miRNA测序丁香园SmallRNA测序简介：SmallRNA是一类大小约17~25个碱基的单链小分子RNA。主要包括miRNA，sno
RNA，piRNA等。小RNA在细胞内有重要的调控功能，具有作为疾病诊断标记物或者药物靶标的潜力，被广泛研究。新一代高通量测序可以
在一次测序中获得样本细胞中小RNA的序列信息，能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的microRNA及其
表达差异，为研究microRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。尤其能通过测序鉴别新的miRNA。技术特点：高分辨率
：可以检测到miRNA单个碱基的差异高精度：测序结果精确反映小RNA的表达水平重复性好：深度测序保证了抽样的随机性，可靠性高，不需
要重复实验可有新发现：摆脱芯片依赖已知miRNA的局限，可以鉴定新的miRNA灵活：IonTorrent/Miseq测序仪可在一
天内完成上机测序；Hiseq2000可以同时检测近400个样本服务流程：?数据分析?SR2001-01测序质量评估SR2001-
02不同长度的Reads数目统计SR2001-03小RNA比对与注释SR2001-04新miRNA的鉴定SR2001-05单个样本
中miRNA表达量分析SR2001-06多个样本间miRNA表达差异分析SR2001-07miRNA表达模式聚类分析SR2001-
08miRNA表达模式分析SR2001-09特定miRNA的靶基因预测SR2001-10miRNA的SNP分析SR2001-11m
iRNA调控网络小RNA测序数据标准分析SR2001-01??????测序质量评估包括碱基数目统计，Q20碱基数目统计，总Re
ads数目统计，平均Reads长度统计等。SR2001-02???标准分析模块02：不同长度的Reads数目统计对测序的Rea
ds的长度分布进行统计，可以评价测序结果是否合理。一般情况下，长度为21至23bp的reads数目是最多的。?图示：不同长度的Re
ads数目统计小RNA测序数据高级分析SR2001-03???小RNA比对与注释将测序得到的序列与miRBase、EST、mR
NA等多个数据库比对，对各种小RNA进行分类统计。一般小RNA测序结果中，大于50%的序列是miRNA。当前最新的miRNA数据库
版本为miRBase18.0，包括人类1921条，大鼠680条，小鼠1154条成熟miRNA等。?(参考文献：MorinRDe
tal.ApplicationofmassivelyparallelsequencingtomicroRNApr
ofilinganddiscoveryinhumanembryonicstemcells.GenomeRes.
2009)SR2001-04??????新miRNA的鉴定对于未注释上的序列，将其比对到基因组并取其自身和附近的一段序列，通过
二级结构的折叠模型分析，可以获得预测到的新miRNA序列信息与二级结构图集。对于没有已知miRNA的物种，与近缘物种已知的miRN
A进行比对，给该物种的miRNA注释作为参考。图示新miRNA预测SR2001-05??????单个样本中miRNA表达量分
析。单个样本中的miRNA表达量分析是指统计多个miRNA在同一个样本中的表达谱。基于此，可以直观地看到样本组中miRNA的表达情
况。?图例miRNA表达谱SR2001-06???多个样本间miRNA表达差异分析。对不同样本中的miRNA进行显著性表达差异
分析。要求样本量大于1。?图例样本间miRNA表达差异显著性分析，2倍以上差异的miRNA远离拟合线。拟合线上方的miRNA为高
表达，下方为低表达。SR2001-07???miRNA表达模式聚类分析表达模式聚类分析结果提示聚在一个簇的miRNA可能具有功能
的相关性，便于筛选出感兴趣的研究对象。?图例多个样本间的miRNA表达差异分析?SR2001-08???miRNA表达模式分
析根据研究需要，针对特定的若干个miRNA，分析其在不同组织中的表达模式，从而反映其组织特异性。?图例两个miRNA分别在10种
组织中的表达谱SR2001-09???特定miRNA的靶基因预测针对测序结果中客户感兴趣的miRNA，使用生物信息学方法对其可
能的靶基因进行预测。最常使用的软件包括TargetScan、miRanda、PicTar等。技术优势：1)结合降解组测序或Clip
-Seq实验数据，进一步提高预测精度。2)结合生物通路分析，将靶基因范围锁定在与客户研究方向相关的生物过程。?图例结合多个软件和
Clip-Seq实验数据对miRNA靶基因进行预测SR2001-10???miRNA的SNP分析已有多篇文章报道miRNA或m
iRNA靶基因上的单核苷酸多态性位点(SNP)与疾病有关。通过生物信息学方法确定人类miRNA基因上的SNP，分析这些SNP对mi
RNA靶基因的调节影响。?图例通路分析候选靶基因是否符合研究对象?SR2001-11???miRNA调控网络通过分析miRNA靶基因，建立其调控网络。?图例卵巢癌相关miRNA以及靶基因组成的调控网络 |
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