麦克阿瑟因为与国内右翼势力走得很近，试图掩盖曾向苏联求助的过往，于1950年代初期的多次在采访中公开表示若自己有权决定二战末期的重大决策，他肯定不会让苏联参战。如此行为使后来的艾森豪共和党政府难以忍受，警告麦克阿瑟注意言行，否则将公布太平洋战争时的原始资料，使其难堪。 |
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