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这是日本科学史上耻辱的一页。发动太平洋战争前夕，日本政府积极构建为战争服务的“科学技术新体制”。接受这一体制的，不仅有学界的元老和权威，还有一线研究者和年轻研究者。他们最关心的不外乎是取得研究业绩，因此只要科研经费有保障，大多数研究者对时政并不关心，其中有些人甚至主动配合学术统制和研究动员，极力迎合军国主义和法西斯主义。日本的科学界、技术界，还有思想人文界，在军国主义和法西斯主义的大潮里，全面沉沦了。 1936年，也就是“二二六”事件发生那一年，日本两位著名学者对本国的科学家提出了严肃而尖锐的批评。
一位是著名哲学家田边元。作为最能够代表日本思想家思维能力和理论水平的“京都学派”的代表人物，田边元在学界富有声誉。他在1936年10月发表文章《科学政策的矛盾》，批评科学家们虽然“在自己的专业研究中取得了显著的业绩”，但“完全不知道运用科学理念去思考专业以外的一般事物，反而任由与科学精神相悖的蒙昧主义兴风作浪”，认为他们“缺乏对国家社会弊病的关注以及对其原因的实证剖析，只要政府能够源源不断地为自己提供研究所需的必要经费，就对其他的一切不合理视而不见”。对于来自哲学界的批评，著名数学家小仓金之助立即作出了回应。这位曾留学法国的学者发表文章《自然科学家的任务》，对于拘泥于狭隘的专业领域的现代自然科学家进行了尖锐批评，“他们没有意识到自己的专业研究所应发挥的社会作用。为了保全自身而变成了单纯的利己主义者（正因如此，对于当权者来说，没有什么比自然科学家更容易摆布的了）。”小仓金之助也描绘了当时日本“大学的没落”：“象牙塔要么日渐僵化，要么腐败丛生。在拒不接受批判的世界里剩下的只是保守与反动，优秀的年轻人才日渐稀少，新的思想被束缚……老练之辈大多不是保守就是反动，并且还是各自派系的头目。”最后，他总结道：“没有比当今时代更迫切地需要真正意义上的科学批判的了……自然科学家们首先必须以身作则贯彻科学精神。”这两位学者之所以批评科学家，是因为他们锐觉察到时代的动向。自从1931年“九一八事变”后，日本就开始迈向总体战体制，为此就要实现军事、政治、经济的全面一体化，科学技术也被纳入其中。正如一位政府官员说：“当今是科学的时代。科学动员应当与国民精神总动员一并列为国家总动员的核心。”于是，日本开始强调振兴科学技术。1932年12月，在获得天皇150万日元的下赐金、政府100万日元的补助金以及经济界的赞助下，日本最大的研究奖励机构“财团法人日本学术振兴会”（俗称“学振”）正式成立，首相亲自担任会长。“七七事变”后，文部省成立“科学振兴调查会”、内阁成立 “科学审议会”，在推动战争的目的下指导科学振兴和技术开发。不过，这个高呼科学动员、科学振兴的时代，同时也是侵犯学术自由、反智主义横行的时代。当时日本极力宣扬所谓的“日本精神”，称赞日本自古以来充满感性的淳风美俗，贬斥西洋文明，甚至贬低来自西方的近代科学。1934年，身为内阁成员的文部大臣松田源治，就公然抨击数学教育等是“对西洋文明的过度沉迷”，是只重知识、忽视道德的“偏知教育”。1937年，中学的教学大纲在被大幅修改，学校里灌输给孩子们的是“日本优越性”，鼓吹用情操和信仰来取代知识。随着战争气氛愈加浓厚，对思想、文化的统治也日益加强。日本是一个有独特优越性的“神圣国家”，人人都要接受这种观点，绝对不能对这种神灵附体式的国粹主义进行判，甚至连怀疑都不被允许，否则就会遭到攻击。在这样的历史背景下，田边元和小仓金之助提醒科学家们保持科学精神，保持以科学精神为基础的合理性批判，由此促进学问与文化的健全发展。但是，在日渐崛起的军国主义和法西斯主义面前，他们的这些言论如此轻微，不堪一击。从1940年6月开始，近卫文磨内阁在全国开展“新体制运动”。这是一场以推动战争为目的的、由官僚和军方主导的社会重组运动，目的是构建一个极权主义的体制。“新体制运动”有两大支柱构成，一个是“经济新体制”，一个是“科学技术新体制”。由于 “经济新体制”试图让追求利润的企业目的服从于推动战争的国家目的，因而遭到了企业方面的强烈抵抗，“经济新体制”最终也没有完全实现军方和官僚的设想。但是，“科学技术新体制”却顺利而迅速地建立起来。
所谓的“科学技术新体制”，就是要“形成具有日本特色的科学技术”， 为军国主义和法西斯主义服务。用1941年5月内阁决议通过的《科学技术新体制确立纲要》里的话说，就是“将科学技术作为高度国防国家建设的根本纳入国家总体战体制之中，在实现科学的划时代振兴与技术的飞跃性发展的同时，通过振奋国民的科学精神来夯实总体战体制的根基，以此形成立足于大东亚共荣圈资源的具有日本特色的科学技术。”这个《纲要》要求设置技术院与科学技术审议会，全面完善科学技术研究机构，其目的就是通过组建一个统一管理所有研究项目的单一司令部，将此前单独开展的各项分散研究综合起来，在整个领域重点推进国家确定的当前的重要研究项目，为日本的对外侵略服务。和企业界怀疑、抵制“经济新体制”不同，科学界却欢迎“科学技术新体制”，物理学界尤为显著。在政府发布《纲要》不久，著名物理学家长冈半太郎就发表《关于科学技术新体制的声明》，最早表明了赞成态度。作为日本物理学的奠基者和创始人，长冈半太郎培养的学生遍布物理学的各个学科领域，有“日本物理学教父”之称的仁科芳雄即是其中之一。紧随老师之后，仁科芳雄也在表态接受这一政策，他说：“当今的战争是国家的总体战……科学行政中心机构的立……实现了研究机构之间的相互联系，能够以最大效率来完成国家的研究项目。从这一点来看，科学行政中心机构的设立是必须的。”仁科芳雄公开发表文章，呼吁“从根本上确立战时体制”。他主张，不仅是科学技术，国家的所有功能都应从属于战争目的，实行一元化领导体制， “为了打破眼下我们大和民族所面临的这一亘古未有的困难局面，政治与行政自不必说，还应将经济产业、科学技术等所有要素作为应对战争的一元体制中的一环加以推动。”在日美开战后，仁科芳雄还答应陆军要求，着手研究原子弹，为走向邪路的日本卖力。还有一位重量级物理学家公开支持“科学技术新体制”，他就是“明治数学始祖”菊池大麓的儿子菊池正士。菊池正士在36岁时就通过科学实验，证明了刚刚诞生不久的量子力学的正确性，因此在国际物理学界都有很高的声望。1941年，时任大阪帝国大学教授的菊池正士给《朝日新闻》投稿，呼吁学界积极配合科学技术新体制，“科学家应当与其他社会部门相配合，牢记一切研究活动都必须以服从国家目的为前提。”菊池正士还奉献了自己的构想：通过完全放弃“大学自治”“研究自由”的理念，形成军方、产业、学术三者的联合，建立起对研究的一元化管理。为此，他提出来三点具体主张：第一，大学教授的地位不是永久不变的，没有实际研究成果的人“应该统统被罢免”；第二，废除大学讲座制，改为研究室制；第三，全国各大学的各类讲座的带头人组建日本学术界的“参谋本部”，“与军部以及企画院之间建立联系，制定研究方针，分配资材并决定教授、副教授的任免。大学以外的各部委及民间研究所的负责人也要成为会员，加入其中”。在菊池正士看来，这种改革最重要的因素，“只能是让每个人都具备牺牲小我、贡献国家的深刻觉悟。即一亿人民团结一心、身体力行地实践克己奉公的精神”。很难设想，这些言论并非来自狂热的国家主义分子，而是来自获得博士学位、拥有国际化研究成果且声望颇高的研究者。积极接受为战争服务的“科学技术新体制”的，不仅有学界的元老和权威，还有一线研究者和年轻研究者。对于研究者来说，最关心的不外乎是取得研究业绩，因此，只要科研经费有保障，大多数研究者对时政并不关心。即便没有光明正大地依附军方，率先挥舞科学动员之旗，但是为了自己能够获得一展身手的机会和研究所需的资金，大多数还是接受了战时的科学动员。其中有些人甚至主动配合学术统制和研究动员，极力迎合军国主义和法西斯主义。至于技术界，也非常欢迎向军事工业、重化工业倾斜的“科学技术新体制”，特别是那些进入政府内部的技术官僚。这些人都是学有专长的技术专家，心怀主导国家技术政策的“大志”，结果成为极权主义体制的配合者和设计者。典型代表就是著名工学家宫本武之辅。他不但是水利领域的权威，而且担任掌握着统制经济主导权的企画院的次长，在政府内很有影响力。他认为日本应该掌握最优秀的技术、保持技术的独立性。在1940年的《技术国策论》一书中，宫本武之辅站在强化日本军力和发动战争的立场上提出，“对构建国家国防体制来说，技术是最重要的资源之一”。他还在书中赤裸裸地写道——有效地利用技术为自由主义的目标服务还是为极权主义、国家主义的目标服务是两个根本不同的理念。但是，根据当前的国家要求，对技术的应用是国家最重要的资源之一。因此，不可避免地要向后者倾斜。 
在科技界的大力配合下， “科学技术新体制”迅速建立起来。在这种新体制里，科学研究者与技术工作者备受优待，战时的日本竟然迎来了“科学的春天”。 1941年4月，杂志《科学PEN》上刊登的一篇随笔中这样写道——科学总动员一词自从去年出现之后，各个领域纷纷制订了相应计划。在这一风潮的引领下，迎来了科学的大好时代。甚至出现了“不知科学，枉为人也”的说法，科学之花从未像现在这般绽放，大量的科学书籍出版，报纸的广告栏中每天都充斥着大量广告；科学家的传记在电影院上映；纪录片竭尽全力普及科学知识；科学家在广播上热情发表演说；报考大学、专科学校技术专业的学生络绎不绝；姑娘们都愿意跟技术人员结婚。这一切都表明，科学家的春天已经到来。 只要研究经费充足，大部分科学家都沉浸在战时的科学动员所带来的科技热潮中。1951年，日本学术会议面向全国的研究者做了问卷调查。在对过去数十年间，哪一时期的学问自由度最高的提问中，回答最多的竟然是战争期间。一位科学评论家曾写道：“放眼物理学界，不知为何，有一点是很明确的，就是以仁科芳雄为首的青年理论物理学家，身在所谓严冬时代的日本，却能精力充沛而自由地努力搞好研究事业，这一点给我留下了深刻的印象。”对于科学家们服从和配合新科技体制的现象，一些社会学者并没有批评，而是予以支持和赞美。社会学家清水几太郎在1940年写道：“之前人们倡导科学和学问是因为他们相信这与个人主义或自由主义有某种密切的关联……现如今国家制订并实施了科学动员计划，之前的信仰自然而然地就会失去作用。科学被视为国家力量的一部分，这种意义上产生的自觉意识不论对于国家还是科学都是可喜可贺的。”即使曾对科学家提出过警告的田边元也失去了方向。作为哲学家，他在1940年前后参与了对“大东亚共荣圈”合理性的哲学论证，成为他一生的污点。小仓金之助也改变了自己的观点。他在1941年4月发表文章《科学家在当前时局下的责任与义务》，主张“原则上对科学以及技术研究进行强有力的统制来为国家服务”。在名为《对日本科学的殷切期望》的文章里，他郑重地提出——我等应沿着高度国防国家建设的路线，努力搞好科学研究，争取早日实现这一目标。为此，要有意识、有计划地实现“数学、科学、技术的综合与统一”……时至今日，不论是哪个领域的科学家，对科学、技术的新体制漠不关心或固守封建割据主义都是绝对不能被允许的。 在小仓金之助看来，由军方自上而下实施统制的、服从于总动员体制的“科学技术新体制”，能够促进日本学术界的现代化，因此科技界应当给予肯定，而且积极配合。显然，这种公开并呼吁人们积极配合法西斯体制的论调，不是变节，甚至连假装变节都算不上。就这样，日本的科学界、技术界，还有思想人文界，在军国主义和法西斯主义的大潮里，全面沉沦了。
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