图层的基本操作是 Photoshop 中最基础且重要的技能之一。快捷键：Ctrl + Alt + Shift + N 按住 Ctrl 键点击“创建新图层”按钮可在当前选中的图层之下创建新图层。在图层面板上双击图层名称可为图层重新命名，按 Enter 键完成重命名。选中多个图层之后，就可以同时进行移动或变换等操作，还可以进行编组，以及对齐或分布图层的操作。单击第一个图层，加按 Shift 键单击另一个图层，可连续选中多个图层。
按住 Ctrl 键单击图层名称或其右侧，可不连续选中或取消选择被单击的图层。按快捷键 Alt + [ 或 ] ，可基于当前选中的图层向下或向上选择相邻的图层。按快捷键 Ctrl + Alt + A ，可选中除背景图层之外的所有图层。要隐藏或显示单个图层，可直接点击图层缩览图左侧的“眼睛”图标。或者，使用快捷键 Ctrl + , 可隐藏或显示所有选中的图层。
按住 Alt 键单击“眼睛”图标，仅显示该图层（其它所有图层均被隐藏）。按住 Alt 键再次单击，可显示所有图层。单击图层面板底部的“删除图层”按钮，或者将图层拖放到“删除图层”按钮上。File/Scripts/Delete All Empty Layers在图层面板上直接拖拽图层（注意蓝色双线的位置），可改变图层的上下顺序。
Align & Distribute Layers选中两个及以上的图层，可以对齐。选中三个及以上的图层可以分布。在图层面板中，直接将图层拖拽到“创建新图层”按钮上。选中图层，按快捷键 Ctrl + J，可复制所有当前选中的图层。有选区时，将复制选区内容到新图层。如果要剪切选区内容到新图层，可使用快捷键：Ctrl + Shift + J。在“移动工具”状态下，按住 Alt 键拖放，可复制该图层。在图层名称上右击，或在图层面板控制菜单中选择“复制图层...” Duplicate Layer，可将图层复制到指定文档或者新文档中。
与“合并”操作不同的是，“盖印”操作会将图层内容的合并效果（复合图像）复制到新图层，且不会删除或合并原始的图层。可以合并选中的多个图层。即，将选中的所有图层合并到最上方的选中图层中。若仅选中一个图层，此处为“向下合并” Merge Down命令，即，将其下方的第一个图层（必须可见）合并到选中图层中。合并所有的可见图层到选中的图层。若有背景图层，则合并到背景图层。将所有图层拼合成一个背景图层。隐藏的图层将被扔掉。只能使用快捷键方式操作。基于所有选中的图层的合并效果创建一个新图层。若仅选择了一个图层，则在图层自身上盖印。对于有半透明区域的图层有重复叠加图像的效果。 Merge a copy of all visible layers快捷键：Ctrl + Alt + Shift + E只能使用快捷键方式操作。基于选中图层下方所有图层的合并效果（复合图像）创建一个新图层。
若没有选中任何图层，则会基于所有图层的合并效果创建一个新图层，并置于最上方。
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