《秘密》的故事很简单，它不过是两个人却有着三口之家的秘密，而全家人却必须守护这个秘密。
它讲述了39岁的男主人平介，妻子带着女儿回娘家探亲，车意外坠涯，妻子为救女儿不治身亡，而女儿却毫发无损，但却一直在昏迷。
等平介办完妻子的葬礼后，却听到女儿叫他“老公”，并能忆起他们生活十几年的往事与恋爱时的情话，这令平介陷入了矛盾与挣扎。面对魂穿女儿身体的妻子，平介又惊又喜，惊的是明明是女儿稚嫩的身体，听到的却是妻子熟悉的声音。
而《秘密》也引发了激烈的讨论与人性伦理下的热议，这里既有重生灵魂的妻子直子，也有女儿藻奈美的身体，充斥着伦理之下人性的悲喜。
“一半妻子，一半女儿”是伦理之下的隐秘
直子原来说要一个人回娘家，但女儿藻奈美执意想与妈妈一起去，却不幸在路上遭遇车祸，母亲用身体保护女儿，结果藻乃美没有受任何伤，只是陷入了昏迷。
怀着悲痛的心情的平介，一边筹办妻子的葬礼，一边担心还陷入昏迷的女儿藻乃美，医生对于藻乃美的情况估计也并不乐观：
现在靠呼吸机维持着生命，照此下去意识不能恢复的可能性很大。
听到这里平介全身的血液都在倒流，这意味着他失去妻子的同时，也同时即将失去11岁的女儿。只不过当平介的眼泪吧嗒吧嗒滴在女儿身上时，只见人偶般的女儿缓缓睁开了眼睛。
只不过11岁的藻乃美醒来之后，她好像已经不是之前的那个少女。而搜救的人说出了一些情况：
我们搜救时发现一个成年女子身体下面藏着一个小女孩，像保护她一样，尽管她身上插着各种各样的玻璃碎片，但小女孩几乎毫发无损。
当平介知道后，更心疼妻子的为女儿所付出的努力，他每晚都哭着叫：直子，直子。
然而有一晚他却听到了一个声音传来：老公，老公，我在这儿。
听到这里的平介很是吃惊，最后发现声音是从自己的女儿嘴边传来的，他惊喜地说：藻乃美，你终于醒了。太好了，你能说话了。
但女儿却说：别叫别人，总之求你了。
只不过令平介吃惊的是，女儿的眼神像极了在世前的妻子，而且声音、语调都与妻子一模一样。最重要的是从藻奈美口中说：我不是藻奈美，我是你的妻子直子。
平介虽然怀疑，但硬挤出笑容说：又来了，说什么呢？别捉弄爸爸呀！
然而藻奈美却说：我们第一次约会时，去看了一部讲潜水艇沉没的电影。后来去了山下的公园，还有那晚你亲吻了我。
看着与妻子恋爱的经历，平介不得不相信这个有着女儿身体的人，就是妻子直子，两人商量着以后该怎么办，甚至藻奈美还很痛苦自己抢占了女儿的身体，既有不安也有内疚。
与“女儿”相爱生活之下的难以启齿
而直子就以藻奈美的身体与平介过起了“夫妻”生活，而平介更为苦恼。本来她认为妻子死了，而现在却要为失去女儿而悲伤，更难以启齿的是我不知道女儿与妻子的身份会不会轮换交替，而自己到底失去的是妻子还是女儿，连他自己也分不清。
这时候没有人能告诉他真相，也没有人能给他问题的答案，而令平介悲伤的是，占着藻奈美身体的直子，一直在哭，说看到小美的同学们来探望，就觉得女儿很可怜。
只不过藻奈美在回答别人的问题时，总是将丈夫和爸爸两个词弄混，以至于平介和藻奈美的生活都很尴尬而难以启齿，毕竟这种事既解释不清，又无法形容，甚至连他们自己都觉得匪夷所思。
但两个人都没有办法对外界说直子已经代替了女儿的身份，经过商量，两人把这个秘密藏进了藻奈美最喜欢的泰迪熊中。
从此以后直子就以藻奈美的身份重新活过，只不过她总以大人的口气在说话，令那些同学和老师们有点诧异藻奈美受伤之后，与之前大不一样。
不仅如此，在藻奈美与平介的夫妻生活上，也很是尴尬。从灵魂以及身份上，藻奈美是自己的妻子，他们之间不仅亲密而且无话不谈，但当平介一看妻子的身躯，只是一个如花的十一岁少女，只不过在夫妻生活中，却很是尴尬：
直子扭扭捏捏地说道：我说，那个，怎么办？
“什么怎么办？什么也不能做啊，这种状况。”
也是啊，怎么可能做什么呢？
当然了，别说傻话了。跟自己的女儿，还是小学生。这不是忍得住忍不住的问题，我知道你是直子，可是你这个样子怎么办？我又不是变态。
最后平介说：求你了，别跟我说这种事了，就算你用直子的语气在跟我说话，可在我看来也是藻奈美的嘴里说出来了。
而藻奈美也很困惑，我到底是该叫你老公还是老爸呢。这不仅是两个人的尴尬，也是既相爱又在现实之下的难以启齿的尴尬。
女儿回归生活，在魔幻现实中分离
在平介与藻奈美亦真亦幻，又有点魔幻现实的相处中，藻奈美时刻切换着女儿与妻子的身份，而两个人除了夫妻生活之外，感情特别好，每天都黏在一起，特别相爱。
只不过在人前，两个还是保持着父女关系，而藻奈美也无数次掩饰自己成年人的说话方式，逐渐与藻奈美的同学融合在一起。
随着直子以藻奈美的身份求学、人际交往，她越来越习惯以藻奈美的身份活着，而与平介日渐疏离，甚至有时候她还试着用藻奈美的方式来遗忘她与平介之间的回忆。
直到最后藻奈美假装直子的灵魂时而消失，时而回归，最终从某种程度上彻底变成了藻奈美，这时候她法定年龄上25岁。
而且这年她准备与另一个男人结婚，从此告别之前的生活，而平介隐忍着内心的痛苦，一脸轻松说：
我不会哭。现在谁还会在女儿的婚礼上哭。
因为对于平介来说，无论藻奈美的身份是妻子，还是女儿，他都希望她能快乐和幸福。尽管藻奈美要结婚给平介的解释是：我觉得直子灵魂的存在，是因为自己受到了打击，而分裂成另一个人格。我从小和妈妈生活在一起，所以我才会有像妈妈一样的行为举止。
平介并未反驳，因为对于他来说无论藻奈美是谁，都是他最亲的亲人。
而藻奈美也用了9年来策划，让直子与藻奈美之间不停转换身份，直到最终让平介认为直子彻底消失，不过他并不打算拆穿，只见藻奈美泣不成声：
爸爸，很久以来，真的很久以来，多亏您的照顾。
平介知道，尽管她还是直子，一直没变，但她既用了九年来掩盖这个事实，只要她不承认，平介只把她当女儿来看待。
最后平介打了新郎两拳，哭着说：一拳是因为你夺走了我的女儿，另一拳是因为另一个人。而满脸的泪水就溢出平介的脸上，只见他双手捂住脸，撕心裂肺的哭声久久回响。
《秘密》的故事既有着荒诞，也有着魔幻中的现实，而藻奈美在妻子与女儿之间的身份来回转换。
前5年内，她是把平介当丈夫看的，而5年以后她决定告别直子，以藻奈美的身份重新活过，所以用九年的时间策划了直子的离去，以便让平介相信是直子是真的离开了。
然而对于成为直子的藻奈美来说，她选择以这样的方式离开，是对伦理道德下难以启齿的尴尬上的躲避，也是想作为重新生活的勇气。
而东野圭吾这部既有争议，又蕴含着隐痛的人性之间的隐秘，令人唏嘘不已。
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