《巴马修道院》是司汤达最重要的长篇小说之一，1839年出版。司汤达写作这部小说仅用了五十二天！司汤达的其他作品在他生前很少受到评论界的注意，这部小说却是一个例外。
《巴马修道院》讲了这样一个故事：1796年，拿破仑的军队进入意大利米兰，米兰人民获得了自由，极端仇视法国革命的米兰贵族唐戈候爵想把妹妹吉娜嫁给一个保守的贵族，遭到了吉娜的拒绝，吉娜嫁了一个同她一样崇拜拿破仑的人。唐戈候爵的次子法布利斯是一个勇敢漂亮的青年，深得吉娜的欢心。1814年拿破伦失败后，吉娜的丈夫退休不久即死于一场决斗。此时，吉娜对娘家财产的继承权已被取消，只能靠一点点抚恤金过活，生活一落千丈。碍于贵族之家的面子，唐戈候爵不得不让吉娜回到庄园居住。
1815 年，拿破仑重又攻入巴黎的消息传到米兰，法布利斯决心离开阴森可怕的庄园府邸，投奔拿破仑，干一番事业。法布利斯在路上被当成间谍关了三十三天监狱，靠着监狱看守妻子的帮助才得以逃脱，赶上了滑铁卢战役。法布利斯的哥哥向当局告发了弟弟，使他受到通缉。在逃跑的路上法布利斯帮助了正被宪兵追捕的康悌将军和他的女儿克莱莉亚。法布利斯逃到了意大利北部的诺瓦腊。
吉娜在米兰结识了巴马重臣莫斯卡伯爵，和他建立了一种十分亲密的关系。莫斯卡伯爵曾在拿破仑的军队中服务，是一个勇敢的军人。他已有妻室，不能与吉娜结婚，为了长久地保持与吉娜的关系，他拿授带和勋章作条件，让一个老公爵名义上娶吉娜为妻，然后给他安排了一个驻外大使的差事，令其婚礼过后立即上任，不得返回。吉娜在名份上成了公爵夫人，实际上却是莫斯卡的情妇。
为了侄子法布利斯的前途，吉娜把他送进了神学院，以便将来进入宗教界。法布利斯在神学院苦熬了四年，勉强通过了全部考试，回到了巴马公国。法布利斯用心讨好巴马亲王和总主教，获得了副总主教的职务。亲王垂涎吉娜的美貌以久，一直没能得逞，怀恨在心的亲王叫人写了一封匿名信给莫斯卡伯爵，用吉娜姑侄之间的亲情离间她与莫斯卡伯爵的关系，这封信使莫斯卡伯爵十分痛苦。法布利斯在剧院结识了一个女演员，而她正被同团的一个丑角追求着。冤家路窄，一日他俩在路上相遇，丑角寻衅用枪打伤了法布利斯，为自卫法布利斯打死了丑角后出逃。在吉娜四处派人寻找法布利斯之时，宫延中莫斯卡的政敌企图利用假证，使法布利斯判刑，迫使吉娜离开巴马，这样莫斯卡必会提出辞呈。闻讯后，吉娜找到亲王用离开巴马来威胁他，并要求亲王出具一封书信证明法布利斯无罪。哪知阴险的亲王第二天一早就签发了对法布利斯的逮捕令和判决书。
法布利斯被关进了离地面一百八十尺高的塔牢里。法布利斯的牢窗正对着要塞司令的官邸，他能从窗中看到他曾救助过的克莱莉娅。克莱莉娅暗中已钟情于他，给他送水送饭，传递消息，并使亲王毒死法布利斯的消息破了产。在吉娜的指使下，她的一个崇拜者毒死了亲王，替她报了前仇。在克莱莉娅的帮助下，法布利斯越狱后和吉娜逃到了瑞士。法布利斯由于想念克莱莉娅而神思恍惚，为了能与克莱莉娅相见，也为了洗清罪名，他又回到了塔牢。法布利斯经重审无罪开释，他担任了副主教，并享有对主教的继承权。富贵双全，地位显赫的法布利斯只是一门心思地恋着克莱莉娅。而这时，他的情人为了使被放逐的父亲返回宫廷，已嫁给了别人。一次宴会上这对情人终于重修旧好，后来还有了一个女儿。为了能和孩子生活在一起，他们俩把孩子拐骗了出来，几个月后孩子不幸染病而死，克莱莉娅也相继死去。万念俱灰的法布利斯辞去了总主教的职务，到巴马修道院隐居起来，一年后也下世了。
这部作品通过情节的展开和人物活动的描写，烘托出了复辟时期政治风云的变幻和社会思潮的起伏，揭露了封建专制的罪恶。它对战争的描写尤其出色，受到同行们的推崇。
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