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常规孟德尔随机化分析就能上12 ?原来是这个“小窍门”!

 葛医生_EP日记 2023-09-29 发布于广西

小塔常在某些帖子上看到过这样的字眼,比如“个性化医疗时代的到来:孟德尔随机化研究引领医学创新”、“基因决定健康:孟德尔随机化研究揭示疾病奥秘”、“孟德尔随机化研究:医学界的未来已经到来”。小塔虽然一直知道比较火,但没想到已经普及到这种程度了,这种风口着实有点大啊! 

那么对我们来说,这既是机遇也是挑战啊!想要发高分文章的要求也是直线上升了,所以现在需要把握两点制胜法宝,一是选题,二是方法上的小窍门。要想让审稿专家眼前一亮,从方法设计上寻找一些小突破还是很适合!今天小塔带大家看看这样的孟德尔随机化,是不是很有诀窍呢?

这项研究是探讨白细胞介素6(IL-6)信号转导和肺动脉高压(PAH)之间的因果关系,有意思的是,这样的研究在前期已经有过研究,但作者并不认可这样的结果,随即选择了两套遗传工具变异,并结合前期结果和公共数据,从IL-6信号传导的角度重新评估与PAH之间的遗传因果关系。整体的分析方式用了MR的所有方法,有理有据的给出了结果。是不是觉得这样的思路还有点意思,感兴趣的小伙伴可以安排上了,发文肯定超快了,也可以随时联系小塔哦!(ps:不知道怎么选题创新的小伙伴可以来找小塔哦!这里有新鲜出炉的生信热点方向,还有一大波的可复现的创新思路,感兴趣的直接来公众号后台找我噢!)

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题目:IL-6信号传导与肺动脉高压因果关系的孟德尔随机研究

杂志:Clinical and Experimental Hypertension

影响因子:IF= 12.3008

发表时间:2023年

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研究背景

肺动脉高压(PAH)是一种复杂的疾病,其特征是远端肺动脉循环的进行性闭塞性血管病变。血管周围炎症被认为是PAH发生的关键因素,特别是白细胞介素6(IL-6)。最近的孟德尔随机化(MR)并不支持IL-6在IL6R、rs7529229和PAH全基因组关联研究(GWAS)中使用遗传变异对PAH风险产生影响(包括11744名欧洲个体)。因此,这项研究使用两组遗传变异工具(IV),包括来自最近MR报告和公开的PAH GWAS(包括162962名欧洲个体)的6个独立的 IL-6信号传导和34个独立的可溶性IL-6受体(sIL-6R)遗传IV,以确定IL-6 信号传导与PAH之间的遗传因果关系。

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数据来源

暴露:6个IL-6信号传导和34个sIL-6R遗传IV分别通过对204402名欧洲个体的大规模慢性炎症GWAS和3301名欧洲个体的血浆蛋白质组GWAS的荟萃分析生成(表1)。

结局:PAH GWAS数据包括125个PAH病例和162837个欧洲个体的健康对照(表2)。

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表1 IL-6 信号传导和sIL-6 R遗传工具变异

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表2 PAH GWAS数据

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研究结果

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IL-6信号传导和sIL-6R遗传IV在PAH GWAS中没有显著多效性或异质性

PAH GWAS中6个独立的IL-6信号传导遗传IV和33个独立的sIL-6 R遗传IV的关联如表3所示,结果显示没有多效性或异质性PAH GWAS 数据集中的R遗传IV(表4)。因此,所有选定的IL-6信号传导和sIL-6R遗传变异体都可以作为MR研究中的有效IV。

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表3 IL-6信号传导和sIL-6R遗传IV与PAH GWAS 的关联

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表4 PAH GWAS中IL-6信号传导和sIL-6R遗传IV的多效性和异质性测试

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IL-6信号传导从基因角度降低PAH风险

随着IL-6信号水平在遗传上增加,使用IVW(β = -3.79,β的95%CI:-6.653 – -0.935;OR = 0.023,OR的95%CI:0.0013 – 0.393;p =0.0093)和加权中位数(β = -3.41,β的95%CI:-6.051– -0.762;OR = 0.033,OR的95%CI:0.0024 – 0.467;p=0.0116)分析,降低患PAH风险(表5)。对因果效应的独立MR估计表明,随着单个 SNP对IL-6信号传导的影响增加,使用IVW和加权中位数,单个SNP对PAH的抑制作用也会增加(图1A)。每个效应大小分析表明,6个IL-6信号传导相关SNP对PAH的每个效应相似,并且没有先导IV(图2A)。MR留一敏感性分析表明,删除6个与IL-6信号传导相关的SNP中的特定SNP不会改变结果(图3A)。总的来说数据表明基因增加的IL-6信号水平与PAH风险降低之间存在因果关系。

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表5 IL-6信号传导和sIL-6R与PAH的因果关系

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图1 关于IL-6信号传导及其负调节因子sIL-6R对PAH因果影响的独立估计

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图2 IL-6信号传导及其负调节因子sIL-6R相关SNP与PAH风险的森林图

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图3 IL-6信号及其负调节子sIL-6 R SNP对PAH影响的MR留一敏感性分析

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sIL-6R从基因角度促进PAH风险

随着sIL-6R水平在遗传上增加,使用IVW(β = 0.29,β的95%CI:0.146–0.444;OR = 1.343,OR的95%CI:1.1569–1.5588;p = 0.0001),加权中位数(β = 0.31,β的95%CI:0.093–0.521;OR = 1.360,OR的95%CI:1.0975–1.6844;p =0.0049),MR-Egger(β = 0.36,β的95%CI:0.052–0.664;OR = 1.430,OR的95%CI:1.0538–1.9416;p = 0.0286),加权模式(β = 0.30,β的95%CI:0.114–0.488;OR = 1.351,OR的95%CI:1.1203–1.6293;p = 0.0035),患PAH的风险也会增加(表5)。对因果效应的独立MR估计表明,随着单个SNP对sIL-6R 水平的影响增加,使用IVW、加权中位数、MR-Egger 和加权模式,单个SNP对 PAH的促进作用也会增加(图1B)。每个效应大小分析表明,33个sIL-6R相关SNP对PAH的每个效应相似,并且不存在先导IV(图2B)。MR留一法敏感性分析表明,删除33个sIL-6R信号相关SNP的特定SNP不会改变结果(图3B)。总之,数据表明遗传性增加的sIL-6R水平与PAH风险增加之间存在因果关系。

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文章小结

总之,这项MR研究证明了基因增加的sIL-6R水平与增加的PAH风险之间以及基因增加的IL-6信号传导与降低的PAH风险之间存在因果关系。这项MR研究还是辨识度比较高,优势在于作者选择的遗传变异工具,在前人研究的基础上,使用两套遗传工具变异,进一步的增强IL-6和PAH之间的因果关系,结果也的确如作者所料更具有临床说服力。两套遗传工具,这样的思维模式我们是不是也可以借鉴一下呢!换一种疾病,联系小塔一起来试一下吧,说不定和作者一样也能发到12分+的好杂志上哟!

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