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大家好，本期小编分享一篇发表于《Fron tiersIn imuno logy》杂志，以生信分析为基础题为Evalu ation of Tumor microenv ironment and immuno therapy strategy in acute myeloid leukemia using transient receptor potential channel correlation model based on machine learning（基于机器学习的瞬时受体电位通道相关模型评估急性髓系白血病肿瘤微环境及免疫治疗策略）的论文。 01 研究背景 急性髓系白血病 （AML） 是一种侵袭性造血恶性肿瘤。AML中的瞬时受体电位（TRP）通道仍需进一步探索。本研究建立了基于机器学习的TRP渠道相关模型，这项研究的结果将有助于了解TRP和SCHIP1在AML预后和发展中的作用。 见图一 TCGA-LAML队列中TRP富集评分的特征。  图一 （A）TCGA-LAML队列中TRP富集评分与107个TRP基因表达值之间的相关性。黄色代表高基因表达;蓝色代表低基因表达。 （B）Kaplan-Meier曲线显示TRP富集评分与AML患者生存状态之间的相关性。蓝色曲线表示 TRP 富集分数较低的组，红色曲线表示 TRP 富集分数较高的组。 （C） 高和低TRP富集群之间差异分析的火山图。两组之间有107个差异表达基因。黄点表示两组表达值不同的基因，而蓝点表示两组表达值没有差异的基因。 （D）107个差异表达基因的GO富集图。 （E）0个差异表达基因的KEGG富集图。TRP，瞬时受体电位;AML，急性髓系白血病;去，基因本体;KEGG，京都基因基因组百科全书。**，<01.0;，<001.0;和****，<0001.<>。 见图二 建立跨国激进党签名。  图二 （A）57个预后TRP相关基因的单变量Cox回归分析的森林图。 （B）随机生存森林模型中错误率的分布和12个TRP相关基因的可变相对重要性（变量重要性>0.3）。 （C） 最小绝对收缩和选择运算符 （Lasso） 分析的 lambda 选择图。 （D）显示特征的八个TRP相关基因的分布，临床病理特征和TRP富集评分的热图。黄色代表高基因表达;蓝色代表低基因表达。TRP，瞬时受体电位。**，<0.01;和****，<0.0001。 见图三 TRP 签名的有效性。  图三 （A）卡普兰-迈耶生存曲线显示高TRP评分或低TRP评分亚组的生存概率。蓝色曲线表示 TRP 分数较低的组，红色曲线表示 TRP 分数较高的组。 （B）TRP签名预测的1年（0.738）、3年（0.796）和5年（0.858）生存ROC曲线。 （C）TRP评分和临床病理特征的单因素Cox回归分析的森林图。 （D）TRP评分和临床病理特征的多变量Cox回归分析的森林图。 （E） 五个外部验证数据集（GSE12417-GPL570、GSE12417-GPL96、GSE37642-GPL570、GSE37642-GPL96 和 TARGET）中 TRP 签名的单变量 Cox 回归分析。 （F）GSEA显示受TRP签名正向调节的癌症相关途径。TRP，瞬时受体电位;ROC，接收器工作特性;GSEA，基因集富集分析。 见图四 TRP 签名的基因组突变分析。  图四 （A）具有高TRP分数或低TRP分数的群体的基因组特征景观。 （B）具有高TRP评分或低TRP评分的组的详细放大或删除的CNV肿瘤图。 （C）高TRP评分组和低TRP评分组之间AML体细胞突变的瀑布图。TRP，瞬时受体电位;AML，急性髓系白血病;CNV，拷贝数变化。 见图五 评估 TRP 特征的免疫学特征。  图五 （A）显示具有不同TRP评分的浸润免疫细胞群丰度的热图。 （B）小提琴图比较了高TRP评分和低TRP评分在基质评分，免疫评分，ESTIMATE评分和肿瘤纯度方面的差异。 （C）GSVA用于受TRP签名积极调节的免疫相关途径。TRP，瞬时受体电位;GSVA，基因集变异分析。*，<0.05;**，<0.01;，<0.001;和****，<0.0001。 见图六 针对 AML 的 TRP 签名的免疫治疗和化疗。  图六 （A）TRP评分与AML中七种免疫调节剂的相关性。 （B）四个免疫检查点的表达与TRP评分之间的相关性。 （C） 高或低 TRP 评分组中六种化疗药物的估计 IC50 的箱线图。TRP，瞬时受体电位;AML，急性髓系白血病。 见图七 AML的SCHIP1的体外细胞功能实验。  图七 （A、B）SCHIP1在TCGA中正常和肿瘤之间的表达。（B）TCGA中SCHIP1的预后。转染24小时（C或D）后的细胞形态。NC表示空白对照组，si-SCHIP1表示敲低SCHIP1组，si-NC表示对照组。 （C、D）蛋白质印迹测定验证转染效率。 （G）CCK8测定比较不同细胞组的存活率。AML，急性髓系白血病;TCGA，癌症基因组图谱;CCK8，细胞计数试剂盒-8。**，<0.01;si-SCHIP1 与 NC 在 SCHIP1/GAPDH 和 24 小时细胞活力方面的比较;##， <0.01;si-NC vs si-SCHIP1 在 SCHIP1/GAPDH 和 48h 细胞活力方面的应用;%%， <0.01;si-NC 与 si-SCHIP1 的 48 小时细胞活力。 02 研究结论 该研究存在局限性。首先，我们通过回顾性研究公共数据库构建并验证了风险预后模型，同时需要更多的前瞻性研究来确保临床实用性。其次，由于TCGA数据库中的AML项目数据较旧，临床信息缺乏严重。同时，临床信息丰富的AML数据很少，缺乏临床相关数据是本研究的必然。最后，与实体瘤通常通过比较肿瘤组织与邻近组织来检测差异基因不同，由于样本本身缺乏正常骨髓细胞，血液肿瘤不可避免地受到其他外部因素的影响。 本研究通过详细的生物信息学分析确定了基于TRP评分的风险分层系统，初步确认SCHIP1是AML的癌基因。 好了，今天的文献解读就到这儿来，我们下期再见！ |
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