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巩昌府治图 太祖洪武二年 ( 1369年）四月，平羌将军冯胜取巩昌，元巩昌守将汪庸、梁子中开城投降。
洪武六年 ( 1373年），巩昌设立冶铁所，年冶铁17. 82万斤。是年，巩昌府设立军械局、鞍子局。
洪武八年 ( 1375年）， 设立巩昌卫，至清顺治十八年 ( 1661年）裁（卫署地址即今县文化馆）。
洪武十八年 ( 1385年 ），在府治东建立医学。
英宗天顺八年 ( 1464年 ）六月，鞑靼兵进犯巩昌、临洮等地，杀掠人畜。七月又兵犯巩昌，御史马文升率兵击退。
宪宗成化四年 ( 1468年 ），左副都御使、陕西巡抚马文升赈济巩昌、临洮饥民，安抚流亡人口。是年，设洮岷整饬兵备道（道治在今陇西印刷厂址），孝宗弘治十八年 ( 1505年 ）裁。武宗正德六年 ( 1511年 ）又恢复。穆宗隆庆二年 ( 1 568年） 道治移岷县。
成化五年 ( 1469年），因河套鞑靼部南侵，致仕参政杨仕敏商请知府李钺、知县陈忠等修筑北关城垣。神宗万历四年 ( 1576年），分守陇右道李维桢扩展北关城，高、深与大城相同，而广、阔倍于大城。 成化六年 ( 1470 年），建巩昌府贡院（在今鼓楼南邮电大楼及巩昌中学东北这一片地。明成化六年建，为旧布政分司，后为守道驻节，嘉靖六年重修，万历十八年再建，后又为新县署。康熙二十八年，新县署移居陇右道署后又改为崇文书院）。
成化八年 ( 1472年）六月，鞑靼进犯平凉、巩昌、临洮，杀掠人畜36万多，翌年六月，又进犯巩昌等地。
成化十年 ( 1474年），知府张瓒等在府文庙左侧（今实验小学分校）重建巩昌府儒学。后知府张侃将原北关县儒学迁建于府儒学之西。清世宗雍正十三年( 1735年），知县鲁廷琰重建县儒学，次年落成。
孝宗弘治十四年 ( 1501年），陕西布政司右参议史琳驻巩昌，蕃民反抗，琳派兵击降。
武宗正德十三年 ( 1518年），知府朱裳增筑东西二关，至正德十六年完工。
世宗嘉靖十二年 ( 1533年），在道署右侧凿井1眼，深十数仞 (1仞为8尺），水甜且旺，依次在城内凿井15眼。
嘉靖十四年 ( 1535年），陕西巡按御史王书绅在东关建立崇羲书院。原钟灵池东崇文书院后改为道署。清康熙二十八年 ( 1689年）知县杨本植在威远楼南新县署址改建崇文书院。
神宗万历十八年 ( 1590年）七月，青海蒙古部长火落赤出兵攻巩昌，总兵官刘承嗣同参将游击合兵迎战于朱家山失败，杀掠甚惨，城坚守未破。
杨继业绘巩昌烟云图（局部） 万历三十三年 ( 1605年)，分守道岳万阶凿修永济渠，引科羊河入城。四十五年 ( 1617年）分守道郑燮元寻迹修浚，改名永利渠。清乾隆二年(1 737年），知县杨国瓒重新疏掘。
万历四十五年 ( 1617年），知府原乘云修建督察院巡抚行台（在威远楼南），至清康熙七年 ( 1668年 ）裁。清康熙十五年 ( 1676年），因王辅臣犯秦州，甘肃巡抚移驻巩昌（驻府署），至十九年 ( 1680年 ）移回兰州。
熹宗天启元年 ( 1621年），邑进士杨恩撰修《巩昌府志》清康熙二十六年 ( 1687年）知府纪元补辑。
思宗崇祯九年 ( 1636年 ）五月，李自成率兵至巩昌北境， 被左光先、曹变蛟所败。七月，李自成部将蝎子块兵进巩昌城下，巩昌百户崔宏宇出东关迎击被杀，义军攻占了府城。崇祯十七年 ( 1644年）三月， 李自成遣将袁宗第率军西上，再次攻占巩昌。袁令发檄考校诸生，选拔官员。诸生踊跃赴考，以至“一榜出，复营一榜”。次年五月，清英王阿济格率军攻巩昌，袁宗第失败，巩昌遂被清占领。
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