实验室自建肿瘤全景变异检测性能确认中国专家共识（2024版）.pdf

· 274 · 中 华 肿 瘤 杂 志 2024 年 4 月 第 46 卷 第 4 期 　Chin J Oncol, April 2024, Vol. 46, No. 4
· 指 南 与 共 识 ·
实 验 室 自 建 肿 瘤 全 景 变 异 检 测 性 能 确 认
中 国 专 家 共 识 （2024 版 ）
中 国 抗 癌 协 会 肿 瘤 病 理 专 业 委 员 会 分 子 病 理 协 作 组 中 华 医 学 会 病 理 学 分 会 分 子
病 理 学 组
通 信 作 者 ： 应 建 明 ， 国 家 癌 症 中 心 国 家 肿 瘤 临 床 医 学 研 究 中 心 中 国 医 学 科 学 院 北 京 协
和 医 学 院 肿 瘤 医 院 病 理 科 ， 北 京 100021 ， Email ： [e-mail] ； 周 晓 燕 ， 复 旦 大 学
附 属 肿 瘤 医 院 病 理 科 ， 上 海 200032 ， Email ： [e-mail] ； 马 洁 ， 国 家 卫 生 健 康 委
临 床 检 验 中 心 国 家 老 年 医 学 中 心 中 国 医 学 科 学 院 老 年 医 学 研 究 院 北 京 医 院 生 物 治 疗
中 心 ， 北 京 100730 ， Email ： [e-mail]
【 摘 要 】 　 实 验 室 自 建 检 测 对 于 医 疗 机 构 开 展 未 经 国 家 药 品 监 督 管 理 局 审 批 且 急 需 满 足 临 床 实 践
需 求 的 检 测 具 有 重 要 意 义 。 随 着 近 年 来 肿 瘤 精 准 医 学 的 发 展 ， 全 景 变 异 检 测 （CGP ） 已 经 成 为 肿 瘤 患
者 精 准 分 子 分 型 、 靶 向 治 疗 、 免 疫 治 疗 生 物 标 志 物 等 检 测 的 重 要 手 段 和 方 法 ， 但 其 在 医 疗 机 构 开 展 自
建 检 测 的 标 准 与 应 用 规 范 尚 缺 乏 统 一 的 认 识 与 共 识 。 中 国 抗 癌 协 会 肿 瘤 病 理 专 业 委 员 会 分 子 病 理 协
作 组 联 合 中 华 医 学 会 病 理 学 分 会 分 子 病 理 学 组 发 起 了 医 疗 机 构 开 展 CGP 二 代 测 序 （NGS ） 检 测 性 能 确
认 相 关 规 范 中 国 专 家 共 识 ， 结 合 中 国 临 床 实 践 ， 参 考 国 内 外 文 献 ， 从 实 验 室 自 建 的 背 景 、 性 能 确 认 的 场
景 、 评 估 指 标 与 变 异 范 围 ， 性 能 确 认 覆 盖 的 样 本 类 型 、 数 量 、 临 床 性 能 与 药 效 判 定 ， 性 能 确 认 的 场 地 、 人
员 、 质 控 、 室 间 质 评 与 文 档 管 理 等 方 面 进 行 评 述 ， 经 专 家 组 讨 论 并 形 成 12 条 专 家 共 识 ， 为 中 国 医 疗 机
构 开 展 肿 瘤 CGP NGS 检 测 的 性 能 确 认 和 临 床 应 用 提 供 参 考 ， 以 促 进 医 疗 机 构 自 建 检 测 应 用 的 发 展 。
【 关 键 词 】 　 恶 性 肿 瘤 ； 　 实 验 室 自 建 检 测 ； 　 肿 瘤 全 景 变 异 检 测 ； 　 性 能 确 认 ； 　 二 代 测 序
Chinese expert consensus on the analytical validation of tumor comprehensive genomic
profiling next generation sequencing testing (2024 edition)
Molecular Pathology Collaboration Group of Tumor Pathology Committee of Chinese Anti-Cancer
Association, Molecular Pathology Group of Chinese Society of Pathology
Corresponding authors: Ying Jianming, Department of Pathology, National Cancer Center/National
Clinical Research Center for Cancer/Cancer Hospital, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking
Union Medical College, Beijing 100021, China, Email: [e-mail]; Zhou Xiaoyan, Department
of Pathology, Fudan University Shanghai Cancer Center, Shanghai 200032, China, Email: xyzhou100@
163. com; Ma jie, National Center for Clinical Laboratories, Institute of Geriatric Medicine, National
Center for Geriatrics, Chinese Academy of Medical Sciences, BeijingHospital Biotherapy Center, Beijing
100730, China, Email: [e-mail]
【Abstract 】 In hospital laboratories-developed testing is of great significance for the clinical
testing products that has not been approved by the National Medical Product Administration and is
urgently needed to meet clinical practice needs. With the development of cancer precision medicine
in recent years, comprehensive genomic profiling (CGP) has become an important means and
method for the detection of drug targets, precise molecular typing, and immunotherapy biomarkers
DOI ： 10.3760/cma.j.cn112152-20231027-00277
收 稿 日 期 2023-10-27 本 文 编 辑 殷 宝 侠
引 用 本 文 ： 中 国 抗 癌 协 会 肿 瘤 病 理 专 业 委 员 会 分 子 病 理 协 作 组, 中 华 医 学 会 病 理 学 分 会 分 子 病 理 学 组 .
实 验 室 自 建 肿 瘤 全 景 变 异 检 测 性 能 确 认 中 国 专 家 共 识 （2024 版 ） [J]. 中 华 肿 瘤 杂 志, 2024, 46(4): 274-284.
DOI: 10.3760/cma.j.cn112152-20231027-00277.中 华 肿 瘤 杂 志 2024 年 4 月 第 46 卷 第 4 期 　Chin J Oncol, April 2024, Vol. 46, No. 4 · 275 ·
in cancer patients. However, there is still a lack of unified understanding and consensus on clinical
testing standards and application specifications for laboratory-developed testing in the hospitals.
The Molecular Pathology Collaboration Group of the Cancer Experts Committee of the Chinese
Anti-Cancer Association and the Molecular Pathology Group of the Pathology Branch of the Chinese
Medical Association initiated the expert consensus on relevant specifications for analytical validation
of CGP next-generation sequencing (NGS) testing in Chinese hospitals. Combined with domestic
clinical practice, refer to domestic and foreign literatures, from the background of the
laboratory-developed testing, analytical validation scenarios, evaluation indicators and variation
ranges, sample types and quantities covered by analytical validation, clinical performance and drug
efficacy determination, and site personnel for analytical validation, quality control, inter-laboratory
quality evaluation and document management, etc. After the discussion by the expert group, 12
expert consensuses were formed to provide reference for the analytical validation and clinical
application of tumor CGP NGS testing in Chinese hospitals, so as to promote the laboratory-developed
testing applications in Chinese hospitals.
【Key words 】 Malignant tumor; Laboratory-developed testing; Tumor comprehensive
genomic profiling; Analytical validation; Next-generation sequencing
随 着 精 准 医 疗 概 念 的 提 出 ， 肿 瘤 精 准 治 疗 新 方 当 前 ， 国 内 各 地 正 在 积 极 尝 试 推 动 实 验 室 自 建
案 的 不 断 涌 现 ， 新 技 术 和 新 项 目 层 出 不 穷 ， 对 肿 瘤 自 研 体 外 诊 断 试 剂 的 试 点 工 作 ， 如 2023 年 1 月 ，
分 子 病 理 检 测 提 出 更 多 挑 战 。 传 统 体 外 诊 断 产 品 NMPA 综 合 司 、 国 家 卫 生 健 康 委 员 会 办 公 厅 联 合 印
由 于 审 批 流 程 复 杂 ， 无 法 完 全 满 足 快 速 发 展 的 临 床 发 《 关 于 开 展 医 疗 机 构 自 行 研 制 使 用 体 外 诊 断 试 剂
检 测 需 求 。2021 年 国 务 院 发 布 《 医 疗 器 械 监 督 管 试 点 工 作 的 通 知 》 ， 相 关 试 点 医 院 可 根 据 本 单 位 临
理 条 例 》 （ 国 务 院 令 第 739 号 ） 第 53 条 指 出 ， 对 国 内 床 需 求 ， 自 行 研 制 、 使 用 国 内 尚 无 同 品 种 产 品 上 市
尚 无 同 品 种 产 品 上 市 的 体 外 诊 断 试 剂 ， 符 合 条 件 的 的 体 外 诊 断 试 剂 ， 并 在 执 业 医 师 指 导 下 在 本 医 院 内
医 疗 机 构 根 据 本 单 位 的 临 床 需 要 ， 可 以 自 行 研 制 ， 使 用 。2023 年 3 月 上 海 市 药 品 监 督 管 理 局 和 上 海
［1 ］
在 执 业 医 师 指 导 下 在 本 单 位 内 使 用 。 该 条 文 的 市 卫 生 健 康 委 员 会 制 定 了 《 上 海 市 医 疗 机 构 自 行 研
提 出 ， 对 于 尚 未 获 得 国 家 药 品 监 督 管 理 局 （National 制 使 用 体 外 诊 断 试 剂 试 点 方 案 》 ， 经 报 NMPA 同 意 ，
Medical Products Administration ， NMPA ） 批 准 上 市 、 决 定 在 上 海 的 4 家 医 疗 机 构 开 展 自 行 研 制 使 用
无 同 类 同 种 产 品 的 体 外 诊 断 试 剂 的 实 验 室 自 行 研 体 外 诊 断 试 剂 试 点 。 上 述 最 新 的 医 疗 机 构 自 建 检
发 以 及 在 符 合 资 质 的 实 验 室 开 展 相 应 检 测 提 供 了 测 和 自 研 试 剂 的 试 点 方 案 为 我 国 医 疗 机 构 开 展 自
政 策 支 持 。 研 试 剂 与 自 建 检 测 提 供 了 系 统 的 指 导 性 原 则 与
美 国 在 1976 年 首 次 提 出 对 实 验 室 自 建 检 测 项 方 案 。
目/ 试 剂 （laboratory developed test ， LDT ） 采 用 实 验 考 虑 到 肿 瘤 精 准 检 测 与 治 疗 的 复 杂 性 以 及 肿
室 自 我 管 理 模 式 ， 1988 年 美 国 国 会 通 过 了 临 床 实 瘤 分 子 标 志 物 日 新 月 异 的 检 测 需 求 ， 多 篇 国 内 外 指
验 室 改 进 修 正 法 案 （clinical laboratory improvement 南 和 临 床 实 践 推 荐 晚 期 肿 瘤 患 者 开 展 全 景 变 异 检
amendments ， CLIA ） ， 明 确 允 许 临 床 实 验 室 按 照 测 的 二 代 测 序 （comprehensive genomic profiling next
CLIA 要 求 ， 发 展 实 验 室 内 部 的 LDT 。 generation sequencing ， CGP NGS ） 检 测 。CGP NGS
我 国 在 2000 年 《 医 疗 器 械 监 督 管 理 条 例 》 （ 国 一 般 覆 盖 多 达 几 百 个 肿 瘤 相 关 基 因 的 全 部 外 显 子
务 院 令 第 276 号 ） 第 十 条 规 定 中 提 出 ， 医 疗 机 构 根 区 域 ， 检 测 常 见 基 因 变 异 类 型 ， 包 括 点 突 变 （single
据 本 单 位 的 临 床 需 要 ， 可 以 研 制 医 疗 器 械 ， 在 执 业 nucleotide variant ， SNV ） 、 插 入 缺 失 （insertion/deletion ，
［2 ］
医 师 指 导 下 在 本 单 位 使 用 。 尽 管 2014 年 《 医 疗 器 Indel ） 、 拷 贝 数 变 异 （copy number variation ， CNV ） 和
械 监 督 管 理 条 例 》 （ 国 务 院 令 第 650 号 ） 及 后 续 版 本 基 因 重 排 。 同 时 ， CGP NGS 检 测 也 包 含 重 要 的 疾 病
均 删 除 了 该 条 款 ， 但 并 没 有 明 确 禁 止 医 疗 机 构 自 制 疗 效 预 测/ 预 后 相 关 生 物 标 志 物 ， 如 肿 瘤 突 变 负 荷
医 疗 器 械 。 基 于 目 前 自 研 试 剂 的 开 发 和 检 测 的 背 （tumor mutation burden ， TMB ） 、 微 卫 星 不 稳 定 性
景 ， 不 论 何 种 场 景 均 需 要 展 开 技 术 性 能 确 认 工 作 ， （microsatellite instability ， MSI ） 状 态 、 同 源 重 组 修 复
保 证 整 套 自 研 试 剂 与 检 测 流 程 与 方 法 学 的 各 项 性 缺 陷 （homologous recombination deficiency ， HRD ） 等 。
能 参 数 指 标 。 与 传 统 单 基 因 检 测 方 法 如 荧 光 原 位 杂 交 、 聚 合· 276 · 中 华 肿 瘤 杂 志 2024 年 4 月 第 46 卷 第 4 期 　Chin J Oncol, April 2024, Vol. 46, No. 4
酶 链 反 应 （polymerase chain reaction ， PCR ） 、 一 代 测 富 的 CGP NGS 实 践 经 验 ， 然 而 CGP NGS 检 测 仍 急
序 （Sanger 测 序 ） 或 靶 向 NGS 小 Panel 相 比 ， CGP 需 相 关 总 结 并 规 范 ， 从 而 发 挥 示 范 指 导 效 应 。
NGS 通 过 平 行 检 测 更 多 标 志 物 ， 节 省 了 临 床 样 本 、 基 于 上 述 背 景 ， 由 中 国 抗 癌 协 会 肿 瘤 病 理 专 业
检 测 时 间 和 检 测 成 本 ， 最 大 程 度 满 足 晚 期 或 复 发 肿 委 员 会 分 子 病 理 协 作 组 联 合 中 华 医 学 会 病 理 学 分
瘤 患 者 的 精 准 诊 疗 检 测 需 求 。 会 分 子 病 理 学 组 发 起 了 我 国 医 疗 机 构 开 展 CGP
近 年 来 ， CGP NGS 检 测 逐 渐 被 行 业 和 监 管 机 构 NGS 检 测 的 性 能 确 认 项 目 。 本 项 目 将 重 点 关 注 我
认 可 ， 肿 瘤 CGP NGS 检 测 产 品 在 国 内 的 注 册 也 备 国 医 疗 机 构 实 验 室 自 建 CGP NGS 检 测 的 性 能 确
受 关 注 。 尽 管 目 前 我 国 CGP NGS 检 测 仍 存 在 院 外 认 ， 提 出 相 关 专 家 建 议 以 及 推 荐 的 技 术 方 案 。 建 议
中 心 实 验 室 送 检 的 模 式 ， 但 医 疗 机 构 自 行 开 展 肿 瘤 和 方 案 应 在 保 证 严 谨 的 前 提 下 ， 具 有 现 实 指 导 性 、
CGP NGS 检 测 必 将 成 为 未 来 的 趋 势 。 相 比 院 外 检 可 执 行 和 可 复 制 性 （ 项 目 成 本 投 入 和 周 期 可 控 ） 。
测 ， 在 医 院 内 开 展 肿 瘤 CGP NGS 检 测 具 有 以 下 优 本 建 议 围 绕 覆 盖 范 围 更 全 面 的 CGP NGS 检 测 项
势 ： （1 ） 强 监 管 ， 医 院 严 格 的 质 量 管 理 体 系 以 及 公 益 目 ， 对 其 他 肿 瘤 进 行 NGS 检 测 ， 如 实 验 室 自 建 热 点
性 能 确 保 结 果 的 准 确 性 ， 以 及 临 床 样 本 和 数 据 的 安 NGS 检 测 等 也 具 有 参 考 借 鉴 价 值 。 对 于 目 前 尚 未
全 性 ； （2 ） 更 快 的 报 告 时 间 ， 结 合 临 床 病 史 实 现 肿 瘤 获 得 NMPA 批 准 上 市 的 NGS 中 、 小 Panel ， 除 了 复 杂
治 疗 快 速 决 策 ； （3 ） 有 利 于 人 才 队 伍 建 设 和 科 研 成 基 因 组 生 物 标 志 物 如 TMB 、 MSI 、 HRD 等 ， 该 技 术 性
果 转 化 ， 能 够 加 强 病 理 科 对 技 术 和 数 据 的 完 整 运 能 确 认 专 家 共 识 从 场 地 、 人 员 、 评 估 指 标 、 变 异 范 围
用 ， 同 时 可 以 促 进 多 科 室 之 间 更 快 捷 、 深 入 的 交 流 。 （ 常 见 变 异 类 型 ） 和 样 本 类 型 要 求 、 质 控 与 室 间 质 评
我 国 医 疗 机 构 开 展 的 CGP NGS 检 测 主 要 包 括 以 及 记 录 文 档 要 求 等 方 面 均 提 供 了 重 要 的 参 考 价
2 大 类 ， 分 别 是 “ 未 经 NMPA 批 准 的 商 品 化 试 剂 盒 ” 值 ， 医 疗 机 构 实 验 室 可 参 考 本 共 识 中 提 供 的 专 家 建
和 “ 实 验 室 自 行 设 计 研 制 的 NGS 检 测 ” ， 其 中 商 品 化 议 开 展 中 、 小 Panel 的 性 能 确 认 。
试 剂 盒 的 检 测 模 式 在 医 疗 机 构 实 验 室 应 用 较 为 广 本 项 目 不 包 含 医 疗 机 构 CGP NGS 开 展 的 管 理
泛 。 在 实 验 室 开 展 常 规 CGP NGS 检 测 前 ， 进 行 产 体 系 建 立 、 如 何 选 择 或 建 立 CGP NGS Panel 、 临 床 应
品 的 性 能 确 认 是 一 个 必 不 可 少 的 步 骤 。 与 获 批 的 用 有 效 性 和 特 定 标 志 物 阈 值 的 建 立 。
体 外 诊 断 试 剂 开 展 的 性 能 验 证 不 同 ， 针 对 实 验 室 自 一 、 性 能 确 认 的 场 景 、 评 估 指 标 与 变 异 范 围
建 自 研 检 测 或 未 获 得 NMPA 体 外 诊 断 批 准 的 商 品 （ 一 ） 性 能 确 认 的 场 景
化 试 剂 盒 的 性 能 确 认 ， 需 要 在 正 式 开 展 检 测 前 完 成 在 实 验 室 初 步 确 定 初 始 检 测 条 件 并 建 立 分 析
检 测 流 程 确 认 ， 明 确 质 控 标 准 ， 建 立 标 准 操 作 程 序 流 程 后 ， 需 要 对 CGP NGS 检 测 项 目 进 行 性 能 确 认 ，
（standard operating procedure ， SOP ） ， 并 且 在 仪 器 或 性 能 确 认 方 案 应 在 积 累 性 能 确 认 数 据 之 前 完 成 ， 开
关 键 试 剂 更 换 、 检 测 样 品 类 型 变 化 时 重 新 进 行 性 能 发 、 优 化 和 熟 悉 过 程 中 收 集 的 数 据 不 可 作 为 性 能 确
确 认 。 在 我 国 医 疗 机 构 开 展 CGP NGS 的 性 能 确 认 认 数 据 的 一 部 分 。 但 这 些 数 据 可 用 于 评 估 测 试 性
主 要 针 对 目 前 肿 瘤 分 子 检 测 临 床 实 践 中 重 点 关 注 能 ， 从 而 设 定 可 接 受 的 性 能 标 准 ， 并 确 定 样 本 的 数
的 问 题 ， 如 靶 向 药 治 疗 靶 点 检 测 、 免 疫 治 疗 的 疗 效 量 和 类 型 。
预 测 指 标 如 TMB 、 MSI ， PARP 抑 制 剂 治 疗 疗 效 预 测 性 能 确 认 方 案 应 从 明 确 的 预 期 用 途 开 始 ， 决 定
指 标 HRD 等 ， 针 对 以 上 检 测 的 变 异 位 点 与 生 物 标 所 需 的 样 本 类 型 和 性 能 指 标 特 征 。 在 性 能 确 认 开
志 物 指 标 ， 在 实 验 室 自 研 自 建 检 测 体 系 的 性 能 确 认 始 前 ， 性 能 确 认 方 案 需 得 到 实 验 室 负 责 人 的 批 准 。
过 程 中 应 针 对 代 表 性 变 异 位 点 以 及 生 物 标 志 物 （ 如 针 对 实 验 室 自 研 或 未 获 得 NMPA 批 准 的 商 品 化 体
TMB ） 等 展 开 技 术 性 能 确 认 ， 通 过 精 准 度 、 准 确 性 、 外 诊 断 试 剂 盒 ， 在 正 式 开 展 检 测 前 完 成 确 认 流 程 ，
敏 感 性 、 特 异 性 等 指 标 评 估 CGP NGS 的 性 能 参 数 ， 明 确 质 控 标 准 ， 建 立 SOP ， 并 在 仪 器 或 关 键 试 剂 更
确 保 临 床 检 测 实 践 开 展 的 准 确 性 等 临 床 性 能 指 标 。 换 、 检 测 样 品 类 型 变 化 时 ， 应 重 新 进 行 性 能 确 认 。
虽 然 欧 美 等 国 家 已 经 提 供 了 较 丰 富 的 实 验 室 对 已 获 得 NMPA 批 准 ， 但 实 验 室 进 行 了 修 改 的 NGS
自 建 检 测 相 关 的 指 南 和 建 议 ， 但 我 国 临 床 检 测 的 实 检 测 产 品 ， 在 开 展 常 规 检 测 前 ， 也 应 进 行 性 能 确 认 。
际 情 况 与 欧 美 国 家 存 在 诸 多 不 同 。 我 国 的 CGP 共 识 意 见 1 ： 未 经 NMPA 批 准 的 商 品 化 CGP
NGS 检 测 对 医 院 病 理 科 有 更 高 的 要 求 ， 包 括 场 地 、 NGS 检 测 、 实 验 室 自 行 研 发 的 CGP NGS 检 测 ， 在
人 员 、 操 作 流 程 等 。 尽 管 部 分 医 院 已 各 自 积 累 了 丰 开 展 常 规 检 测 前 应 进 行 性 能 确 认 。中 华 肿 瘤 杂 志 2024 年 4 月 第 46 卷 第 4 期 　Chin J Oncol, April 2024, Vol. 46, No. 4 · 277 ·
（ 二 ） 性 能 确 认 覆 盖 的 变 异 范 围 和 指 标 力 。NGS 检 测 的 特 异 性 定 义 是 指 对 没 有 变 异 位 点
CGP NGS Panel 通 常 可 检 测 包 括 SNV 、 Indel 、 检 测 结 果 为 阴 性 的 比 例 。
CNV 、 基 因 重 排 在 内 的 多 种 基 因 变 异 类 型 。 因 此 ， 5. 检 测 限 ： 是 指 可 重 复 检 测 （95% ） 待 测 物 质 的
在 设 计 CGP NGS Panel 时 ， 需 充 分 了 解 该 NGS Panel 最 低 浓 度 水 平 。NGS 的 检 测 限 定 义 是 指 95% 的 样
的 预 期 临 床 用 途 ， 基 于 预 期 临 床 用 途 对 CGP NGS 本 能 够 正 确 检 出 变 异 位 点 的 最 低 等 位 基 因 百 分 比 。
Panel 进 行 性 能 确 认 。 性 能 确 认 覆 盖 的 基 因 变 异 类 PPA 是 检 测 到 的 已 知 变 异 比 例 ， 所 有 真 实 变 异
型 与 范 围 应 包 括 遗 传 特 征 明 确 且 将 用 于 临 床 检 测 必 须 为 已 知 变 异 。 可 使 用 参 考 样 本 或 参 考 方 法 来
的 样 本 ［ 如 石 蜡 包 埋 （formalin-fixed and parrffin- 确 定 基 因 变 异 的 真 实 情 况 。 当 使 用 参 考 方 法 时 ， 可
embedded ， FFPE ） 样 本 、 血 液 、 胸 水 、 脑 脊 液 、 骨 髓 能 会 使 用 组 合 的 参 考 方 法 。 由 于 性 能 确 认 的 性 能
等 ］ ， 应 覆 盖 常 见 变 异 类 型 （SNV 、 Indel 、 CNV 、 基 因 可 能 因 变 异 类 型 不 同 而 产 生 差 异 ， 因 此 应 确 定 每 种
重 排 ） 中 的 代 表 性 变 异 位 点 。 变 异 类 型 的 PPA （ 如 SNV 、 Indel 、 CNV 、 基 因 重 排 等
［4 ］
根 据 美 国 临 床 实 验 室 改 进 修 正 案 的 监 管 要 求 ， 结 构 变 异 ） 。
未 经 美 国 食 品 药 品 监 督 管 理 局 （Food and Drug 在 分 析 性 能 确 认 数 据 时 ， 应 确 定 并 记 录 每 个 样
Administration ， FDA ） 批 准 的 实 验 室 自 建 检 测 必 须 本 的 已 知 阳 性 检 出 率 （ 即 平 均 值 、 标 准 差 、 置 信 区
考 虑 准 确 性 、 精 密 度 （ 重 复 性 和 重 现 性 ） 、 报 告 范 围 、 间 、 容 忍 区 间 或 可 靠 性 ） ， 应 要 求 所 有 真 实 变 异 必 须
参 考 范 围 （ 正 常 范 围 ） 、 分 析 敏 感 性 （ 检 测 限 或 定 量 为 已 知 变 异 ， 且 可 使 用 参 考 样 本 或 参 考 方 法 确 定 变
限 ） 、 分 析 特 异 性 （ 干 扰 物 质 ） 和 任 何 其 他 相 关 参 数 异 的 真 实 情 况 。
（ 如 残 留 物 ） 。 尽 管 各 种 指 导 文 件 定 义 了 上 述 分 析 与 PPA 类 似 ， 应 针 对 每 种 变 异 类 型 （ 如 SNV 、
性 能 特 征 ， 但 准 确 性 的 定 义 尚 需 细 化 ， 以 便 更 好 地 Indel 、 CNV 、 基 因 重 排 等 结 构 变 异 ） 确 定 其 PPV 。 记
［4 ］
满 足 NGS 体 细 胞 变 异 分 析 的 需 要 。 因 此 ， 建 议 用 阳 录 每 种 变 异 类 型 的 PPA 和 PPV 。
性 符 合 率 （percent positive agreement ， PPA ） 和 阳 性 由 于 仪 器 、 试 剂 和 技 术 的 差 异 ， 检 测 过 程 会 在
预 测 值 （positive predictive value ， PPV ） 表 示 准 确 每 一 步 引 入 随 机 误 差 （ 或 不 准 确 性 ） 。 为 了 最 大 限
性 。CGP NGS Panel 的 性 能 确 认 应 包 含 整 体 的 性 能 度 地 减 少 差 异 ， 仪 器 、 试 剂 和 人 员 均 必 须 符 合 预 期
确 认 方 案 ， 包 括 样 本 类 型 和 数 量 、 PPA 和 PPV 、 基 因 目 的 ， 通 过 性 能 确 认 进 行 量 化 。
变 异 检 测 的 重 现 性 和 重 复 性 、 检 测 限 、 干 扰 物 质 、 生 应 进 行 重 复 性 （ 批 内 ） 和 重 现 性 （ 批 间 ） 测 试 ， 建
［3 ］
物 信 息 分 析 流 程 的 性 能 确 认 和 其 他 参 数 等 。 性 议 在 所 有 NGS 检 测 步 骤 和 全 部 检 测 时 间 内 ， 至 少 需
能 确 认 主 要 指 标 的 定 义 与 公 式 如 下 ： 要 评 估 3 个 样 本 ， 每 个 样 本 的 检 测 流 程 需 要 包 含 所
1. 准 确 性 ： 是 指 测 定 结 果 和 真 实 结 果 的 一 致 性 有 仪 器 、 多 名 测 试 人 员 和 多 批 次 试 剂 。 因 此 ， 在 获
程 度 。NGS 检 测 的 准 确 性 定 义 是 指 测 定 检 出 的 序 取 性 能 确 认 数 据 之 前 ， 需 要 设 置 测 试 合 格 的 标 准 ，
列 与 参 考 序 列 的 一 致 性 程 度 。 建 议 用 PPA 和 PPV 在 每 个 NGS 测 试 步 骤 中 对 差 异 进 行 量 化 。
表 示 。 每 种 基 因 变 异 的 检 测 限 建 议 在 优 化 与 熟 悉 检
2. 精 密 度 ： 是 指 同 一 样 本 在 多 次 实 验 中 结 果 的 测 流 程 阶 段 使 用 细 胞 系 混 合 实 验 进 行 估 计 ， 检 测 下
一 致 程 度 ， 包 括 重 复 性 和 重 现 性 。 重 复 性 是 指 在 同 限 （lower limit of detection ， LLOD ） 定 义 为 95% 的 样
一 条 件 下 （ 相 同 环 境 、 相 同 操 作 人 员 、 相 同 检 测 流 本 被 可 靠 地 检 测 到 的 等 位 基 因 频 率 。 不 同 类 型 变
程 、 相 同 仪 器 ） 多 次 测 量 同 一 序 列 ， 测 定 结 果 的 一 致 异 可 能 有 不 同 的 LLOD ， 应 针 对 每 种 变 异 类 型 确 定
程 度 。 重 现 性 是 指 由 不 同 操 作 人 员 、 不 同 仪 器 （ 相 LLOD 。 需 设 置 敏 感 性 对 照 ， 以 确 保 在 LLOD 情 况
［4 ］
同 型 号 ） 进 行 同 一 序 列 测 量 结 果 的 一 致 性 程 度 。 精 下 检 测 到 目 标 变 异 。
密 度 的 计 算 方 式 为 事 件/ 样 本 数 量 的 平 均 值 和 方 在 性 能 确 认 和 临 床 测 试 期 间 ， 可 使 用 质 粒 对 照
差 ， 并 通 过 样 本 量 和 上 机 数 量 进 行 聚 合 。 和 其 他 人 工 构 建 的 载 体 ， 证 明 某 些 变 异 检 测 的 准
3. 分 析 敏 感 性 ： 是 指 对 阳 性 样 本 检 测 结 果 为 阳 确 性 。
性 的 比 例 。NGS 检 测 的 敏 感 性 定 义 是 指 对 变 异 位 在 性 能 确 认 过 程 中 应 去 除 可 能 影 响 检 测 结 果
点 的 检 测 结 果 为 阳 性 的 比 例 。 的 干 扰 物 质 （ 如 重 金 属 固 定 剂 、 黑 色 素 、 血 红 蛋 白 和
4. 分 析 特 异 性 ： 是 指 一 种 检 测 方 法 仅 对 样 本 中 胆 红 素 、 人 总 蛋 白 、 酒 精 、 蛋 白 酶 K 、 福 尔 马 林 、 石
的 待 测 物 质 反 应 ， 而 与 其 他 物 质 不 发 生 反 应 的 能 蜡 、 DNA 分 子 标 签 等 ） 。 核 酸 提 取 和 纯 化 步 骤 通 常· 278 · 中 华 肿 瘤 杂 志 2024 年 4 月 第 46 卷 第 4 期 　Chin J Oncol, April 2024, Vol. 46, No. 4
［6 ］
会 去 除 潜 在 的 污 染 物 ， 但 必 须 具 体 考 虑 到 性 能 确 认 确 定 TMB 阈 值 。 在 我 国 医 疗 机 构 开 展 CGP NGS
过 程 中 的 样 本 类 型 ， 以 确 保 所 有 的 预 期 类 型 样 本 都 Panel 的 TMB 性 能 确 认 实 验 ， 考 虑 到 每 次 进 行 Panel
可 用 于 后 续 扩 增 和 NGS 测 序 。 特 异 性 TMB （Panel specific TMB ， psTMB ） 与 WES
此 外 ， 应 考 虑 DNA 重 复 序 列 和 假 基 因 的 干 扰 。 TMB 的 一 致 性 比 对 评 价 的 实 际 操 作 、 成 本 等 因 素 ，
对 于 高 度 片 段 化 的 DNA ， 测 序 读 段 如 果 来 自 假 基 可 采 用 psTMB 的 重 复 性 与 重 现 性 分 析 的 策 略 ， 对
［7 ］
因 ， 则 可 能 会 发 生 错 误 比 对 ， 产 生 假 阳 性 结 果 。 高 TMB 进 行 性 能 确 认 。
度 重 复 的 序 列 可 能 会 消 耗 捕 获 探 针 ， 从 而 减 少 了 目 CGP NGS 检 测 性 能 确 认 在 测 序 平 台 水 平 的 重
标 区 域 的 测 序 序 列 覆 盖 率 。 对 于 检 测 低 频 变 异 的 复 性 和 重 现 性 表 现 为 基 因 变 异 与 复 杂 生 物 标 志 物
NGS 实 验 ， 交 叉 污 染 是 一 个 公 认 问 题 。 应 通 过 测 试 的 高 度 符 合 率 ， 以 及 样 品 水 平 的 高 重 现 性 。 可 针 对
设 计 和 性 能 确 认 ， 以 及 无 模 板 对 照 （no template CGP NGS 的 复 杂 生 物 标 志 物 开 展 对 应 的 重 复 性 和
control ， NTC ） 样 本 来 解 决 交 叉 污 染 问 题 。 此 外 ， 在 重 现 性 的 性 能 确 认 。
性 能 确 认 期 间 及 后 续 的 临 床 测 试 过 程 中 ， 每 次 测 试 共 识 意 见 3 ： 肿 瘤 CGP NGS 的 性 能 确 认 中 ， 可
都 应 包 含 NTC 样 本 ， 用 于 确 认 扩 增 步 骤 中 是 否 存 在 以 针 对 覆 盖 的 常 见 复 杂 生 物 标 志 物 （ 如 TMB 、
［4 ］
来 自 邻 近 样 本 的 污 染 。 MSI 、 HRD 等 ） 开 展 性 能 确 认 。
共 识 意 见 2 ： 肿 瘤 CGP NGS 的 性 能 确 认 ， 应 该 三 、 性 能 确 认 覆 盖 的 样 本 类 型 、 数 量 、 临 床 性 能
针 对 CGP 覆 盖 的 常 见 变 异 类 型 选 择 代 表 性 变 异 位 与 药 效 判 定
点 ， 应 关 注 准 确 性 、 精 密 度 、 分 析 敏 感 性 、 分 析 特 异 （ 一 ） 性 能 确 认 的 样 本 类 型 选 择
性 和 检 测 限 等 指 标 。 CGP NGS Panel 进 行 性 能 确 认 时 ， 应 使 用 检 测
二 、 复 杂 生 物 标 志 物 的 性 能 确 认 方 案 要 求 的 样 本 类 型 ， 以 便 性 能 参 数 能 适 用 更 大 患
CGP NGS Panel 的 性 能 确 认 中 ， 除 需 包 含 SNV 、 者 群 体 的 检 测 。CGP NGS Panel 不 能 像 单 一 分 析 物
Indel 、 CNV 和 基 因 重 排 等 变 异 类 型 外 ， 还 需 覆 盖 常 测 试 一 样 进 行 性 能 确 认 ， 其 样 本 类 型 、 变 异 类 型 、 基
见 的 复 杂 生 物 标 志 物 （ 如 TMB 、 MSI 、 HRD 等 ） 。 因 变 异 频 率 、 外 显 子 区 或 目 标 区 域 存 在 较 大 差 异 。
对 于 MSI 、 TMB 、 HRD 等 复 杂 预 测 性 生 物 标 志 因 此 ， 必 须 使 用 基 于 误 差 的 方 法 进 行 性 能 确 认 ， 其
物 ， 越 来 越 多 的 患 者 治 疗 决 策 受 以 上 指 标 的 影 响 ， 解 决 的 问 题 包 括 样 本 类 型 、 变 异 类 型 、 基 因 组 区 域
复 杂 生 物 标 志 物 的 检 测 提 供 了 更 多 潜 在 治 疗 获 益 或 基 因 变 异 频 率 ， 其 测 试 性 能 可 以 外 推 至 其 他 样 本
［4 ］
机 会 。 因 此 ， 定 义 预 分 析 、 样 品 处 理 和 性 能 确 认 的 类 型 、 变 异 类 型 、 基 因 组 区 域 和 基 因 变 异 频 率 。
高 质 量 性 能 确 认 指 标 的 标 准 尤 其 重 要 。 此 外 ， 对 于 基 于 误 差 的 方 法 参 考 美 国 临 床 与 实 验 室 标 准
复 杂 的 生 物 标 志 物 ， 如 TMB 、 MSI 、 HRD 等 ， 必 须 全 研 究 院 发 布 的 基 于 风 险 管 理 的 实 验 室 质 量 控 制 实
面 地 评 估 测 试 大 范 围 基 因 组 区 域 ， 并 在 多 种 肿 瘤 类 践 指 南 ， 其 中 特 别 强 调 ： 实 验 室 应 系 统 地 识 别 潜 在
［5 ］
型 中 得 到 良 好 的 性 能 确 认 。 复 杂 生 物 标 志 物 作 的 失 效 模 式 ， 并 评 估 发 生 的 故 障 对 患 者 造 成 伤 害 的
为 CGP NGS 的 重 要 检 测 指 标 ， 其 性 能 确 认 具 有 必 可 能 性 ， 即 在 整 个 过 程 的 每 一 步 确 定 伤 害 的 可 能
要 性 。 性 、 可 检 测 性 和 严 重 程 度 。 每 个 误 差 来 源 都 可 以 在
以 TMB 为 例 ， 作 为 CGP NGS 检 测 的 特 征 ， TMB 3 个 不 同 的 层 次 上 体 现 并 被 处 理 ， 即 检 测 分 析 的 设
［8 ］
是 指 通 过 计 算 特 定 基 因 组 区 域 内 每 兆 碱 基 对 的 体 计 、 方 法 学 性 能 确 认 和/ 或 质 量 控 制 。 对 于 NGS
细 胞 非 同 义 突 变 的 个 数 ， 评 估 肿 瘤 的 突 变 负 荷 状 检 测 的 复 杂 流 程 ， 基 于 误 差 的 设 计 和 优 化 方 法 非 常
态 ， 间 接 反 映 肿 瘤 产 生 新 抗 原 的 能 力 和 程 度 ， 已 被 重 要 。 对 潜 在 故 障 点 的 概 率 充 分 了 解 ， 有 助 于 确 定
证 实 可 预 测 多 种 肿 瘤 的 免 疫 治 疗 疗 效 。 全 外 显 子 流 程 中 特 定 步 骤 所 需 的 验 证 和 质 量 控 制 级 别 ， 且 有
组 测 序 （whole exome sequencing ， WES ） 是 进 行 TMB 助 于 对 可 能 出 现 的 错 误 进 行 故 障 排 除 ， 对 测 试 系 统
检 测 的 “ 金 标 准 ” ， WES 检 测 分 析 的 TMB 值 与 免 疫 组 成 部 分 的 修 改 进 行 验 证 。
治 疗 临 床 疗 效 相 关 。 TMB 的 性 能 确 认 ， 建 议 与 应 选 择 一 系 列 遗 传 特 征 明 确 的 样 本 ， 最 大 程 度
WES 评 估 的 TMB 值 进 行 一 致 性 评 价 ， 在 检 出 基 因 地 体 现 以 上 因 素 引 起 的 变 化 。 性 能 确 认 测 试 的 每
突 变 频 率 ≥5% 的 体 细 胞 突 变 基 础 上 ， 保 证 TMB 值 种 样 本 类 型 的 数 量 应 与 临 床 测 试 的 预 期 样 本 类 型
的 准 确 性 和 稳 定 性 。TMB 值 在 不 同 癌 种 中 存 在 显 成 比 例 。 如 果 已 知 样 本 类 型 存 在 问 题 （ 如 FFPE 组
著 差 异 ， 应 依 据 免 疫 检 查 点 抑 制 剂 药 物 的 临 床 疗 效 织 样 本 ） ， 建 议 使 用 额 外 的 性 能 确 认 样 本 来 确 定 样中 华 肿 瘤 杂 志 2024 年 4 月 第 46 卷 第 4 期 　Chin J Oncol, April 2024, Vol. 46, No. 4 · 279 ·
本 质 量 或 数 量 对 测 试 结 果 的 影 响 。 用 于 正 态 分 布 的 群 体 ， 而 潜 在 群 体 的 分 布 通 常 不 是
大 多 数 CGP NGS Panel 检 测 不 能 覆 盖 所 有 基 正态的 （ 例如数据不能超过自然边界 0 或 100% 时 ） 。
因 变 异 的 样 本 ， 因 此 ， 应 纳 入 与 检 测 预 期 用 途 相 关 无 论 潜 在 群 体 如 何 分 布 ， 可 使 用 非 参 数 方 法 定
的 热 点 变 异 样 本 （ 如 结 肠 癌 NGS Panel 应 纳 入 义 容 忍 区 间 ， 估 计 性 能 参 数 。 单 侧 非 参 数 容 忍 区 间
KRAS exon12 、 13 与 61 的 变 异 ） ， 也 可 以 纳 入 计 算 机 可 通 过 满 足 累 积 二 项 式 方 程 的 K 值 ， 确 定 可 靠 性 和
模 拟 的 数 据 集 ， 但 不 能 取 代 真 实 样 本 的 数 据 。 因 置 信 区 间 所 需 的 样 本 数 量 。 例 如 ， 具 有 95% 置 信 度
此 ， 可 采 用 真 实 样 本 和 计 算 机 模 拟 样 本 组 合 的 形 和 95% 可 靠 性 的 单 侧 容 忍 区 间 ， 不 管 是 参 数 指 标 还
式 ， 评 估 性 能 确 认 分 析 中 的 样 本 变 异 类 型 。 是 非 参 数 指 标 ， 可 由 一 组 59 个 或 更 多 样 本 来 确 定
［4 ］
因 此 ， 应 包 括 至 少 2 个 特 征 明 确 的 样 本 ， 在 所 性 能 。
有 目 标 区 域 都 有 确 定 的 检 测 序 列 。 商 品 化 的 参 考 因 此 建 议 ， 无 论 选 择 参 数 检 验 还 是 非 参 数 检 验
［4 ］
样 本 可 用 于 此 目 的 ， 通 常 有 以 下 3 类 。 来 评 估 容 忍 区 间 ， 性 能 确 认 期 间 最 少 测 试 59 个 样
1. 参 考 细 胞 系 ： HapMap 细 胞 系 ［ 如 NA12878 、 本 。 实 验 室 收 集 59 个 包 含 SNV 的 样 本 质 量 指 标 数
NA19240 、NA18507 、NA19129 （coriell institute for 据 （ 如 读 段 测 序 深 度 、 读 段 长 度 、 偏 倚 和 质 量 评 分 ） 。
medical research ， Camden ， NJ ） ］ ， 可 单 独 使 用 或 混 理 论 上 ， 59 个 样 本 还 应 包 含 其 他 变 异 ， 如 Indel 等 。
合 使 用 来 模 拟 不 同 的 基 因 变 异 频 率 、 LLOD 等 。 若 某 种 变 异 类 型 （ 如 大 片 段 缺 失 、 结 构 变 异 、 CNV
2. 合 成 DNA 片 段 ： 在 已 知 的 位 置 掺 入 特 定 的 等 ） 的 样 本 较 少 ， 短 时 间 内 无 法 获 得 足 够 的 样 本 进
序 列 变 异 ， 也 可 按 照 已 知 的 等 位 基 因 比 例 混 合 ， 评 行 性 能 确 认 ， 则 应 按 NGS 不 能 准 确 检 出 该 位 点 对
估 平 台 性 能 、 文 库 制 备 和 生 物 信 息 学 流 程 等 。 待 ， 需 使 用 其 他 方 法 （ 如 PCR 法 、 Sanger 测 序 法 或 杂
3. 遗 传 特 征 明 确 的 细 胞 系 ： 参 考 品 样 本 可 用 于 交 芯 片 法 等 ） 对 这 类 型 位 点 的 阳 性 结 果 进 行 确 认 ， 或
［4 ］
检 测 错 误 来 源 。 当 性 能 确 认 数 据 不 足 以 确 保 潜 在 在NGS 的 检 测 报 告 中 注 明 检 测 的 局 限 性 。
的 错 误 存 在 时 ， 应 使 用 它 们 来 监 控 检 测 步 骤 。 可 以 整 个 性 能 确 认 过 程 需 进 行 6 轮 NGS 检 测 ， A 和
为 过 程 中 的 每 个 步 骤 设 计 对 照 ， 也 可 以 使 用 单 个 对 B 分 别 代 表 执 行 性 能 确 认 测 试 的 2 名 技 术 人 员 。 采
照 样 本 监 控 多 个 步 骤 节 点 。 用 单 盲 实 验 ， 即 测 试 技 术 人 员 不 知 道 样 本 和 标 准 品
性 能 确 认 样 本 应 包 括 特 征 明 确 的 临 床 样 本 类 的 信 息 。 每 一 轮 性 能 确 认 组 合 由 12 个 不 同 的 标 准
型 （ 石 蜡 包 埋 FFPE 样 本 、 血 液 、 胸 水 、 脑 脊 液 、 骨 髓 品 或 样 本 组 成 （ 具 体 组 合 参 见 NGS 检 测 的 性 能 确 认
等 ） 。 样 本 需 包 含 检 测 的 各 种 变 异 类 型 （ 如 SNV 、 样 本 矩 阵 表 ） ， 每 轮 次 的 技 术 员 需 独 立 操 作 。 该 性
Indel 、 CNV 和 基 因 重 排 等 ） ， 包 含 与 CGP NGS Panel 能 确 认 矩 阵 包 含 了 所 有 检 测 的 技 术 性 能 ， 可 有 效 地
预 期 临 床 用 途 相 关 变 异 的 样 本 、 2 个 或 2 个 以 上 与 评 估 各 项 性 能 参 数 。NGS 检 测 的 性 能 确 认 样 本 矩
［4 ］
CGP NGS Panel 覆 盖 区 域 一 致 的 参 考 样 本 。 阵 表 见 表 1 。
共 识 意 见 4 ： 对 于 样 本 类 型 的 选 择 ， 性 能 确 认 共 识 意 见 5 ： 样 本 数 量 的 选 择 ， 针 对 每 种 变 异
的 样 本 应 包 含 所 有 变 异 类 型 和 复 杂 生 物 标 志 物 。 类 型 ， 应 在 95 ％ 置 信 度 （ α=0.05 ） 和 95 ％ 可 靠 性 （r=
样 本 类 型 可 包 括 携 带 已 知 变 异 的 标 准 品 和 与 预 期 0.95 ） 的 基 础 上 ， 使 用 容 忍 区 间 来 评 估 性 能 确 认 的
用 途 中 样 本 类 型 一 致 的 临 床 样 本 。 最 少 样 本 数 。
（ 二 ） 性 能 确 认 的 样 本 数 量 选 择 （ 三 ） 临 床 性 能 确 认
CGP NGS Panel 的 性 能 确 认 过 程 中 ， 样 本 数 量 疾 病 内 在 的 生 物 学 复 杂 性 对 NGS Panel 检 测 的
是 一 个 关 键 问 题 。 为 了 估 计 潜 在 群 体 的 分 布 和 单 临 床 敏 感 性 和 特 异 性 影 响 最 大 。CGP NGS Panel 的
个 样 本 的 表 现 ， 应 使 用 容 忍 区 间 进 行 评 估 ， 对 于 正 预 期 用 途 如 肿 瘤 诊 断 、 预 测 或 治 疗 决 策 需 要 提 前 定
态 分 布 的 群 体 ， 可 以 确 定 容 忍 区 间 的 下 限 ， 相 关 统 义 清 楚 。 有 些 NGS 检 测 仅 对 有 限 的 目 标 基 因 区 域
［8-9 ］
计 学 原 理 请 参 考 相 关 文 献 。 进 行 分 析 （ 如 热 点 分 析 ） ， 如 果 其 预 期 用 途 仅 限 于 特
样 本 数 量 的 评 估 和 选 择 需 确 定 最 少 读 段 覆 盖 定 的 基 因 变 异 （ 如 结 肠 直 肠 癌 中 KRAS/NRAS 基 因
深 度 的 置 信 区 间 和 容 忍 区 间 。 通 过 95% 置 信 度 下 变 异 ， 用 于 指 导 西 妥 昔 单 抗 的 靶 向 治 疗 ） ， 则 可 能 足
确 认 的 置 信 区 间 下 限 来 推 断 整 个 群 体 平 均 值 的 下 够 满 足 临 床 需 求 ； 但 如 果 预 期 用 途 是 肿 瘤 诊 断 和 预
限 。 置 信 区 间 可 用 于 预 测 群 体 的 表 现 ， 容 忍 区 间 可 后 分 析 ， 其 临 床 敏 感 性 可 能 不 及 更 全 面 的 CGP NGS
用 于 预 测 某 个 样 本 的 表 现 ， 但 容 忍 区 间 的 估 计 仅 适 检 测 。 因 为 其 无 法 检 测 到 热 点 区 域 以 外 的 变 异 ， 对· 280 · 中 华 肿 瘤 杂 志 2024 年 4 月 第 46 卷 第 4 期 　Chin J Oncol, April 2024, Vol. 46, No. 4
表 1 二 代 测 序 检 测 的 性 能 确 认 样 本 矩 阵 表
样 本
测 序 技 术
批 次 员
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
第 1 批 A REF1 LOD1 REF2 REF3 REF4 LOD1 REF5 REF6 REF7 REF8 REF9 REF10
第 2 批 B REF11 REF12 LOD2 REF13 REF14 REF15 LOD2 REF16 REF17 REF18 REF19 REF20
第 3 批 A REF21 REF22 REF23 LOD3 REF24 REF25 REF26 LOD3 REF27 REF28 REF29 REF30
第 4 批 B REF31 REF32 REF33 REF34 REF35 REF36 REF37 REF38 LOD1 REF39 LOD1 REF40
第 5 批 A REF41 REF42 REF43 REF44 REF45 REF46 REF47 REF48 REF47 LOD2 REF50 LOD2
第 6 批 B LOD3 REF51 REF52 REF53 LOD3 REF54 REF55 REF56 REF57 REF58 REF59 REF60
注 ： REF ： 标 准 品 样 本 ； LOD ： 检 测 限 样 本
有 限 变 异 类 型 （ 如 仅 SNV 和 小 片 段 Indel ） 的 检 测 ， 则 可 提 供 与 药 物 同 步 研 发 的 药 物 临 床 试 验 资 料 作
其 临 床 敏 感 性 可 能 不 及 同 时 检 测 大 片 段 Indel 、 为 其 伴 随 诊 断 证 据 。 根 据 伴 随 诊 断 相 关 指 导 原 则 ，
CNV 和 基 因 重 排 等 变 异 （ 具 有 更 高 的 临 床 特 目 前 尚 不 能 为 药 物 有 效 性 的 一 致 性 比 较 提 供 诊 断
［4 ］
异 性 ） 。 证 据 的 产 品 ， 可 选 择 桥 接 试 验 或 药 物 疗 效 观 察 性 研
［7 ］
实 验 设 计 中 需 确 定 分 析 测 试 的 临 床 有 效 性 （ 即 究 数 据 进 行 伴 随 诊 断 的 验 证 。 因 此 ， 基 于 当 前 在
临 床 敏 感 性 和 特 异 性 ） 和 临 床 效 用 ， 并 在 性 能 确 认 医 疗 机 构 实 施 CGP NGS Panel 临 床 性 能 确 认 的 可
过 程 中 进 行 评 估 。 因 此 ， 性 能 确 认 方 案 必 须 包 括 行 性 ， 无 需 包 含 特 定 生 物 标 志 物 的 药 物 有 效 性 以 及
NGS CGP Panel 的 组 成 、 预 期 用 途 、 潜 在 的 临 床 有 效 药 物 阈 值 判 定 。 在 未 来 通 过 CGP NGS Panel 开 展
［10 ］
性 与 临 床 效 用 以 及 参 考 样 本 。 的 药 物 临 床 试 验 与 伴 随 诊 断 研 究 中 ， 可 考 虑 开 展 前
此 外 ， 如 果 CGP NGS Panel 的 临 床 预 期 用 途 是 瞻 性 样 本 收 集 与 临 床 性 能 确 认 。
基 于 基 因 变 异 的 组 合 ， 建 立 肿 瘤 的 诊 断 流 程 ， 或 是 共 识 意 见 7 ： 考 虑 到 可 执 行 性 ， CGP NGS 的 临
具 有 预 测 分 析 算 法 的 多 重 NGS 测 试 ， 则 需 要 在 患 者 床 性 能 确 认 需 要 进 行 药 物 有 效 性 和 阈 值 判 定 时 ， 相
队 列 进 行 全 面 的 临 床 性 能 确 认 ， 性 能 确 认 须 确 保 诊 关 数 据 可 随 临 床 检 测 的 开 展 进 行 前 瞻 性 收 集 。
断 的 准 确 性 。 对 于 此 类 NGS Panel 测 试 ， 应 遵 循 与 四 、 检 测 流 程 更 改 后 的 补 充 性 能 确 认
［4 ］
分 析 性 能 确 认 相 同 的 指 南 和 计 算 方 法 。 CGP NGS Panel 的 性 能 确 认 完 成 后 ， 实 验 室 如
共 识 意 见 6 ： 临 床 性 能 确 认 应 结 合 CGP NGS 修 改 或 改 进 测 试 当 中 的 1 个 或 多 个 组 成 部 分 （ 如 添
的 预 期 用 途 ， 使 用 对 应 癌 种 和 样 本 类 型 中 变 异 信 息 加 额 外 的 基 因 位 点 ， 使 用 新 版 本 的 试 剂 或 分 析 流
已 知 的 回 顾 性 临 床 样 本 ， 开 展 临 床 敏 感 性 和 临 床 特 程 ， 或 使 用 新 型 号 的 测 序 仪 ） ， 必 须 考 虑 可 能 引 入 的
异 性 检 测 。 误 差 。 对 于 潜 在 错 误 可 能 性 很 小 的 变 化 ， 可 以 通 过
（ 四 ） 性 能 确 认 的 药 物 有 效 性 判 定 质 量 控 制 检 测 出 来 。 另 外 ， 有 些 变 化 （ 如 测 序 平 台 ）
在 以 往 的 CGP NGS Panel 临 床 性 能 确 认 过 程 可 能 需 要 执 行 完 整 的 性 能 确 认 。
中 ， 与 药 物 或 临 床 试 验 相 关 的 专 家 建 议 被 临 床 医 师 实 验 室 负 责 人 有 责 任 确 定 方 案 中 任 何 变 更 的
作 为 临 床 评 估 和 解 读 的 重 要 参 考 。 在 全 面 的 临 床 潜 在 错 误 ， 并 提 供 书 面 证 据 ， 证 明 潜 在 错 误 不 太 可
性 能 评 估 中 ， 需 结 合 患 者 的 其 他 临 床 信 息 以 及 补 充 能 发 生 或 容 易 被 检 测 到 。 无 论 改 变 的 大 小 ， 建 议 补
检 测 或 影 像 学 检 测 结 果 综 合 评 估 。 充 性 能 确 认 应 包 括 端 到 端 测 试 已 知 变 异 的 样 本 ， 检
参 考 美 国 FDA 已 批 准 的 泛 癌 种 “Foundation 测 可 能 发 生 的 意 外 错 误 。 当 新 的 基 因 或 基 因 组 区
Medicine CDx Panel ” 的 临 床 性 能 确 认 ， 基 于 伴 随 诊 域 被 添 加 到 现 有 检 测 区 域 时 ， 实 验 室 应 补 充 性 能 确
断 临 床 试 验 检 测 分 析 确 定 的 临 床 有 效 性 ， 与 FDA 认 ， 分 析 大 量 样 本 并 确 定 新 增 的 基 因 区 域 没 有 改 变
已 批 准 该 适 应 证 的 正 交 比 较 分 析 检 测 的 非 劣 效 一 CGP NGS Panel 的 分 析 性 能 ， 并 且 新 添 加 基 因 区 域
［4 ］
致 性 结 果 ， 可 通 过 回 顾 性 或 前 瞻 性 分 析 、 或 临 床 桥 或 位 点 的 性 能 特 征 符 合 预 期 用 途 。
［11 ］
接 试 验 研 究 结 果 等 进 行 临 床 性 能 确 认 。 对 于 经 过 性 能 确 认 的 CGP NGS Panel 检 测 ， 任
考 虑 到 临 床 实 践 过 程 中 ， 药 物 有 效 性 临 床 研 究 何 增 加 或 更 改 都 应 补 充 性 能 确 认 ， 包 括 性 能 确 认 方
的 目 的 在 于 评 价 申 报 产 品 的 伴 随 诊 断 预 期 用 途 ， 如 案 和 结 果 的 总 结 ， 应 在 补 充 性 能 确 认 期 间 ， 评 估 可
与 新 研 发 的 抗 肿 瘤 药 物 同 步 研 发 的 伴 随 诊 断 试 剂 ， 能 导 致 的 潜 在 误 差 来 源 。中 华 肿 瘤 杂 志 2024 年 4 月 第 46 卷 第 4 期 　Chin J Oncol, April 2024, Vol. 46, No. 4 · 281 ·
共 识 意 见 8 ： 已 开 展 过 性 能 确 认 的 CGP NGS DNA 质 量 是 NGS 检 测 的 关 键 部 分 ， 它 不 仅 影
检 测 ， 当 发 生 任 何 组 成 部 分 的 更 改 都 应 进 行 补 充 确 响 检 测 的 敏 感 性 ， 还 影 响 到 检 出 变 异 的 数 量 和 准 确
认 。 补 充 性 能 确 认 应 以 端 到 端 的 完 整 方 式 测 试 多 性 。 实 验 室 必 须 建 立 准 确 的 质 量 控 制 方 法 ， 明 确 定
个 已 知 变 异 样 本 ， 确 保 更 改 不 影 响 CGP NGS 的 临 义 分 析 前 的 样 本 质 量 ， 根 据 分 析 的 敏 感 性 准 确 评 估
床 预 期 用 途 。 所 需 的 DNA 最 小 量 ， 且 建 立 调 整 DNA 起 始 量 的
五 、 性 能 确 认 的 场 地 、 人 员 、 质 控 、 室 间 质 评 与 方 法 。
文 档 管 理 RNA 质 量 对 于 肿 瘤 的 基 因 融 合 检 测 至 关 重
（ 一 ） 性 能 确 认 的 场 地 、 人 员 要 求 与 质 量 控 制 要 ， 使 用 RNA 作 为 起 始 材 料 检 测 基 因 融 合 ， 需 要 使
杂 交 捕 获 法 NGS 建 议 分 区 包 括 样 本 前 处 理 区 、 用 精 确 的 核 酸 定 量 与 定 性 质 控 方 法 。RNA 的 质 控
试 剂 储 存 和 准 备 区 、 样 本 制 备 区 、 打 断 区 （ 如 适 用 ） 、 指 标 应 包 括 完 整 性 、 浓 度 、 核 糖 体 片 段 的 比 例 ， 以 及
电 泳 区 （ 如 适 用 ） 、 文 库 制 备 区 、 杂 交 捕 获 区 、 扩 增 区 是 否 存 在 降 解 物 等 。 可 通 过 使 用 Agilent 2100 生 物
和 测 序 区 。 但 是 ， 根 据 不 同 的 平 台 和 检 测 流 程 ， 分 分 析 仪 检 测 RNA 完 整 值 、 荧 光 定 量 方 法 检 测 RNA
区 设 置 可 有 所 不 同 ， 应 根 据 实 际 情 况 确 定 实 验 室 分 浓 度 以 及 通 过 自 动 化 电 泳 仪 检 测 RNA 的 DV200 指
［3 ］
区 设 置 。 标 对 RNA 质 量 进 行 评 估 。
实 验 室 人 员 应 为 具 备 国 家 要 求 的 相 应 资 质 的 准 确 的 文 库 定 性 和 定 量 是 获 得 可 靠 数 据 的 关
专 业 人 员 ， “ 湿 实 验 ” 团 队 应 具 有 《 临 床 基 因 扩 增 实 键 。 上 样 量 不 足 或 片 段 大 小 不 合 适 的 文 库 会 导 致
验 室 技 术 人 员 培 训 合 格 证 》 ， 并 包 括 病 理 医 师 人 员 。 覆 盖 率 和 读 段 深 度 降 低 。 相 反 ， 过 量 会 导 致 流 动 槽
“ 干 实 验 ” 团 队 要 包 括 熟 练 掌 握 高 通 量 测 序 数 据 分 或 磁 珠 饱 和 ， 产 生 测 序 数 据 问 题 。 必 须 对 文 库 进 行
析 的 人 员 ， 也 要 包 括 熟 悉 肿 瘤 分 子 生 物 学 基 础 ， 了 定 性 检 测 ， 实 验 室 必 须 确 立 标 准 化 方 案 ， 使 片 段 大
解 治 疗 药 物 和 肿 瘤 变 异 研 究 最 新 进 展 的 报 告 解 读 、 小 在 预 期 的 分 子 量 范 围 内 ， 同 时 尽 量 减 少 引 物 二 聚
［3 ］
签 发 人 员 。 体 、 接 头 二 聚 体 和 高 分 子 量 条 带 。 同 时 ， 建 议 进 行
针 对 NGS 临 床 检 测 实 验 室 中 使 用 RNA 作 为 起 文 库 定 量 ， 实 验 室 应 根 据 自 身 需 求 决 定 文 库 定 量 的
始 样 本 ， RNA 的 提 取 与 建 库 需 要 严 格 的 分 区 ， 并 保 检 测 方 法 。
证 无 菌 无 RNase 污 染 ， 防 止 RNA 的 降 解 。 实 验 操 此 外 ， 每 次 测 序 应 包 括 敏 感 性 对 照 ， 以 确 保 能
作 过 程 中 RNA 处 理 每 个 一 步 骤 所 用 的 试 剂 名 称 、 在 LLOD 检 测 到 目 标 变 异 。 当 缺 少 性 能 确 认 数 据
生 产 厂 家 、 批 号 ， 以 及 每 一 步 操 作 后 的 质 量 指 标 （ 如 或 剩 余 误 差 风 险 仍 过 高 时 ， 还 需 要 额 外 的 参 考 样
［12 ］
RNA 的 完 整 性 数 值 等 ） 都 需 明 确 记 录 。 本 。 对 于 靶 向 NGS 检 测 ， 应 在 文 库 制 备 中 加 入 NTC
共 识 意 见 9 ： CGP NGS 在 医 疗 机 构 开 展 ， 实 验 样 本 ， 以 确 保 性 能 确 认 试 剂 没 有 被 污 染 。 必 要 时 应
室 人 员 应 为 具 备 国 家 要 求 的 相 应 的 资 质 的 专 业 人 包 括 敏 感 性 对 照 ， 以 确 保 在 检 测 限 下 限 检 测 到 目 标
员 ， 高 通 量 测 序 实 验 室 场 地 应 注 意 进 行 合 理 分 区 ， 变 异 。
防 止 核 酸 污 染 和 保 障 生 物 安 全 。 能 力 验 证 决 定 了 各 个 实 验 室 进 行 特 定 检 测 或
（ 二 ） 实 验 室 质 量 控 制 与 室 间 质 量 评 价 测 试 的 性 能 ， 并 监 控 实 验 室 的 持 续 检 测 性 能 。 此
在 临 床 诊 断 环 境 中 实 施 NGS 检 测 对 实 验 室 基 外 ， 能 力 验 证 的 一 个 重 要 部 分 是 实 验 室 间 的 横 向 比
础 设 施 建 设 要 求 较 高 。 测 试 和 系 统 的 性 能 确 认 、 质 较 。CGP NGS Panel 检 测 的 室 间 质 量 评 估 包 含 该 测
量 控 制 、 质 量 保 证 和 质 量 管 理 技 术 更 具 挑 战 性 ， 其 试 检 测 到 代 表 性 序 列 变 异 类 型 （ 如 SNV 或 Indel ） 的
复 杂 程 度 因 检 测 平 台 和 检 测 广 泛 性 而 不 同 。 需 针 能 力 。 为 扩 展 CGP NGS Panel 检 测 能 力 验 证 的 方
对 特 定 的 检 测 建 立 质 量 控 制 措 施 ， 且 必 须 应 用 于 每 法 ， 目 前 已 有 基 于 计 算 机 分 析 用 于 体 细 胞 变 异 的 能
［4 ］
次 实 验 ， 相 关 内 容 如 下 。 力 验 证 方 法 。
NGS 的 样 本 要 求 因 疾 病 背 景 、 个 体 采 集 、 组 织 共 识 意 见 10 ： CGP NGS 检 测 在 医 疗 机 构 实 施
处 理 、 处 理 方 案 和 检 测 方 法 而 异 。 在 NGS 分 析 性 能 必 须 针 对 特 定 检 测 建 立 质 量 控 制 措 施 ， 在 实 施 前 明
确 认 期 间 ， 实 验 室 必 须 对 所 有 可 能 的 样 本 类 型 （ 如 确 SOP 并 建 立 实 验 和 测 序 质 量 标 准 ， 质 量 标 准 一
FFPE 样 本 、 血 液 、 胸 水 、 脑 脊 液 、 骨 髓 等 ） 进 行 性 能 旦 建 立 ， 不 得 随 意 改 变 。 同 时 ， 鼓 励 实 验 室 定 期 参
确 认 ， 并 建 立 样 本 接 受 标 准 。 未 经 性 能 确 认 的 样 本 与 适 当 的 能 力 确 认 计 划 ， 如 室 间 质 量 评 估 。
应 被 视 作 不 适 合 进 行 CGP NGS Panel 检 测 。 （ 三 ） 生 物 信 息 学 流 程 的 性 能 确 认· 282 · 中 华 肿 瘤 杂 志 2024 年 4 月 第 46 卷 第 4 期 　Chin J Oncol, April 2024, Vol. 46, No. 4
鉴 于 CGP NGS 检 测 的 基 因 数 量 多 、 变 异 类 型 4. 突 变 注 释 ： 提 供 每 个 突 变 预 测 的 功 能 性 作 用
多 且 范 围 大 ， 遵 循 分 析 物 特 异 的 性 能 确 认 方 法 是 不 以 及 临 床 注 释 解 读 的 形 成 过 程 及 数 据 来 源 依 据 。
切 实 际 的 。 需 开 发 基 于 方 法 学 的 范 例 ， 以 分 析 方 法 共 识 意 见 11 ： CGP NGS 检 测 的 生 物 信 息 学 流
学 而 非 测 试 的 特 定 分 析 物 为 中 心 ， 通 过 基 于 方 法 学 程 性 能 确 认 需 开 发 以 分 析 方 法 学 为 中 心 的 分 析 流
范 例 进 行 生 物 信 息 学 分 析 流 程 的 性 能 确 认 。 程 。 在 生 物 信 息 学 流 程 性 能 确 认 的 过 程 中 需 要 评
遗 传 特 征 明 确 的 细 胞 系 可 作 为 参 考 品 样 本 用 估 数 据 预 处 理 、 数 据 比 对 及 质 控 、 变 异 识 别 和 变 异
于 性 能 确 认 ， 尤 其 是 敏 感 性 和 检 测 限 分 析 。 对 注 释 等 步 骤 的 主 要 标 准 和 参 数 。
DNA 寡 核 苷 酸 或 质 粒 进 行 基 因 工 程 改 造 ， 包 含 已 （ 四 ） 性 能 确 认 的 记 录 文 档
知 比 例 ， 已 知 位 置 和 已 知 基 因 变 异 频 率 的 特 定 变 异 实 验 室 自 研 CGP NGS 检 测 的 性 能 确 认 记 录 文
［4 ］
序 列 来 评 估 生 物 信 息 学 流 程 的 分 析 性 能 。 可 以 档 具 有 重 要 的 作 用 ， 完 整 的 性 能 确 认 记 录 文 档 （ 包
利 用 计 算 机 算 法 处 理 遗 传 特 征 明 确 样 本 的 测 序 文 括 性 能 确 认 的 原 始 数 据 ） 为 实 验 室 人 员 提 供 了 关 键
件 ， 将 变 异 引 入 参 考 序 列 文 件 ， 生 成 的 模 拟 文 件 从 参 考 ， 是 实 验 室 性 能 确 认 的 关 键 证 明 材 料 。 性 能 确
序 列 比 对 、 变 异 检 测 、 注 释 、 变 异 解 读 等 步 骤 进 行 生 认 记 录 文 档 的 摘 录 通 常 也 作 为 SOP 文 件 的 核 心 信
物 信 息 流 程 的 分 析 性 能 确 认 ； 也 可 以 在 任 何 需 要 的 息 ， 实 验 人 员 需 应 严 格 遵 循 SOP 。 性 能 确 认 记 录 文
变 异 位 点 上 对 主 要 变 异 类 型 进 行 人 为 设 计 ， 针 对 变 档 应 包 含 整 个 检 测 流 程 的 SOP 文 件 ， 包 括 样 本 采 集
异 位 点 开 发 数 据 模 拟 算 法 ， 产 生 模 拟 临 床 样 本 复 杂 与 处 理 、 文 库 制 备 、 测 序 、 数 据 分 析 、 性 能 确 认 结 果
［13 ］
度 的 基 因 变 异 混 合 序 列 等 用 于 性 能 评 估 。 报 告 等 。
生 物 信 息 学 流 程 的 性 能 确 认 应 包 括 分 析 中 使 实 验 室 应 确 定 性 能 确 认 方 案 和 标 准 ， 并 详 细 记
用 的 所 有 组 成 部 分 ， 每 个 部 分 必 须 由 具 有 相 应 资 质 录 性 能 确 认 检 测 实 验 的 过 程 。 对 于 基 于 CGP NGS
的 医 学 分 子 生 物 学 专 业 人 员 和 实 验 室 负 责 人 审 查 检 测 的 性 能 确 认 中 每 个 组 成 部 分 ， 应 该 确 定 规 范 并
［13 ］
和 批 准 。 生 物 信 息 学 流 程 的 性 能 确 认 包 括 但 不 记 录 每 个 检 测 组 成 对 于 关 键 因 素 （ 如 覆 盖 度 、 碱 基
限 于 数 据 预 处 理 、 数 据 比 对 及 质 控 、 变 异 识 别 和 变 质 量 等 ） 的 局 限 性 。 确 定 并 记 录 基 因 组 的 检 测 区
异 注 释 等 步 骤 。 根 据 测 序 类 型 和 检 测 报 告 的 变 异 域 ， 包 括 基 因 和 变 异 类 型 ， 如 果 关 键 的 测 序 区 域 不
类 型 选 择 生 物 信 息 学 分 析 流 程 ， 并 考 虑 变 异 识 别 和 符 合 最 低 性 能 要 求 （ 如 最 小 覆 盖 标 准 等 ） ， 则 应 修 改
评 估 流 程 过 程 中 的 限 制 因 素 以 及 第 三 方 生 物 信 息 检 测 并 重 新 验 证 以 达 到 最 低 性 能 要 求 。
［14 ］
学 软 件 对 整 个 流 程 的 影 响 。 对 于 生 信 流 程 中 的 生 物 信 息 学 流 程 的 记 录 文 档 应 包 括 变 异 识 别 、
每 一 步 建 立 合 适 的 质 量 指 标 ， 并 根 据 实 验 室 认 可 的 过 滤 和 注 释 的 所 有 过 程 。 明 确 所 有 使 用 的 软 件 ， 包
规 定 进 行 记 录 。 括 来 源 （ 例 如 内 部 开 发 或 第 三 方 ） 以 及 主 要 修 改 内
1. 数 据 预 处 理 ： 充 分 说 明 生 物 信 息 学 流 程 中 使 容 。 建 议 以 列 表 形 式 描 述 所 有 需 要 的 软 件 和/ 或 数
用 的 软 件 类 型 及 数 据 预 处 理 步 骤 。 数 据 文 件 （ 如 据 库 名 称 、 版 本 及 其 功 能 。 生 物 信 息 学 流 程 的 性 能
FASTQ 格 式 文 件 ） 应 包 含 质 控 参 数 ， 如 每 个 位 点 碱 确 认 必 须 有 完 整 的 记 录 ， 建 立 完 善 的 生 物 信 息 学 分
基 质 量 值 的 控 制 参 数 以 及 序 列 长 度 分 布 等 。 明 确 析 软 件 的 版 本 质 量 控 制 方 案 ， 在 性 能 确 认 的 过 程 中
测 序 碱 基 质 量 值 （ 如 质 量 值 Q 值 得 分 ） 的 阈 值 。 明 建 立 生 物 信 息 学 分 析 的 SOP 及 质 量 控 制 方 案 ， 保 证
确 判 定 实 验 有 效 的 符 合 碱 基 质 量 值 的 最 低 百 分 比 。 测 序 数 据 的 分 析 、 解 读 及 报 告 的 准 确 性 与 严 谨 性 。
2. 数 据 比 对 及 质 控 ： 提 供 BAM 或 其 他 对 比 文 生 物 信 息 学 流 程 应 描 述 清 晰 ， 包 括 每 一 步 骤 使 用 软
［14 ］
件 类 型 ， 每 个 样 本 的 比 对 结 果 计 算 相 应 的 质 控 参 数 件 的 名 称 、 版 本 、 性 能 确 认 的 技 术 参 数 设 置 要 求 。
（ 如 外 显 子 覆 盖 度 、 插 入 片 段 长 度 和 样 本 污 染 情 况 在 CGP NGS 检 测 的 性 能 确 认 的 过 程 中 ， 应 记
等 ） 以 及 判 定 实 验 有 效 的 最 低 接 受 标 准 。 提 供 参 考 录 所 有 性 能 确 认 检 测 的 失 败 情 况 并 分 析 原 因 ， 例
序 列 的 选 择 依 据 ， 如 为 特 殊 序 列 ， 应 提 供 采 用 该 序 如 ， 由 于 未 能 满 足 其 中 1 个 或 多 个 检 测 运 行 质 量 指
列 的 依 据 。 标 ， 不 符 合 质 量 标 准 的 检 测 区 域 ， 不 应 报 告 的 变 异
3. 突 变 分 析 ： 根 据 CGP NGS Panel 检 测 的 基 因 结 果 等 。 性 能 确 认 记 录 文 档 应 包 括 以 下 主 要 内 容 。
和 变 异 类 型 ， 确 认 软 件 工 具 类 型 及 选 择 依 据 。 不 同 1. 性 能 确 认 的 目 的 和 术 语 ： （1 ） 性 能 确 认 的 场
变 异 类 型 需 要 选 择 不 同 的 算 法 ， 并 提 供 相 应 的 质 控 景 ： 实 验 室 场 地 、 人 员 、 资 质 、 时 间 等 ； （2 ） 临 床 预 期
标 准 以 及 判 定 实 验 有 效 的 最 低 接 受 标 准 。 用 途 描 述 ； （3 ） 关 键 术 语 定 义 。中 华 肿 瘤 杂 志 2024 年 4 月 第 46 卷 第 4 期 　Chin J Oncol, April 2024, Vol. 46, No. 4 · 283 ·
叶 庆 （ 中 国 科 学 技 术 大 学 附 属 第 一 医 院 安 徽 省 立 医 院 临 床 病 理 中
2. 性 能 确 认 的 研 究 范 围 ： （1 ） 样 本 类 型 ； （2 ） 涵
心 ） 、 应 建 明 （ 国 家 癌 症 中 心 国 家 肿 瘤 临 床 医 学 研 究 中 心 中 国 医 学
盖 的 变 异 类 型 与 原 因 ； （3 ） 样 本 的 具 体 信 息 。
科 学 院 北 京 协 和 医 学 院 肿 瘤 医 院 病 理 科 ） 、 张 波 （ 北 京 大 学 医 学 部
3. 性 能 确 认 的 完 整 研 究 方 案 。
病 理 学 系 ） 、 张 繁 霜 （ 国 家 癌 症 中 心 国 家 肿 瘤 临 床 医 学 研 究 中 心 中
4. 性 能 确 认 的 结 果 ： （1 ） 实 际 观 测 的 质 控 结 果 ；
国 医 学 科 学 院 北 京 协 和 医 学 院 肿 瘤 医 院 病 理 科 ） 、 周 晓 燕 （ 复 旦 大
（2 ） 实 际 观 测 的 性 能 确 认 结 果 。 学 附 属 肿 瘤 医 院 病 理 科 ）
执 笔 人 张 繁 霜 （ 国 家 癌 症 中 心 国 家 肿 瘤 临 床 医 学 研 究 中 心 中 国
5. 性 能 确 认 结 果 总 结 。
医 学 科 学 院 北 京 协 和 医 学 院 肿 瘤 医 院 病 理 科 ） 、 柏 乾 明 （ 复 旦 大 学
6. 本 次 性 能 确 认 的 设 计 局 限 性 说 明 。
附 属 肿 瘤 医 院 病 理 科 ）
7. 附 录 （ 如 需 要 ） 。
利 益 冲 突 所 有 作 者 声 明 无 利 益 冲 突
共 识 意 见 12 ： CGP NGS 检 测 的 性 能 确 认 记 录
文 档 ， 应 包 含 整 个 检 测 流 程 的 标 准 操 作 规 程 文 件 ，
参 考 文 献
包 括 样 本 采 集 与 处 理 、 文 库 制 备 、 测 序 、 数 据 分 析 、
性 能 确 认 结 果 报 告 等 过 程 描 述 。 实 验 人 员 需 应 严 [1] 国 务 院 . 医 疗 器 械 监 督 管 理 条 例 [EB/OL]. (2021-02-09)
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bioinformatics pipelines: a joint recommendation of the
· 读 者? 作 者? 编 者 ·
关 于 中 华 肿 瘤 杂 志 编 排 规 范 修 订 的 有 关 要 求
根 据 国 家 有 关 行 业 标 准 和 中 华 医 学 会 系 列 杂 志 的 稿 件 文 献 前 注 明 。 示 例 ：
编 辑 加 工 规 范 ， 结 合 本 刊 自 身 情 况 ， 本 刊 对 编 排 规 范 修 订 如 利 益 冲 突 所 有 作 者 声 明 无 利 益 冲 突 （ 或 xx 接 受 过 制 药
下 。 公 司 的 经 费 支 持 ； 其 他 作 者 声 明 无 利 益 冲 突 ）
1. 题 目 ： 25 个 汉 字 以 内 ， 不 设 副 标 题 ， 不 用 缩 略 语 。 数 志 谢 本 研 究 得 到 了 xx 大 学 xx 教 授 对 实 验 操 作 的 指 导 和
字 尽 可 能 使 用 阿 拉 伯 数 字 ， 但 避 免 以 数 字 开 头 。 帮 助
2. 作 者 姓 名 及 作 者 单 位 ： 原 则 上 1 位 作 者 仅 能 标 注 1 个 作 者 贡 献 声 明 王 一 、 王 二 ： 实 验 操 作 、 论 文 撰 写 ； 王 三 、 王
单 位 （ 著 录 个 人 隶 属 的 行 政 机 构 ， 如 果 作 者 隶 属 的 行 政 机 构 四 ： 数 据 整 理 、 统 计 学 分 析 ； 王 五 ： 研 究 指 导 、 论 文 修 改 、 经 费
与 完 成 课 题 选 题 、 研 究 方 案 设 计 、 进 行 研 究 工 作 和 提 供 研 究 支 持
条 件 的 机 构 不 一 致 ， 或 作 者 隶 属 不 同 机 构 时 ， 以 提 供 研 究 条 4. 参 考 文 献 格 式 ： 作 者 姓 名 一 律 姓 在 前 、 名 在 后 ， 英 文
件 和 完 成 研 究 工 作 的 机 构 为 作 者 单 位 ） ， 确 需 标 注 多 个 单 位 姓 氏 完 整 拼 写 ， 名 字 保 留 首 字 母 缩 写 ， 不 加 缩 写 点 。 外 文 文
的 ， 需 在 投 稿 介 绍 信 加 盖 所 有 著 录 单 位 的 公 章 （ 所 有 公 章 盖 献 期 刊 名 称 使 用 缩 写 ， 所 有 文 献 著 录 DOI 号 。 示 例 ：
在 同 一 张 纸 上 ） ， 且 第 一 作 者 单 位 必 须 为 资 料 来 源 单 位 。 [1] Sung H ， Ferlay J ， Siegel RL ， et al. Global cancer
中 文 单 位 名 称 以 公 章 为 准 ， 具 体 到 科 室 。 列 出 城 市 名 statistics 2020 ： GLOBOCAN estimates of incidence
和 邮 政 编 码 ， 无 论 是 否 知 名 ， 均 省 略 省/ 自 治 区 名 。 作 者 名 and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries
后 及 作 者 单 位 前 用 上 角 码 编 号 并 对 应 ， 全 部 作 者 均 属 同 单 ［J ］ . CA Cancer J Clin ， 2021 ， 71 （3 ） ： 209?249. DOI ：
位 同 科 室 时 ， 省 略 上 角 码 。 注 明 通 信 作 者 及 其 Email 地 址 。 10.3322/caac.21660.
英 文 姓 名 首 字 母 大 写 ， 姓 在 前 、 名 在 后 。 示 例 ： [2] 李 辉 章 ， 郑 荣 寿 ， 杜 灵 彬 ， 等 . 中 国 膀 胱 癌 流 行 现 状
1 2 1
张 三 李 四 王 五 六 与 趋 势 分 析 ［J ］ . 中 华 肿 瘤 杂 志 ， 2021 ， 43 （3 ） ： 293?
1
浙 江 省 肿 瘤 医 院 中 国 科 学 院 大 学 附 属 肿 瘤 医 院 放 疗 科 ， 杭 298. DOI ： 10.3760/cma.j.cn112152?20200421?00362.
2
州 310022 ； 北 京 医 院 放 疗 科 ， 北 京 100730 5. 缩 略 语 的 使 用 ： 缩 略 语 在 正 文 中 第 一 次 使 用 或 在 图
通 信 作 者 ： 王 五 六 ， Email ： [e-mail] 表 中 使 用 时 ， 必 须 标 注 中 英 文 全 称 ； 在 摘 要 中 第 一 次 使 用 可
1 2 1
Zhang San ， Li Si ， Wang Wuliu 不 标 注 英 文 全 称 。 摘 要 中 示 例 ： 表 皮 生 长 因 子 受 体
1
Department of Radiation Oncology ， Zhejiang Cancer Hospital/ （EGFR ） ； 正 文 中 示 例 ： 表 皮 生 长 因 子 受 体 （epidermal growth
Cancer Hospital of the University of Chinese Academy of factor receptor ， EGFR ） ； 图 表 下 标 注 示 例 ： 注 ： EGFR ： 表 皮 生
2
Sciences ， Hangzhou 310022 ， China ； Department of Radiation 长 因 子 受 体 。
Oncology ， Beijing Hospital ， Beijing 100730 ， China
Corresponding author ： Wang Wuliu ， Email ： [e-mail] 本 刊 编 辑 部
3. 利 益 冲 突 声 明 和 作 者 贡 献 声 明 ： 要 求 在 正 文 后 、 参 考