新疆古称西域、西州等。为欧亚大陆桥联络西亚、中亚及中原的枢纽。在汉、唐帝国全盛时期，中原帝国势力多次自河西走廊西进，直抵葱岭，新疆地域大部曾经断续归属中原王朝。
从宋、元以降，直至约在大航海时期，新疆地域天高地远，也就成为多族群、多宗教、多国家竞相争霸欧亚大陆的重要舞台。到了明朝中、后期，随着蒙古东察合台汗国崛起、东进，以及明朝向东转向经略东北、朝鲜半岛，因而两大势力此消彼长，明朝势力被彻底被挤出了新疆地域，退往嘉峪关以东。后来，蒙古东察合台汗国内乱，察合台后裔赛依德平定新疆，建立叶尔羌汗国。1678年，叶尔羌汗国后期，蒙古准噶尔部在天山以北崛起，五世达赖因此授以“噶尔丹博硕克图汗”之号，册封了准噶尔部的老大噶尔丹为汗。噶尔丹为此大喜，举行大典称汗，以“噶尔丹博硕克图汗”宣示周边，准噶尔汗国就此形成。准噶尔汗国立国以后，四面用兵，每战必胜，并在1680年吞灭东察合台汗国，势力东进，逼近嘉峪关、河西走廊及河套一线。期间，随着满清入关、问鼎中原，势力日渐西进，就此，正在膨胀的满清帝国与东进的准噶尔汗国在嘉峪关、河西走廊及河套一线碰撞。1697年，经过乌兰布通之战，昭莫多之战，翁金之战，噶尔丹数战大败，最终为清军强势的政治、军事压力所逼，暴毙军营。然而，等到清军撤军，得到缓和空间的准噶尔汗国励精图治，迅速疗伤，也就再度崛起。新崛起的准噶尔汗国并不急于西进嘉峪关，而是先后征服新疆、青海、蒙古高原西部、西伯利亚南部、中亚哈萨克及乌兹别克等广大地区，成为一个拥有数十万大军的强大帝国。1727年，准噶尔汗国噶尔丹策零汗自认实力大增，因而决意向拉萨进军同时，又向嘉峪关、河西走廊及河套一线扩张，再度与清军决战。第二番大战，清军备战不力，数次苦战无法驱逐准噶尔汗国大军，因而转向谈判，约定以杭爱山为界签订和约。然而，就在准噶尔汗国欲图独霸西域之时，却又发生重大变故，使得清朝与准噶尔汗国对峙局面发生重大变化，为清朝再组大军收复新疆提供了战机。1745年，噶尔丹策零去世后，噶尔丹策零的两个儿子为争夺汗位，大打出手，使得准噶尔汗国爆发全面内战。内战十年，准噶尔汗国国势大衰，本来为准噶尔汗国强势压制下的天山南北各种势力，眼见时机一到，各自顺势起兵，就地坐大。远在北京的清帝乾隆看在眼里，当然不会放弃这一最佳战机。1755年，乾隆集结30万大军，先后以策楞、兆惠为帅，向噶尔汗国用兵。经过2年血战，清军按照乾隆的“总以严行剿杀为要”的要求，步步紧逼，绝不留情，最终彻底灭亡了准噶尔汗国，解决了满清帝国来自西域的七十余年的威胁。就此，曾经强极一时的准噶尔灰飞烟灭，仅给今天留下一个地名。准噶尔汗国被灭，周边哈萨克、布鲁特，葱岭以西各部为清军震慑，纷纷表示归附。然而，清廷苦于连续2年作战，后勤极度困难，因而无意接纳各部内附，仅留下小部军队，匆忙间即开始撤回大军。1759年，眼见新疆空虚，天山以南的大、小和卓木等回部便再度联络起兵，欲图称霸南疆，裂土建国。这是一段很多人都不陌生的却又很多人全然不知道的历史。人们不陌生，是因为武侠小说家金庸在《书剑恩仇录》里，胡扯瞎掰了回部受尽压迫，霍青桐率回军反抗，妙计大破兆惠4万精锐铁骑的故事，就是以这段历史作为。实际上的真实历史更是一场惨烈活剧，当年，兆惠仅率3000骑兵出征天山以南，以少击多，战无不胜，对回部战绩炫目，恰好与小说相反。——可见，用小说、影视剧等虽然非常容易、方便“普及”历史，不过，这类靠艺人们普及的历史，往往背离真实，终究是“艺人”的历史。现在回望历史，正是因为清军大将兆惠率部大败各路回部，灭绝各路回部在南疆裂土建国企图，这才将天山南北、葱岭以西等广袤大地完全并入了满清帝国版图。
就此，清高宗弘历以“新附旧疆”之意，将这片160万平方公里以上的广袤土地，命名为新疆。
从中国版图意义上，兆惠贡献之大，远比虚名在外的卫青、霍去病等人，更当得起“英雄”二字。然而，满清帝国虽然收复了新疆，在没有动车，高铁，微信和电话的时代，要想有效控制遥远、广袤新疆，困难可想而知。无奈之下，清廷只好在沿袭当地伯克制度，分封天山南北，由大大小小的各地伯克们分治打理新疆。伯克为头领、贵人、大爷之意，来自突厥语，即Beg或Bek，也可以说成Bay，即巴依。——在电影《冰山上的来客》、阿凡提故事等等提及的巴依老爷称谓，即来自此。当时，清廷在天山南北分封各级伯克官职有三十余种，包括阿奇木伯克、伊沙噶伯克、商伯克、哈子伯克、密喇布伯克、明伯克等伯克。这些伯克类比清廷官员，品级为三品到七品不等，各级伯克官员名额共270人左右。这些伯克接受清廷册封，在新疆人口密集的喀什噶尔、叶尔羌、和阗等地区和城市所置伯克最多，而拜、赛喇木等小城小区，则仅设伯克六人。清廷全免了归附清军的伯克税赋，仅向各地伯克象征性收取少量赋税，撤军之后，仅留下大约3-5万人的军队，维持新疆地区的基本治安。即便如此，清廷苦于内陆经河西走廊保障新疆后勤确属十分困难，要想维持“沧海一粟”的新疆驻军，也是非常艰难。因此，清廷在逐年减兵之外，更得依靠新疆各地的伯克就地承担治安责任。因而，为羁縻各地伯克，清廷甚至在当时全国25个省级行政区征调“协饷”，一则解决清军驻疆军费，二则补贴各地伯克军费，以及新疆本土经济补贴等。为此，清廷财政每年就需要全国搜刮大约200万至400万两白银的巨款投向新疆。累年叠加，中国这些历史性投资也为新疆标注了更清晰的“主权”。不过，当年新疆各地伯克却完全没有家国概念。他们热衷两头取巧，发家致富，享受人生。因而伯克们当然也不会承情清廷对新疆的扶持。天遥地远，伯克们有着高度自治权，更容易将协饷看着是清廷无力在新疆行使治权的无奈之举，因而，他们做事往往不留余地，极为过分。据据《西域图志》、《西域见闻录》和《回疆志》等记载，伯克们收到清廷丰厚的协饷，却贪得无厌，盘剥地方同胞也十分凶残：“惟序坐次以相统属，无服色崇卑之别。亦无贡赋、养廉额数，均视其所辖回民之多寡贫富，恣意索取，不知抚恤。”拥有高度自治权的各地伯克对清廷、民间两头抓拿，恣意索取，不知抚恤，使得新疆民情怨恨淤积。如此时间到了1862年，清廷每年减兵，在驻疆军队已经不过象征性的万余人。这时，清廷为应付太平天国及甘、陕、川、滇等多地战乱，财政几乎枯萎，最终无奈停止了援疆协饷。
这样，眼见清廷停了协饷，驻疆军政官员这才刚刚向新疆各地伯克们开口解释、抚慰，伯克们却早就心怀不满，呼啸一声，闹出了1864年夏季的新疆动乱。这场类似大、小和卓木叛乱的动乱最初由新疆回部攻占库车县城开始，很快席卷库尔勒、乌鲁木齐、昌吉、喀什噶尔、和阗、哈密、塔城、伊犁等地。清军兵少，无法平息乱事，只得退守塔城、巴里坤与哈密等数个重点城市、据点，等待救援。各地伯克大大小小互不隶属，犹如多年前大、小和卓木起兵，伯克们貌合神离，既要进攻清军，又要顾忌提防被其他回部盟友鲸吞，于是，一场反叛清廷的武装叛乱很快上演为各部回部互相攻杀、相互割据的混战。天山南北狼烟四起，战乱不息，杀人如麻，汉人尤其当先遭殃。为平息乱局，占据南疆喀什噶尔城的柯尔克孜族伯克名叫思的克，他仿照突厥体制，在自立“帕夏”以后，因为资历尚浅，不被喀什噶尔城内的浩罕商人和伯克们认同。为此，思的克灵光一闪，想起了向位于中亚的浩罕汗国求援的馊主意。浩罕汗国短期曾经为清朝藩属国，后来征服塔什干，在俄国与清朝之间崛起，为中亚强大的伊斯兰教汗国。浩罕汗国自大、小和卓木叛乱时期以降，一直支持新疆回部叛乱，道光年间，浩罕汗国更是扶持大和卓木之孙张格尔入疆引发张格尔之乱。张格尔之乱是继大、小和卓木叛乱之后，爆发在新疆的大规模叛乱。为此，清廷与浩罕汗国绝交，出兵平定叛乱，并且擒杀张格尔。当时，乾隆年间被清军杀掉的大、小和卓木的大和卓木之曾孙，及道光年间被清军杀掉的张格尔之子布素鲁克，即生长、客居在浩罕汗国。在南疆回部各位伯克心中，大、小和卓木和张格尔虽然死去，布素鲁克作为他们的嫡后，号称圣裔，在回部之中自然就有着极高的影响力和号召力。
思的克即想借助布素鲁克提升自己在回部名望，以统一回部，同时，他也想依靠浩罕汗国外援，速战速决，在天山以南实现裂土建国。浩罕汗国为连接俄国与远东的陆上桥梁，其地理位置极为重要，当时与世界头号帝国的英国，以及觊觎东方的俄国等大国，都是过从甚密。
按照思的克的设想，如能得到如此强援，完成心愿不难。
然而，在思的克意料之外，他既请来了布素鲁克，布素鲁克的后面却又不请自来地跟来了阿古柏。阿古柏为乌兹别克的塔什干人，为街边舞童出生的浩罕汗国将领。
他在浩罕汗国军队里以善战闻名，因功被升为雅霍甫伯克，为当时浩罕汗国颇具威望和野心的实力人物。在阿力木库尔汗和胡达雅尔汗的争位政斗中，阿古柏襄助阿力木库尔汗，深度参与政变。事成以后，阿古柏被胜利者阿力木库尔汗晋升、分封为阿克麦吉特地方的伯克，成为浩罕汗国一方诸侯。封赏完毕，阿力木库尔汗对阿古柏参与政变表现的卓越能力，倍感不安，忌惮。正在这时，1865年春，阿力木库尔汗接到思的克求援，大喜之下，他当即派阿古柏率58名骑兵，护送布素鲁克前往喀什噶尔城。到达喀什噶尔城，布素鲁克和阿古柏当然不甘为思的克所用，于是，阿古柏再次策划政变，故技重施得手，将思的克逐出了喀什噶尔城。思的克愤怒之下，回到封地聚集柯尔克孜族7000余骑兵反攻喀什噶尔城。不过，在热兵器战争时代，思的克的长枪大矛的中古式骑兵肯定远非阿古柏的58名浩罕枪手的对手。当夜，狂风大作，阿古柏亲率58名浩罕枪手夜袭思的克的大营。夜袭之时，阿古柏一面组织部下以快枪袭击，一面装神弄鬼，假装神灵附身，震慑从来没有见识过火枪厉害的柯尔克孜骑兵丧失抵抗意志。很快，思的克乘乱奔逃，阿古柏也就占领了思的克的军帐。就此，阿古柏借助布素鲁克家族声望，几乎全部收编了思的克的军队。而后，借助这支收编的思的克的军队，阿古柏开始对莎车、和田、库车、叶尔羌、阿克苏、吐鲁番等周边回部势力进行征讨。1867年，阿古柏自称“毕条勒特汗”，扶持“圣裔”布素鲁克成立了“哲德沙尔汗国”。哲德沙尔汗国，即包括喀什噶尔、莎车、和田、库车、叶尔羌、阿克苏、吐鲁番等回部七城的汗国。从现代国家意义去看，这是一个外国人进入中国领土，利用地方混乱建成的一个“叛乱的、非法的国家”。
随后，阿力木库尔汗为使阿古柏长留新疆，给阿古柏派出援军、军资，阿古柏势力得到壮大之下，索性栽赃了布素鲁克荒淫无耻，违背教规，予以废黜。至此，阿古柏宣布取消哲德沙尔汗国，自称巴达吾来特哈孜，即洪福之王，建立了洪福汗国，又称“毕杜勒特汗国”。1867年5月，阿古柏派兵攻占了库车、库尔勒，继续在南疆扩展势力。与此同时，万余清军分散防守塔城、巴里坤与哈密等地，势力弱小，只得勉力自保，眼睁睁看着阿古柏在二、三年之间即四面征战，鲸吞疆域，不断坐大……如此一来，阿古柏眼见自己实力大增，清廷无暇顾及新疆，索性废黜布素鲁克，靠着浩罕汗国援军和军资建立了洪福汗国，就已然是外国入侵新疆的性质了。
新疆既然是欧亚大陆桥重要节点之一，浩罕汗国和阿古柏东进切入新疆，当然就激发了英国、俄国等列强在清廷后院动手、瓜分新疆“红利”的欲图。为此，英国宣布承认阿古柏的洪福汗国，并向阿古柏赠送大炮和一万支步枪贺礼。 得到英国和浩罕汗国的支持，阿古柏再无后顾之忧，索性指挥军队向北疆进军，相继攻陷吐鲁番、迪化和鄯善等城市。同时，阿古柏军队所到之处，更是要求当地民众放弃清制，改用浩罕汗国民俗，在文化、信仰上，下刀切割新疆与内陆的关系。这一阶段，白彦虎在陕西发起回乱被清军击败，也是率部逃窜新疆，投奔了阿古柏。新疆乱局之下，1871年，长期觊觎新疆的俄国眼见清廷在新疆几无作为，悍然派兵，以“代为收复”为借口，发起“特别军事行动”，鲸吞伊犁9城……此后，俄国更以帮助清军剿灭阿古柏为借口，派出军队继续东进，欲图攻略迪化。不过，俄军这次东进，一则受英国干涉，所派兵力较少，二者受沿途为气候、地理影响，及各方武装抵抗，最终无法前行，只得退兵。而后，俄国索性将新疆与其下属中亚三个俄属土尔克斯坦并列，改称新疆为东土尔克斯坦。短短数年间，从回部叛乱到浩罕汗国势力入侵，再到英国、俄国等列强势力入侵，新疆局势急遽恶化之余，再不像以前的大、小和卓木叛乱，各种势力纠缠交错，新疆局势尤其复杂。这时，清廷才熬过太平天国战乱，正值财政薄弱，兵力疲惫，国力衰弱之下，又接连遇到英法等列强威压东海，法国进军越南，日本寻衅台湾等等危机。
如此一来，新疆危机加剧了清廷陷入东部海防与西部塞防的两难。危机自帝国东、西两方出现，清廷也就随之出现了两种意见。其一，以直隶总督兼北洋通商大臣、文华殿大学士李鸿章为首的弃疆海防派。李鸿章认为，“新疆不复，于肢体之元气无伤；海疆不防，则腹心之大患愈棘”。为保海防，应该将计划用兵新疆的军费移作海防之饷，修建海防要塞，购买坚船利舰。——历史为鉴，假设当时真如李鸿章建议，放弃新疆，专注海防，如是遇到甲午战败，再失去新疆，何其惨痛？左宗棠参与平定太平天国、平定捻军、兴办洋务等事务，尤其主持平定陕甘，对新疆得失更是上升到帝国国家安全的战略层面。左宗棠既看重 “海防” ，主张“ 东则海防，西则塞防，二者并重”。同时，他从“ 周、秦、汉、唐之盛，奄有西北。及其衰也先捐西北，以保东南，国势浸弱，以底灭亡 ” 的历史角度，阐述了“不独陇右堪虞，即北路科布多、乌里雅苏台等处，恐亦未能晏然”的国防战略道理。在左宗棠眼里，新疆之遥，并非不可及，而是陆上屏障蒙古、陕甘的战略要害，其战略安全意义更是波及华北京畿。对整个帝国的陆上国防而言，新疆得失更是有着牵一发而动帝国全身的战略地位。因而，清军只能一劳永逸地解决新疆阿古柏问题，才可能转身全力经营“海防”。否则放任阿古柏问题，英、俄等列强实力势必顺势入侵，届时，“我师退一步,则俄人进一步”，失去新疆藩篱，后果不堪设想。为保新疆，左宗棠在争论同时，更是制订了出征阿古柏收复新疆的具体用兵方案。幸运的是，在这场争论中，清廷最终采纳了左宗棠的意见。
1875年，作为近代史上最了得的民族英雄，左宗棠终于开始了对新疆用兵。
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