【原】easyTCGA：1行代码搞定TCGA突变maf文件下载和整理

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今天主要介绍下easyTCGA包的getmirnaexpr()和getsnvmaf()函数的使用，一个用来下载和整理miRNA的表达矩阵，另一个用来下载突变信息的MAF文件。

介绍

• getmirnaexpr

• 只需要提供正确的TCGA project名字即可；
• 自动下载并整理miRNA的counts，rpm2种表达矩阵；
• 自动保存以上2种表达矩阵和对应的临床信息到当前工作目录下的output_miRNA_expr文件夹下，并且同时保存rdata和csv两种文件格式；临床信息数量以及顺序和表达矩阵完全一致，无序再次整理；
• 下载的数据为最新数据，和GDC TCGA官网(https://portal.gdc./)保持一致；

• getsnvmaf

• 只需要提供正确的TCGA project名字即可；
• 自动下载并整理TCGA MAF文件(masked annotated somatic mutation)以及对应的临床信息，并自动保存到当前工作目录下的output_snv文件夹下；
• 输出结果可以直接通过maftools::read.maf()函数读取，无需再次整理

我已经把视频版教程放在了bilibili，大家可以去查看更多细节：https://www.bilibili.com/video/BV1mP411m7Rc/。

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