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大家好，今天和大家分享的题为Develo pment and Validation of a Novel Histone Acetyla tion-Related Gene Signature for Predicting the Prognosis of Ovarian Cancer（预测卵巢癌症预后的新组蛋白乙酰化相关基因标记的开发与验证）组蛋白乙酰化是最常见的表观遗传修饰之一，在肿瘤发生中起着重要作用。然而，组蛋白乙酰化调节剂在卵巢癌(OC)中的预后作用仍然鲜为人知。 01 研究背景 组蛋白乙酰化是最常见的表观遗传修饰之一，在肿瘤发生中起重要作用。然而，组蛋白乙酰化调节剂在卵巢癌（OC）中的预后作用仍然鲜为人知。我们比较了40个OC样本和379个正常卵巢组织之间88个组蛋白乙酰化相关基因的表达水平，并鉴定了37个不同表达的基因（DEGs）。 我们进一步探讨了这些DEG的预后作用，发现8个基因与总生存期相关（p < 0.1）。在训练阶段，通过最小绝对收缩和选择器算子（LASSO）Cox回归进行了基于8基因的标记。 根据8基因特征计算的风险评分将训练队列患者分为两个风险亚组，发现两个亚组之间的OS差异有统计学意义（p < 0.001）。然后验证8基因风险模型在外部验证队列中对OS具有很好的预测作用。结合临床特点，风险评分被证明是OS的独立危险因。 见图一 研究的工作流程图。  图一 见图二 识别正常和卵巢癌组织之间的DEG。  图二 （A）正常和肿瘤组织中所有DEG的热图（绿色：低表达;红色：高表达）。 （B）所有组蛋白乙酰化相关调节因子的小提琴图（红色：肿瘤组织;绿色：正常的卵巢组织）。 （C）对37个DEG进行Spearman相关分析（红色：正相关，绿色：负相关，相关系数小于0.10的绝对值用“×”标记）。 见图三 在培训队列中开发风险签名。  图三 （A）各组蛋白乙酰化相关调节因子OS单因素cox回归分析，鉴定出8个基因，p <0.1。 （B） 用于调整 LASSO 回归中的参数选择的交叉验证。 （C）LASSO 回归和 8 个 OS 相关基因的系数。 （D）显示OS相关基因之间相互作用的PPI网络。 见图四 基因标记在训练集中的预后价值。  图四 （A）基于中位风险评分的患者分布。 （B）基于风险评分的OC的PCA图。 （C）基于风险评分的t-SNE分析。 （D）每个个体的生存状况（虚线左侧：低风险人群;虚线右侧：高风险人群）。 （E）高危和低危组之间患者OS的卡普兰-迈耶曲线。 （F）随时间变化的ROC曲线证明了预测效率。 见图五 验证外部队列中的风险模型。  图五 （A）基于培训队列中位数风险评分的验证队列中患者分布。 （B） OC的PCA图。 （C）基于风险评分的t-SNE分析。 （D）每个患者的生存状况（虚线左侧：低风险人群;虚线右侧：高风险人群）。 （E） 操作系统的卡普兰-迈耶曲线。 （F） OC 的时间相关 ROC 曲线。 见图六 风险评分的单变量和多变量 Cox 回归分析。  图六 （A）TCGA（培训）队列的单变量分析。 （B）TCGA（培训）队列的多变量分析。 （C） GEO（验证）队列的单变量分析。 （D） GEO（验证）队列的多变量分析。 （E）结合TCGA（训练）队列中临床特征的基因表达热图。 见图七 预测模型的构建。  图七 （A）预测训练队列中操作系统的预后模型。 （B）用于预测验证队列中OS的预后模型。 （C）训练集中OS列线图模型的校准曲线。 （D） 验证集中操作系统列线图模型的校准曲线。 见图八 基于训练队列中两个风险组之间的 DEG 的功能分析。  图八 （A） 用于 GO 富集的气泡图。 （B）KEGG通路的条形图（条形的长度表示基因富集量）。 见图九 基于ssGSEA的低（绿色）和高（橙色）风险亚组之间的免疫细胞和免疫途径比较。  图九 （A）比较免疫细胞的富集评分。 （B）免疫相关途径的比较。（ns：不显著;*p < 0.05;**p < 0.01;***p < 0.001）。 02 研究结论 在这项研究中，我们系统地研究了目前已知的40种组蛋白乙酰化相关调节因子在卵巢癌中的基因表达水平，发现其中大多数在肿瘤和正常组织之间的表达不同，表明这些调节因子在OC的发生和发展中起着重要作用。 我们应用LASSO Cox回归模型构建了8基因特征，该特征被验证为OCs操作系统的独立危险因素。功能分析表明，按特征划分的两组之间的DEGs在器官发育、免疫细胞趋化性和信号通路调控方面富集。 总之，我们的研究表明组蛋白乙酰化与卵巢癌密切相关，我们开发了8个组蛋白乙酰化相关基因的新预后模型。该模型被证明与OC患者的OS独立相关，为预测预后和OC治疗提供了新的策略。 好了，今天的文献解读就到这儿来，我们下期再见！如果你正在开展临床研究.需要方案设计.数据管理. 数据分析等支持.也随时可以联系我们。 |
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