清官配方档将成方分为16门：风痰、痰嗽、伤寒、暑湿、燥火、脾胃、眼目、疮科、妇科、小儿、补益、泻痢、咽喉口齿、气滞、痰症、杂治；《清宫配方集成》在此分类基础上，结合临床分科现状与需要，将泻痢门归入脾胃门，将痰症门归人风痰门，将咽喉口齿门分为咽喉、口齿两类，另增加瘟疫、伤科、耳鼻、肛肠、美容等类，共20类方。针对具体每个配方的归类采取的原则是，原来已归类的参照原方，未归类的编者根据功效主治纳入；由于关注点的不同，每个配方或可有不同归类法。
清官配方的出处指的是该方来自清官何种档案或资料，包括丸药配方档、御药房丸散膏丹配方、药库丸散膏丹配方档、修合成方、上用丸散膏丹配方簿等配本，及清官配方治方手抄本与清官医药档案中散方等原始文献；出处还说明了配方同时见于《清太医院配方》、《清太医院秘录医方配本》、《太医院秘藏膏丹丸散方剂》等专著中的情况。 
精彩书评 儿时余之母亲，即醇亲王福晋，曾谓宫中之香肥皂，以猪胰子为原料，制成锭状，用之香气馥郁，余幼时曾经洗沐，于今仿佛犹在目前。此外宫中之平安丹、至宝锭，可疗治多种疾病，诸如腹泻、腹痛、发热、伤风等，余儿时亦曾服之。余以为倘从宫廷秘方中探源溯流，广征博引地分析研究，推广其成功经验，定可收寿世济人之功。
——爱新觉罗·溥杰
这些方剂大都出自名手，或由大臣使用奏效后，进荐宫中试用有效之良方。例如“益寿膏”，大学士李鸿藻进此方，组成以温阳补肾者居多，经慈禧和宫中其他人使用后，疗效确实。我们研究亦发现益气温阳补肾药确实对几种疾病，尤其对甲状腺功能减退、冠心病、病态窦房结综合征等病种特别有效。
——著名内科学家邝安堃
昔苏文忠公有云：“药虽进于医手，方多传于古人，若已取效于世间，不必皆从于己出。”清官档案中所存医方，经一番整理，使其中功效卓著的方药，均能一一明确其疗效，阐明其方义，使之能更好地为人民大众服务，则于国家、于医家、于病家，都有巨大的裨益云。
——著名中医学家任应秋
宫廷生活与民间不同，宫廷用药亦较民间为优。御药房备药极为考究，既求道地，更重质量，至于称准分量，严格熬制，均有记载可参，又有实物可凭，如用八种不同物资，测准衡器，即颇合理。此为值得研究者之一
——著名医史文献学家耿鉴庭
向帝皇献秘方验方，是升官敲门砖之一，“大内秘方”向来是很吸引人的。首先出版《慈禧光绪医方选议》，尔后出版《清官医案研究》及《清官配方研究》二书，书中所载均是实际施用于帝皇等身上的药方，其中一定有较为效验的方药，这是无可置疑的。
——国医大师邓铁涛 目录风痰方
痰嗽方
伤寒方
暑湿方
燥火方
脾胃方
气滞方
瘟疫方
眼科方
疮疡方
妇科方
儿科方
补益方
咽喉方
口齿方
耳鼻方
杂治方
伤科方
美容方
肛肠方 往日书籍：
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