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资源贴|送你singleR的7个内置注释数据集

 生信补给站 2023-12-20 发布于北京

近来一些小伙伴留言要singleR中小鼠的注释数据集,呐,这不就来了嘛!

前面在单细胞工具箱|singleR-单细胞类型自动注释(含数据版)中介绍了singleR进行自动化注释的方法以及2个人的内置数据集,这次补充另外的5个注释数据集。

singleR自带的7个参考数据集,其中5个是人类数据,2个是小鼠的数据:
BlueprintEncodeData Blueprint (Martens and Stunnenberg 2013) and Encode (The ENCODE Project Consortium 2012) (人)
DatabaseImmuneCellExpressionData The Database for Immune Cell Expression(/eQTLs/Epigenomics)(Schmiedel et al. 2018)(人)
HumanPrimaryCellAtlasData the Human Primary Cell Atlas (Mabbott et al. 2013)(人)
MonacoImmuneData, Monaco Immune Cell Data - GSE107011 (Monaco et al. 2019)(人)
NovershternHematopoieticData Novershtern Hematopoietic Cell Data - GSE24759(人)
ImmGenData the murine ImmGen (Heng et al. 2008) (鼠)
MouseRNAseqData a collection of mouse data sets downloaded from GEO (Benayoun et al. 2019).鼠)

以下两种获取方式,按需自取

一 ,代码获取方式

和网速和访问方式有关

remotes::install_github("LTLA/celldex")library(celldex)ref <- HumanPrimaryCellAtlasData() save(ref,file = 'HumanPrimaryCellAtlasData.Rdata')ref <- BlueprintEncodeData() save(ref,file = 'BlueprintEncodeData.Rdata')ref <- MouseRNAseqData() save(ref,file = 'MouseRNAseqData.Rdata')ref <- ImmGenData() save(ref,file = 'ImmGenData.Rdata')ref <- DatabaseImmuneCellExpressionData() save(ref,file = 'DatabaseImmuneCellExpressionData.Rdata')ref <- NovershternHematopoieticData() save(ref,file = 'NovershternHematopoieticData.Rdata')ref <- MonacoImmuneData()save(ref,file = 'MonacoImmuneData.Rdata')

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