Zuntini AR, et al. (2024). Phylogenomics and the rise of the angiosperms. Nature, doi: 10.1038/s41586-024-07324-0.(2024年4月24日发表）摘要：被子植物是大多数陆地生态系统和人类生计的基础。要解释被子植物在生态学上占据主导地位的原因，就必须对被子植物的进化有深入的了解。迄今为止，被子植物的生命之树主要是通过分析叶绿体基因组来确定的。许多研究都依赖于这一基础性工作，如对中生代起源以来被子植物多样性的分类和初步认识。然而，由于对类群和基因组的取样有限且存在偏差，这削弱了人们对生命之树及其意义的信心。在此，我们利用一套标准化的353个核基因为近8000个（约60%）被子植物属构建了生命之树。与可比的核基因研究相比，属级取样增加了15倍，为先前结果提供了关键的检验，并为关键类群（尤其是蔷薇类rosids）带来了显著变化，同时证实了许多先前预测的关系。通过使用200个化石将这棵树定位到时间轴上，我们发现早期被子植物的演化特点是高度的基因树冲突和爆炸性的多样化，产生了80%以上的现存被子植物目。在中生代余下的时间里，被子植物的多样化一直保持稳定，直到新生代，随着全球气温的下降，被子植物的多样化速度重新加快，这与基因树冲突密切相关。总之，我们广泛的抽样与先进的系统发育基因组学方法相结合，显示了一个超级多样化支系演化的深远历史和全面复杂性。
基于353个核基因的被子植物时间校准系统发育树 |
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