洪武二年（公元1369年），朱元璋定鼎天下建立明朝的第2年。在南方，昔日在鄱阳湖以巨舰称雄的陈友谅，在浙东沿海驰骋的方国珍，还有布贩子起家、割据东南的张士诚等人都已经成为过去。在北方，刚刚逃回内蒙古大草原的元顺帝遭到了常遇春大军的攻击，只得再次向更偏远的应昌逃亡。割据四川的明玉珍、明升父子虽然还想继续抵抗，但已经只是苟延残喘了。
朱元璋在位时，对开国名将展开多轮清洗
大明王朝已经在全国各地逐步建立了稳固的统治，即使高丽、安南等藩属也接受了元朝灭亡的事实，停用了元顺帝的年号，而开始把大明王朝作为中原正统的继承人。生性多疑残忍的朱元璋在南京坐稳龙椅之后，立即开始着手对跟随自己打天下的将领们进行清洗，使一批批开国名将相继调零。
至洪武二十六年(公元1393年)，朱元璋对功臣进行了最后一轮大规模清洗，多次北征蒙古的大将军蓝玉被控谋反，家产被抄、夷灭三族，受连累者1万5千余人，其中还包括1位公爵、13位侯爵和2位伯爵。至此，明初开国功臣几乎被杀尽，仅有老病缠身的汤和、只会守城不会进攻的耿炳文等老将还硕果仅存。
朱元璋设立亲王领军戍边的制度
将帅一级被诛杀殆尽了，但兵还得有人带、有人指挥啊！当时能够让朱元璋信任的，也就是自己的亲生儿子和孙子们了。但为了防止出现西汉“七国之乱”那样骨肉相残的惨剧，朱元璋在制度上详细规定了什么情况下亲王可以接管指挥，在什么情况下军队指挥权要被撤销，基本上这一切都需要以朝廷的授权与否为准绳。
对一个在地方的王爷来说，他们平时可以调动的军队只有自家的亲兵，称之为护卫兵，“每王府设三护卫。护卫甲士少者千人，多者万九千人”，看似不少，但和地方都指挥使司的部队相比，在数量上处于绝对劣势，因此这些部队主要是用在给王爷们担任出行警戒和看家护院之用，要想凭借这么点兵力谋反，纯属痴心妄想。
在北方藩镇中留下了藩王叛乱的制度漏洞
除了护卫兵以外，地方王爷有时也能指挥明朝的国家正规军——守镇兵。按照朱元璋的设计，这些军队平时由国家选派的忠诚将领指挥。但“如本国是险要之地，遇有警急，其守镇兵、护卫兵，并从王调遣”。也就是说，一旦遭遇大规模外敌入侵和民众叛乱，王爷们就有权接管当地所有军队的指挥权。
朱元璋估计至死也没有想到，他设计的这套制度却有一个致命的漏洞。镇守北方边境的诸位王爷常年对阵机动能力超强的蒙古骑兵，随时都是紧急状态，也就无法准确计算他们的指挥权何时应该授予、何时应该收回。而驻守北方边境，也就是所谓九边重镇的大明军队，也恰恰是当时全国战力最强悍的军队，总兵力接近80万，其中就包括当时最精锐的朵颜三卫骑兵。
朱棣整合北方藩王力量夺取天下
最初驻守九边的，是朱元璋的8个儿子和1个孙子，如果这9位龙子龙孙都能尽职尽责、为国守边，势力始终保持均衡的话，那么单一边镇的叛乱也不至于颠覆国家政权。但这9位王爷中，恰恰有8个是草包，而镇守北平的皇四子、燕王朱棣却雄才大略，在对元朝残余势力的战斗中屡战屡胜，威望极高。
洪武三十一年（公元1398年），朱元璋驾崩于南京后，皇太孙朱允炆继位，并立即开始着手削平各地藩王。燕王朱棣眼见削藩的大刀即将落在自己头上，只能以“清君侧”为名起兵反叛，以王府800禁卫夺取了北平及附近地区的军权，并整合北方边镇力量，一举攻克南京，夺取了天下。
