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今天给大家分享一下如何复现一篇2区SCI药靶孟德尔随机化文章，这篇文章发表在Arthritis Research & Therapy，影子因子：4.9，这篇文章是2023年8月14日出版的，是一篇非常新的文章，特别容易理解和操作的文章。 
1、直接下载暴露、结局数据、选择靶基因PCSK9和HMGCR相关的SNP（演示数据的结果） 
2、药靶孟德尔随机化统计分析，阳性对照验证，并且将结果整理成森林图（演示数据的结果） 
统计分析代码分享：下面以PCSK9抑制剂与SLE相关的代码为例 #install packagesinstall.packages("devtools")devtools::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")
#install.packages("ggplot2")
#librarylibrary(TwoSampleMR)library(ggplot2)
#set up your work directorysetwd("")
#load exposure dataPCSK9_snp<-<- read_exposure_data( filename = "input.txt", sep = "\t", snp_col = "SNP", beta_col = "Beta", se_col = "SE", effect_allele_col = "Effect_allele", other_allele_col = "Other_allele", pval_col = "P" ,eaf_col = "EAF",chr_col = "CHR", pos_col = "BP")#data filterPCSK9_snp<- expo_rt[expo_rt$pval.exposure < 5e-8,]PCSK9_snp <- clump_data(expo_rt,clump_kb = 100, clump_r2 = 0.3)#load outcome dataoutc_rt <- extract_outcome_data( snps = PCSK9_snp$SNP, outcomes = 'ebi-a-GCST003156')#harmonise and merge dataharm_rt <- harmonise_data( exposure_dat = PCSK9_snp, outcome_dat = outc_rt,action=1)
write.table(harm_rt, "harmonise.txt",row.names = F,sep = "\t",quote = F)
#mendelian randomization(MR) analysismr_result<- mr(harm_rt)View(mr_result)result_or=generate_odds_ratios(mr_result)write.table(result_or[,5:ncol(result_or)],"OR.txt",row.names = F,sep = "\t",quote = F)
#将统计结果绘制森林图
install.packages("forestploter")install.packages("grid")
library(grid)library(forestploter)
setwd("/Volumes/code/forest")
mydata=read.table("all_result.txt",header = T,sep = "\t")mydata$` ` <- paste(rep(" ", 20), collapse = " ")mydata$`OR (95% CI)` <- ifelse(is.na(mydata$or), "",sprintf("%.4f (%.4f - %.4f)", mydata$or, mydata$or_lci95, mydata$or_uci95))forest(mydata[,c(1:3,7:8)], est = mydata$or, lower =mydata$or_lci95, upper = mydata$or_uci95, sizes =0.3, ci_column =4 , ref_line = 1, xlim = c(0.05, 3), theme = tm3)
其他靶基因与其他结局的代码改一下数据就可以了，操作跟上述一样。这篇文章的操作分析都不难，最难的地方就是选题，要自己对药物与自己研究方向都非常熟悉，需要找到有临床意义的课题。如果自己不熟悉的话，就需要多查文献，多总结，花费的时间比较多。
药靶孟德尔随机化跟其他孟德尔随机化都一样，最难的一步是选题，如果不会选题的话，剩下的就交给运气。这次分享就到这里，希望本文对大家有所帮助。
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