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大家好，今天给大家解析一篇题为Immun ologica l profiles of human oligoden droglio mas define two distinct mole cular subty pes(人类少突胶质瘤的免疫学特征定义了两种不同的分子亚型)人类少突胶质瘤是一种异质性疾病，主要以异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变和1p/19q共缺失为特征。 01 研究背景 人类少突胶质细胞瘤表现为异质性疾病，主要特征为异柠檬酸脱氢酶 （IDH） 突变和 1p/19q 共缺失。这种肿瘤的治疗开发受到体细胞驱动改变和次优疾病分类的不完全了解的阻碍。我们在此旨在通过转录组、基因组和甲基组的综合分析来鉴定内在分子亚型。 从癌症基因组图谱（TCGA）数据集中收集137例少突胶质细胞瘤患者，用于免疫基因表达谱的无监督聚类分析以及基因组和甲基组的比较分析。使用包含218名患者的两个独立数据集进行验证。 见图一 少突胶质细胞瘤的免疫基因谱在TCGA队列中产生两种亚型。  图一 a 本研究的流程图。本研究共使用了355个少突胶质细胞瘤样本。TCGA队列用作训练集，CGGA和POLA队列作为验证集收集。 b TCGA队列中定义的两种免疫亚型的热图。显示了来自PAM分类器的40个质心基因。根据亚型安排患者。还为每位患者注释了分子和临床信息。CL，古典;MES，间充质;PN，前脑。 c 使用全转录组数据对两种亚型进行主成分分析（PCA）。 d 基于OS的免疫亚型生存分析。P值通过亚型之间的对数秩检验计算。 见图二 公开可用的CGGA和POLA数据集中免疫类别的外部验证。  图二 a 热图显示了由在TCGA队列上训练的PAM分类器预测的CGGA队列的免疫亚型。根据预测的免疫亚型安排患者。显示40个质心基因和临床信息。CL，古典;MES，间充质;PN，前脑。 b 使用CGGA队列中的全转录组数据对两种亚型进行主成分分析（PCA）。 c 基于OS的免疫亚型的Kaplan-Meier分析（对数秩检验）。 d 热图显示了由在TCGA队列上训练的PAM分类器预测的POLA队列的免疫亚型。还显示了40个质心基因和临床信息。 e 在POLA队列中使用全转录组数据的免疫亚型PCA。 f POLA队列中免疫亚型的生存分析。 P 值由子类型之间的对数秩检验计算。 见图三 TCGA队列中免疫亚型之间DNA改变的比较。  图三 a 箱线图显示TCGA队列亚型之间DNA损伤测量的差异（威尔康秩和检验）。误差条表示平均值的标准误差，中间条表示相应特征的中位数水平。∗P < 0.05，∗∗∗P < 0.001。 b 免疫亚型之间突变状态和拷贝数变异的肿瘤打印。采用费雪检验进行比较分析。显示了注释为 Wnt 信号传导、神经发生调节和信号素-丛蛋白通路的差异改变基因。 见图四 TCGA和POLA队列中亚型间DNA甲基化的比较。  图四 a 使用Wilcoxon测试定义的顶部差异637探针根据亚型订购的TCGA样品热图。 b TCGA队列中亚型之间差异甲基化基因的基因本体（GO）分析。 c 使用Wilcoxon检验定义的顶部差分500探针根据亚型订购的POLA样品的热图。 d POLA队列中亚型之间差异甲基化基因的功能注释。 见图五 TCGA队列中两种亚型的肿瘤免疫浸润解剖。  图五 a 免疫亚型 ESTIMATE的免疫、基质和肿瘤纯度评分比较（Wilcon 秩和检验）。 b 免疫亚型淋巴细胞和巨噬细胞比例（来自CIBERSORT）的比较（威尔康秩和试验）。淋巴细胞由 B 细胞、CD4 细胞、CD8 细胞、滤泡辅助性 T 细胞、Treg、γ δ T 细胞、NK 细胞和浆细胞组成。 c 使用CIBERSORT工具测定两种亚型中免疫细胞群的相对丰度分数。 d 热图显示了两种免疫亚型中免疫相关特征的富集。标记 P 值。 e 箱线图显示抑制检查点基因的表达水平。∗P < 0.05，∗∗P < 0.01，∗∗∗P < 0.001，∗∗∗∗P < 0.0001，威尔肯秩和检验。 见图六 免疫细胞的免疫染色分析和亚型之间的检查点。  图六 从CGGA队列中收集了12例寡核苷酸1和12例寡核苷酸2病例。NOTCH1、TIGIT、HAVCR2、CD206、CD163、CD14和CD3抗体用于评估细胞比例。 b 箱线图显示通过免疫染色评估的阳性细胞比例。缩放条，50 μm ∗∗P < 0.01，∗∗∗P < 0.001，学生 t 检验。 02 研究结论 这项研究是迄今为止对少突胶质细胞瘤（CNS WHO 2级和3级）进行的最大多平台基因组分析。图8显示了已识别亚型及其主要临床和生物学特征的简化图形摘要。 我们的研究在少突胶质细胞瘤中确定了两个基于表达的亚群，并通过对免疫相关基因谱的无监督分析，在两个公共数据集中有力地复制了这种分类。 探讨了这两种免疫亚型的临床特征、体细胞变异、DNA甲基化数据、转录数据、免疫浸润和代谢富集。我们的发现扩展了少突胶质细胞瘤的分子亚型，并加深了我们对这种肿瘤内免疫异质性的认识。 |
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