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最近，有很多经典的研究方向又开始获得CNS级别期刊的青睐，比如小云前面讲过的“细胞衰老”，这回又看到1个Nature重磅综述（IF=108.555）研究“线粒体调控炎症” 文章讲到：许多线粒体成分和代谢产物可以作为损伤相关分子模式(DAMPs)在释放到细胞溶质或细胞外环境时促进炎症，并且失控的炎症反应涉感染性和自身免疫性疾病，神经，心血管，肿瘤疾病等众多人类疾病。文章讨论了mtDAMPs引发炎症的分子机制，线粒体控制炎症过程的信号转导级联反应，以及线粒体调节的炎症在人类疾病中的相关性。 当然是，线粒体这个研究方向依然是大热门啊！ 出于生信人的直觉，第一想法就是：线粒体作为一个经典又热门的方向，现在生信发文潜力和空间如何？（这可怕的直觉，看啥都想生信） Pubmed里转一圈就发现，线粒体方向的生信文章确实不少，但高分的也很多，也证明这个方向的生信发文前景依然坚挺呀！ 再说说发文空间，线粒体与肿瘤和很多非肿瘤疾病都密切相关，也就是说可研究疾病范围广泛；另外，线粒体与细胞死亡、免疫、氧化应激、肿瘤代谢等大热点也密切相关，在研究广度上也有一定的拓展，可以多热点关联研究（比如铁死亡和线粒体）。这两个方面都使得线粒体方向的发文空间有横向和纵向的拓展。 简单来说就是，前景一片大好，可以放心上车！（还在找生信方向的小伙伴看过来，线粒体就像六边形战士，热门又百搭，拿下高分不在话下） 1、线粒体功能障碍+非肿瘤疾病 题目：原发性干燥综合征中线粒体功能障碍与唾液腺免疫微环境之间的联系 研究思路：线粒体相关基因和基因表达数据从MitoMiner、MitoCarta和GEO数据库下载。通过生信分析构建了pSS-唾液腺中线粒体功能和免疫微环境之间的网络。随后，在临床样本中进行qPCR以验证生物信息学结果。对非pSS和pSS患者的唇唾液腺样本进行组织学染色和透射电子显微镜(TEM)进一步研究以观察疾病不同阶段的线粒体相关表型（详见下图）。 2、线粒体相关基因构建肿瘤预后模型 题目：线粒体相关转录组特征与肝细胞癌的预后、血管侵犯、肿瘤微环境和治疗反应相关 研究思路：147个核线粒体相关基因(NMRGs)从MITOMAP数据库下载。应用单变量和多变量以及LASSO Cox回归分析来构建NMRG特征，并利用ROC曲线下面积(AUC)的值来评估特征和列线图。进一步研究高风险和低风险人群之间的功能分化、肿瘤微环境和精准治疗的治疗反应（详见下图）。 3、线粒体能量代谢+肿瘤生化复发 题目：能量代谢相关基因预后指数预测接受根治性前列腺切除术的前列腺癌患者生化复发 研究思路：首先基于TCGA-PCa队列数据进行差异基因分析，以及通过WGCNA识别肿瘤相关基因。随后，通过肿瘤相关基因、DEGs和能量代谢相关基因的交集来确定候选基因。使用Lasso和COX回归分析找出与无BCR生存率相关的独立风险基因，然后建立能量代谢相关基因预后指数(EMRGPI)。随后进行KM生存分析，并利用ROC曲线评估EMRGPI对BCR的预测能力。评估EMRGPI与TME的相关性，并根据EMRGPI中位数将患者分为高低风险组进行GSEA分析（详见下图）。 小结 看完这几篇近期发表的文章，想必小伙伴们也能感受到“线粒体”方向生信文章分数依然坚挺！当你不知道自己关注的疾病应该选怎么生信切入点时，线粒体作为一个经典热门又百搭的方向总能给你一线希望，试试它准没错。既能单兵作战，又能与其他热点强强联手，既可做生信，又能延伸做大课题，说它是发文和申课题利器不为过吧？ 作者：尔云间 https://www.bilibili.com/read/cv19943535/ 出处：bilibili |
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