寻找真核生物基因有无内含子及cDNA序列
By：xiaoji（1510073316-qq）
真核生物基因组上存在内含子和外显子，在表达时，一般在提取RNA后，
反转录为Cdna，之后以此为模板扩增目的基因序列，可以实现在原核生物中表
达（暂不考虑糖基化等蛋白修饰过程）。但是，并不是所有的基因内部都存在内
含子，因此也就不需要进行RNA提取及反转录操作，那该怎样判断一个真核基
因内部有无内含子呢，在确定有内含子的条件下，cDNA是获得目的基因的关键，
那么又该如何确定cDNA序列呢。
步骤1-你需要确定要扩增的基因，然后进入NCBI网站，选“Gene”选项进
行查找。
步骤2-输入想要获取的基因（示例中为cel61a），点击确定获取搜索结果。
步骤3-获得搜索结果。查找自己的目的基因，点击序列号（Name/GneneID）
进入详细目录。
步骤4-获得目的基因详细信息。进入“Genomicregions,transcripts,and
products”初步查看在基因组上该基因是否有内含子；
步骤5-初步确定是否存在内含子。在左上角的文字说明里可以看到“Exon
count2”可知有两段外显子，则确定存在一个内含子；Graphics中可以看到，基
因中存在间隔，中间一部分没有加粗显示，说明是内含子，之后要确定内含子的
确定位置及找到cDNA序列，点击Genebank进入基因序列界面；
步骤6-基因详细信息界面；
步骤7-将页面向下浏览，在mRNA序列部分会显示内含子位置，mRNA序
列位置1-218bp，273-1351bp，则中间间隔部分为内含子。下方CDS序列显示
cDNA在基因组上的位置，比mRNA位置略短。之后点击CDS区protein_id链
接，进入氨基酸序列界面；
步骤8-氨基酸序列界面，点击CDS右下角会出现提示信息；
步骤9-点击CDS后出现的提示信息（右下角），点击下方“Display”部分的
GenBank进入cDNA序列界面；
步骤10-获得cDNA序列；
步骤11-在右边操作界面，可以选择要显示的序列信息，也可以在此设计引
物用于目的基因扩增。
|
|
