siRNA是合成的，从公司买回来，可以直接用于短暂性的转染，用完就没有了。优点是快速便利。shRNA是基于质粒的。需要自己克隆，也有公司卖不过较自己克隆要贵得多。因为是质粒，所以可以无限制的扩增，不会有用完的一天。质粒的转染效率跟siRNA类似，不过shRNA被表达出来需要时间，所以效果可能没有siRNA直接快速。但是shRNA质粒一般含有抗生素选择基因，这就允许你筛选稳定细胞系，不过这个很花时间（1-3个月）不过一旦稳定细胞系筛选成功，你就再不用做转染实验了，一劳永逸。所以两者各有所长，要看你的实验性质。如果只是补个数据，果断用siRNA。如果建立起稳定细胞体系以后还有很多实验，建议用shRNA，
医学科研中易混淆的概念解释之siRNA篇：1siRNA和shRNA，虽然都是干扰RNA类型，但是siRNA和shRNA却有着天壤之别。siRNA是单链RNA干扰，通过结合mRNA，阻止蛋白的表达。shRNA其实是一类病毒，整合至基因组中进行基因干扰。因此siRNA和shRNA的最大区别就在于是否整合进入了基因组中以及转染有效性的长短。两者在转染效率上现在已经没有特定的差别。2通路阻断剂和siRNA之间的区别。有些实验会使用通路阻断剂，例如akt通路阻断剂LY294002，有些老师也会使用siRNA来阻断Akt的激活。两者之间有什么区别？最大的区别在于阻断剂是影响蛋白的活性（例如乙酰化、磷酸化和泛素化激活等）；而siRNA是直接降低蛋白的表达。因此，在细胞需要某些蛋白的时候，最佳的方式是使用阻断剂而不是用siRNA，因为蛋白表达下降很可能会造成额外的阳性结果出现。3siRNA和非编码RNA。siRNA不属于非编码RNA类型，是属于和mRNA具有互补作用的RNA单链。而非编码RNA是细胞内没有基因编辑功能的RNA总称。siRNA可能会影响非编码RNA的稳定，而非编码RNA是无法通过siRNA进行抑制和下调的。
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