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根据调查，目前市面上生物发酵饲料多为多菌种复合发酵。所用菌种符合《饲料添加剂品种目录》规定，一般包含芽孢类、酵母类、乳酸菌及丝状真菌类（黑曲霉、米曲霉），其中前三类菌种比较常用。属于好氧菌，维系发酵料温，主要参与好氧发酵过程，具有夺氧占位的作用。发酵过程中分泌的消化酶类可分解蛋白抗原，促进饲料在肠道中快速利用。代谢产生的抗菌肽类物质，具有调节肠道平衡的效果。属于兼性菌，有氧阶段繁殖快，厌氧阶段产酒精等挥发性物质，具有独特香气，可提高饲料适口性，提升动物采食量。厌氧为主，发酵过程中可产生乳酸，有效控制饲料pH，抑制饲料中杂菌生长，杀灭肠道中病原微生物。不同菌种不同菌株，发酵过程中产生的代谢产物也不同，只有繁殖能力强，抗逆性好，代谢旺盛的菌，才能有效进行饲料发酵。不同的菌按照不同的比例配伍，对于原料的利用、营养改善上都会有区别。在产品质量稳定性及安全性上，大家一定擦亮眼睛，精打细算，学会分析产品性价比。根霉含有丰富的淀粉酶，一般包括液化型和糖化型淀粉酶，两者的比例约为1：3.3，而米曲霉则为1：1，黑曲霉为1：2.8。可见小曲的根霉中糖化型淀粉酶特别丰富。尽管由于液化型淀粉酶的活力较低而使糖化反应速度降慢，但它的最大特点是糖化型淀粉酶丰富，能将大米淀粉结构中的α-1，4键和α-1，6键打断，最终较完全地转化为可发酵性糖，这是其他霉菌无法相比的。根霉菌对人体无害，食用甜酒曲及糖化饲料就是选用此菌制备的。这几年，我国逐渐兴起了益生菌发酵中草药类微生态制剂。中草药是我国传统药材，具有天然、毒副作用小、不易在畜禽体内残留、长期使用不易产生抗药性等优点。可以提升动物免疫力的作用，也可预防和治疗一些疾病。微生态制剂大家更为熟悉，具有无污染、无残留、增强机体免疫力、提高机体抗病力等优点。益生菌发酵中药类产品同时发挥了益生菌和中药的作用，并将抗菌、提升免疫系统作用放大。用益生菌发酵中药后，中药中抗菌物质更易溶出，益生菌也受到中药促增殖作用的影响，加快生长繁殖的速度，更有利于其产生抗菌物质，聚合提升动物抗病能力。
三、益生菌发酵中草药在蛋鸡养殖中的作用1、营养作用： 从营养学角度进行理论分析，中草药添加剂能提高蛋鸡生产性能，一般认为与其可以提高机体的免疫力密切相关。中草药中的主要有效活性成分——多糖、苷类、生物碱、挥发油类、有机酸类等，起着调节动物机体免疫功能的作用。 2、免疫作用： 中草药中的多糖类、有机酸类、生物碱类、苷类、挥发油类等有增强免疫的作用，而且可避免西药类免疫预防剂对动物机体组织有交叉反应及副作用等弊端。 3、激素样作用： 中草药本身不是激素，但可以起到激素相似的作用，并能减轻或防止、消除外激素的毒副作用，所以被认为是胜似激素的激素样作用物。 4、抗应激作用： 在夏季防止热应激方面，益生菌发酵中草药的功效是通过强化机体免疫器官免疫功能，所以要比常规的VC、冰片、薄荷等解表效果显著，极大减少热应激造成的伤害，并且可以起到调节机体整体阴阳平衡的全面保健效果。 益生菌发酵中草药主要成分：复合微生物、复合酶、微量元素及当归、党参、刺五加、川芎、菟丝子、益母草、何首乌、白术等16味微生物发酵中药；具有微生态制剂的肠道调节和增强免疫力的功效，同时又具备补肾益脾，暖宫活血的功效；还可降低鸡蛋胆固醇，提高产蛋率，延长产蛋高峰期。 四、益生菌发酵中草药在蛋禽（鸡、鸭、鹅、鸽、鹌鹑等）上的应用效果1、使用第三天，粪便颜色变浅，饲料吸收率明显提高，圈舍氨气味道明显改善，蛋壳颜色明显变深而且光亮。 2、使用第七天后，可见整体蛋重增加，蛋黄颜色变深，蛋壳质量提高。 3、两周后，明显提高群体免疫力、抗病力、尤其是肠道疾病大大减少，产蛋率达到理想状态。 4、明显提高综合抗应激能力，配合疫苗使用，可提高疫苗效价。 5、长期添加，有效预防输卵管炎以及流行性疾病的发生。 6、全程使用，延长产蛋高峰期达到180天以上，羽毛丰满，淘汰鸡体型好，重量都会有大幅度提升。
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