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明朝永乐十八年(1420)定都北京，将吏部官属移往北京。1425年明仁宗时，于南京复置。正统六年(1441)始于南京所置官署加“南京”字，称南京吏部，设尚书一人，右侍郎一人，文选、考功、验封、稽勋四清吏司，各郎中一人，主事一人(后革验封、稽勋二司主事)。官员的级别也和北京相同。南京吏部负责南京地区官员六年一度的京察考功，北京吏部不得干涉。
黄宗载 吏部左侍郎 1435年10月2日 至 1443年6月5日 致仕
魏骥 南京吏部左侍郎 1449年3月10日 至 1450年10月28日 致仕
曹义 吏部左侍郎1450年11月5日 至 1457年3月1日 致仕
崔恭 吏部尚书1471年10月20日 至 1477年9月2日 致仕
钱溥 南京吏部左侍郎 1479年12月1日 至 1479年12月1日 致仕
陈俊 南京兵部尚书1484年5月21日 至 1486年12月3日 致仕
王㒜 南京 户部尚书1488年2月2日 至 1495年5月11日致仕
张悦 南京都察院右都御史 1495年5月31日 至 1496年5月19日南京兵部尚书
倪岳 礼部尚书 1496年5月24日 至 1499年9月16日 南京兵部尚书
秦民悦 吏部 右侍郎1499年9月21日 至 1500年7月13日 南京兵部尚书
林瀚 吏部 左侍郎1500年7月21日 至 1506年5月10日南京兵部尚书
李杰 礼部左侍郎 1506年5月19日 至 1507年3月6日 礼部尚书
王华 礼部左侍郎 1507年3月12日 至 1507年10月26日 致仕
黄珣 南京吏部右侍郎1507年11月10日 至 1507年 寻致仕
刘忠 南京礼部尚书1508年1月28日 至 1510年3月24日吏部尚书
梁储 吏部尚书1510年1月19日 至 1510年10月7日 吏部尚书
孙交 南京吏部右侍郎1510年9月27日 至 1511年2月16日 户部尚书
张澯 南京户部尚书1511年2月16日 至 1514年4月28日南京兵部尚书
孙需 南京刑部尚书1514年5月12日 至 1518年5月16日 致仕
刘春 礼部尚书1518年5月26日 至 1521年2月13日礼部尚书 廖纪 吏部 左侍郎1521年2月22日 至 1522年5月8日 南京兵部尚书
罗钦顺 吏部左侍郎 1522年5月14日 至 1523年3月27日礼部尚书未到任
杨旦 南京户部尚书1523年4月9日 至 1524年9月20日 吏部尚书未到任
颜颐寿 南京户部尚书 1524年9月30日 至 1525年7月18日都察院左都御史
朱希周 礼部左侍郎 1525年7月24日 至 1527年9月22日致仕
吴一鹏 礼部尚书1527年10月7日 至 1529年4月27日致仕
刘龙 南京礼部尚书1529年7月15日 至 1533年6月9日 南京兵部尚书
严嵩 南京礼部尚书1533年6月30日 至 1536年5月20日礼部尚书
湛若水 南京礼部尚书1536年6月20日 至 1539年6月29日南京兵部尚书
闻渊 南京刑部尚书1539年8月21日 至 1542年11月30日刑部尚书
张邦奇 礼部尚书1542年 至 1543年4月24日南京兵部尚书
宋景 南京工部尚书1543年5月8日 至 1544年南京兵部尚书
唐龙 南京刑部尚书1545年1月10日 至 1545年2月24日 兵部尚书
张润 工部尚书1545年3月4日 至 1548年3月17日 户部尚书
张治 吏部左侍郎1548年3月28日 至 1549年3月9日 礼部尚书
王学夔 南京礼部尚书 1549年3月15日 至 1550年1月14日 南京兵部尚书
屠楷 南京工部尚书1550年2月16日 至 1552年6月8日 南京兵部尚书
潘潢 南京工部尚书1552年6月18日 至 1553年6月2日 南京兵部尚书
周延 南京都察院右都御史1553年12月5日 至 1554年11月8日南京兵部尚书
王崇庆 南京礼部尚书1555年3月6日 至 1555年5月11日致仕
杨行中 南京工部尚书1555年6月21日 至 1556年4月13日致仕
郑晓 吏部左侍郎1556年5月2日 至 1556年5月9日 都察院右都御史
王用宾 礼部尚书1556年5月9日 至 1567年1月5日 致仕
毛恺 南京礼部尚书1567年1月11日 至 1567年6月10日刑部尚书
刘采 南京工部尚书 1567年6月23日 至 1567年11月14日南京兵部尚书
吴岳 南京礼部尚书1567年11月18日 至 1570年10月3日南京兵部尚书
王本固 吏部左侍郎1570年10月21日 至 1574年7月25日致仕
刘光济 南京工部尚书1574年8月1日 至 1576年3月15日 南京兵部尚书
潘晟 南京礼部尚书1576年3月18日 至 1578年4月19日礼部尚书
赵锦 南京礼部尚书1578年4月22日 至 1580年5月25日 1583年6月19日 至 1583年9月6日 都察院左都御史
汪宗伊 户部尚书1580年7月10日 至 1580年10月15日 致仕
何宽 南京刑部尚书 1580年10月23日 至 1582年6月5日 致仕
赵贤 吏部左侍郎1582年6月11日 至 1583年6月10日 致仕
毕锵 南京工部尚书1583年9月10日 至 1585年4月20日户部尚书
丘橓 刑部左侍郎1585年5月4日 至 1586年 死
李世达 吏部左侍郎1586年3月22日 至 1587年6月16日南京兵部尚书
袁洪愈 南京礼部尚书 1587年6月20日 至 1588年1月5日 致仕
杨成 南京礼部尚书 1588年1月12日 至 1589年7月10日 南京兵部尚书
陆光祖 南京刑部尚书 1589年7月13日 至 1590年6月25日刑部尚书
孙鑨 吏部左侍郎1590年6月25日 至 1592年4月22日南京兵部尚书
温纯 都察院右都御史1592年5月18日 至 1593年5月22日工部尚书
陈有年 南京都察院右都御史1593年5月26日 至 1593年9月2日 吏部尚书
蔡国珍 吏部左侍郎1594年2月10日 至 1597年4月6日 吏部尚书
曾同亨 工部尚书1598年7月25日 至 1598年未到任 1601年12月18日 至 1605年5月31日致仕
赵焕 南京都察院右都御史 1599年7月1日 至 1599年 工部尚书 未到任
孙丕扬 吏部尚书1601年3月8日 至 1601年12月1日吏部尚书
裴应章 南京工部尚书1606年1月23日 至 1609年3月2日 致仕
郑继之 南京户部尚书1612年7月9日 至 1614年3月11日 吏部尚书
卫承芳 南京户部尚书1614年11月2日 至 1615年10月7日 死
沈应文 刑部尚书1616年4月1日 至 1621年3月23日致仕
孙玮 都察院左都御史 1621年4月13日 至 1622年9月16日刑部尚书
陈荐 南京户部尚书1622年10月5日 至 1623年1月13日致仕
何熊祥 南京工部尚书1623年1月22日 至 1623年8月22日侍养归
余懋衡 兵部 右侍郎1623年9月18日 至 1623年9月26日未到任 1624年 至 1625年4月1日 病休
王在晋 南京兵部尚书 1625年4月12日 至 1628年4月7日 刑部尚书
黄克瓒 工部尚书1628年5月6日 至 1628年7月31日致仕
周嘉谟 吏部尚书1628年8月9日 至 1630年4月5日 死
南企仲 南京户部右侍郎1630年4月30日 至 1631年4月10日致仕
谢陞 吏部左侍郎1631年5月14日 至 1634年9月13日吏部尚书
郑三俊 南京户部尚书1634年12月7日 至 1637年6月10日 刑部尚书
涂国鼎 南京刑部尚书1639年10月30日 至 1642年7月28日致仕
李遇知 户部尚书1642年10月5日 至 1643年7月2日 吏部尚书
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