问题一——滤波：多用于直流电路中，引入滤波电容的原因是要获得平滑稳定的电压，因为电容两端的电压不能突变，所以它能抑制电压的波动，使电压变得平稳光滑。
去耦：也叫退耦，主要作用有两个：1、去除器件之间的交流射频耦合。它能将器件的电源端上瞬间的尖峰、毛刺对地短路掉。理论上，频率越高，需要的去耦电容越小。
旁路：旁路电容的作用是将回路中不需要的交流信号对地短路掉。
问题二——你的说法理论上没有错，但是几乎没有人去这么说。
电容在耦合的时候当然是串联在电路中的，如果它并联在器件之间，那到底是谁和谁耦合？去耦当然是并联在器件的两端，注明：电源端和地线，在具体运用的时候记得电容要尽量靠近电源端，去耦效果好，这是经验。旁路一般是把电阻和电容并联在一起，然后串联在某个回路中，通常这么用。
问题三：这个问题没有具体的答案。很难计算。但理论上肯定是频率越高需要的电容越小的，因为频率越高，电容的容抗越小，电路中的交流干扰成分对地短路的程度越高，也就是衰减越大，这是我们想要的，但在实际的运用中，同样的频率，用0.1uF的电容和用0.01uF的电容效果几乎是一样的，谁也没办法解释，但通常有经验的工程师都喜欢用0.1uF，记住就可以了。
问题四：在晶振两端对地接电容是为了校正时钟波形。晶振和集成电路内部的电路组成震荡器，这两个小电容就是配合这个振荡器工作用的，也可以说是振荡器的一部分。12M的晶振不一定非要用20P的，具体用多大的电容取决于你的芯片，比如51单片机要30pF，AVR单片机要22pF，这个和晶振的频率没有关系的。
问题四后面的那句话没有分析明白，请说的清楚一点，你模拟的电路中有晶振么？有晶振的话就不用任何输入波形，没有的话直接给12M的方波信号源就可以了，但是要在XTAL1和XTAL2中选一个，这两个中肯定有一个可以直接输入外部之中频率，具体哪一个，你需要查一下器件资料，直接用12M方波的信号源接到这个引脚上就可以了。
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