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2024常用生物医药数据库都有哪些?

 药融云 2024-04-15 发布于四川
几十年前,医药研发领域数据查询可谓是一项繁琐而复杂的工作,研发人员需要耗费大量的时间和精力,穿梭于各类纸质文献、专业期刊和实验报告中,寻找各类宝贵数据。然而随着科技的发展,众多医药专业数据库如雨后春笋般涌现,一站式查询方式更是极大促进了医药研发效率。

医药领域信息广阔,从院内到院外,从研发到流通,从产品到主体,相关的医药数据体量以亿计。因此,对于医药从业人员而言,有价值的医药数据库可大大提升他们的工作效率,也在一定程度上避免资源浪费。

今天笔者也精选现如今医药研发领域质量较高且应用较为广泛的数据库检索平台,让大家在行业科研、日常工作及重要分析研究中,数据随取随用,直接开挂。

1.药融云Pharnexcloud(个人版免费应用72个数据库)

药融云是为个人和企业用户量身打造的医药大数据智能系统,整合超过10万个数据信息源,12大数据库矩阵,200+子数据库,拥有十亿级数据量。数据体量和产业链条长度国内前列,贯穿药物研发、立项、开发、临床、注册、生产、市场及销售,服务于生物医药产业链全生命周期。

2.GBD

全球疾病负担数据库(Global Burden of Disease,简称GBD)属于美国华盛顿大学健康计量评估研究所下的数据平台,是一个综合性的、国际性的疾病和健康情况数据库。GBD数据库汇集了全球及各个国家统计局、卫生部门、期刊文献、调查等的健康数据。目前收录了1990-2017年各国不同年龄段、性别人群各疾病的患病率、发病率、死亡率等流行病学数据,包括死亡率、疾病发病率、伤害、残疾等方面的信息,用于描述和评估全球的疾病负担和健康状况。

3.HMDB

人类代谢组数据库(Human Metabolome DatabaseHMDB)是加拿大代谢组学创新中心(TMIC)创立的人体代谢组学综合数据库。HMDB 5.0现在共有 217920 种化合物。除了这些注释的代谢物之外,HMDB还保留了1581537个未注释的衍生化合物集合以及220945个代谢物条目,包括水溶性和脂溶性代谢物。

4.DrugBank

DrugBank数据库是阿尔伯塔大学提供的一个生物信息学和化学信息学数据库。最新版本的 DrugBank Online(版本 5.1.10 发布时间 2023-01-04 包含 16,558 个药物条目,包括 2,758 种获批小分子药物, 1,607 种获批的生物制剂(蛋白质、肽、疫苗和过敏原), 135 种及以上营养保健品 6,723 种实验性(发现阶段)药物。此外 5,301 非冗余蛋白 (即药物靶标//转运蛋白/载体)序列与这些相关联药物条目。

5.Chemspider

ChemSpider是一个隶属于英国皇家化学会(Royal Society of Chemistry, RSC)的免费化学结构式与文献数据库,2007年开始试运行,20083月正式发布,该数据库提供对来自数百个数据源的超过 1 亿个结构的快速文本和结构搜索访问。

6.CTD

CTD是一个公开可用的数据库,研究基于化学药品、基因、表型、疾病和环境之间的关联。CTD数据库收录数据类型众多,包括超过230万种化学药物,46689个基因,4340个表型和7212种疾病的基因、化学表型,药物相关疾病,基因相关疾病和药物相互作用。

7.Binding

Binding database数据库是一个可公开访问的主要收集药物靶点蛋白质和类药小分子之间相互作用亲和力的数据库,当前包含6 929 个蛋白靶点和505999个小分子之间1161912 个结合数据。在拥有亲和力值的蛋白质- 配体晶体复合物中有2 291 个蛋白质拥有100% 的序列一致性,5816 个蛋白质拥有85% 的序列一致性。

8.     KEGG

KEGG(京都基因和基因组百科全书)是系统分析基因功能的知识库,将基因组信息与更高阶的功能信息联系起来,用于研究基因组、代谢组、信号通路和生物化学反应等方面的信息。

9.     PDB数据库

PDB药物综合数据库由中国医药工业信息中心开发,以药品和医药企业为对象,整合各类资料与数据。PDB药物综合数据库数据库包括医院用药、药品目录、药品招标、生物批签发、全国医院名录等13个数据维度。样本医药销售模块数据覆盖范围则为全国24个地区的重点三级医院用药原始真实数据,现有入网样本医院近700家。

10.  AdisInsight药研数据

Adisinsight数据库隶属于美国Springer,是以科学数据为依据,面向药物研发、疾病治疗和决策的数据库。AdisInsight药物研发信息数据库收录超过5000家公司,3.5万条研发阶段的新药信息。

11.  Larvol Sigma药物管线

Larvol Sigma药物管线LARVOL构建的制药智能平台,也是药物临床研究免费检索数据库,支持在研产品项目检索。Larvol Sigma提供疾病、公司、产品、作用机制和网站五大检索方式。目前Larvol Sigma数据体量如下:疾病类型4614、公司6806、产品27405、适应症1340、网站215506

12.  SMPDB小分子通路

The Small Molecule Pathway DatabaseSMPDB)由加拿大卫生研究院、阿尔伯塔大学和加拿大代谢组学创新中心共同创建,是一个交互的、可视的小分子通路的数据库,包含910条手绘小分子代谢通路,其中468条药物通路,232条疾病通路,105条代谢通路,100多条其他通路。

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