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| 共 11 篇文章 |
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高通量数据下载还能这样操作?其中Download family是经过GEO数据库整理和标准化的数据，Supplementary file是原始数据，提供SRA格式的文件（通过ftp下载）和bw压缩格式的文件（通过 http下载， 点击custom可以选择要下载的文件）作业关于GEO/SRA数据库。从NCNI的这个站点（ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/ ）可以看出，sra原始... 阅3 转自微笑如酒 公众公开 18-12-19 22:26 |
一步一步教你做转录组分析（HISAT, StringTie and Ballgown）hisat2 -p 4 -x chrX_data/indexes/chrX_tran -1 chrX_data/samples/ERR$_chrX_1.fastq.gz -2 chrX_data/samples/ERR$_chrX_2.fastq.gz -S ERR$_chrX.sam.stringtie -p 8 -G ./genes/chrX.gtf -o ERR$_chrX.gtf -l ERR$ ERR$_chrX.bam.stringtie -e -B -p 8 -G stringtie_merged.gtf... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 18-11-19 08:36 |
kmer和内存。假设在完全没有测序错误的数据中，read长度是100，测序深度是50X，选取kmer值为21，那么一个只匹配基因组一次的kmer 出现的次数应该是$(100-21+1)*50/100=40$（基因组的每个位置被测了50次，100bp的read有80个21bpkmer）,如果匹配基因组两次的kmer应该出现80次。在实际拼接过程中，会去除一些低频率的kmer，这一操作在删除了大量错... 阅1622 转5 评0 公众公开 18-07-17 17:04 |
答：进行mRNA研究中，首先需要对样本进行总RNA抽提，抽提得到的RNA除含有mRNA外，还含有rRNA和tRNA，为防止这两类RNA对转录组研究的影响，因此我们需要对mRNA进行分离纯化。如今，人们进行转录组分析大多是在第二代测序平台上进行RNA-seq，将样品中的RNA（如总RNA、信使RNA或者非编码RNA等）反转录为cDNA，构建测序文库，再进行测序分析。4 C－... 阅1843 转7 评0 公众公开 18-07-17 17:04 |
RNA-seq理论基础。RNA-seq通过测定稳定状态下的RNA样品的序列来对RNA样品进行研究，从而避免了许多之前研究手段的不足，比如象基因芯片或者 PCR就需要背景知识。RNA editing。无论如何，使用RNA-seq最多的还是比较两组样品基因水平表达差异，另外建议一下做RNA-seq的分析最好使用edgeR的泊松分布模型来做，DEGseq里面用的都是二项分布的模型。D... 阅133 转2 评0 公众公开 18-07-17 16:39 |
RNA-seq方法原理、数据分析、数据库及工具介绍。与以前的方法相比，大规模平行RNA测序方法（massively parallel sequencing of RNA）极大增强了RNA测序技术的处理能力，使我们得以能够对转录组进行测序。RNA测序数据还能够展示非编码转录子的表达模式，这些数据表明lincRNA 的丰度不仅要比蛋白编码RNA的丰度低，同时其表达水平也较低，而且同蛋... 阅10592 转30 评0 公众公开 18-07-17 15:37 |
从RNA-seq reads到差异表达结果。使用RNA-seq数据来估计样品中转录本的绝对数目也是可能的，但是这需要RNA标准品和额外信息，如总细胞数和RNA制备产出率。在任何使用单RNA源的RNA-seq研究中，在一个Illumina GA测序仪的多个lane上进行测序，拟合优度检验表明多数基因在lane之间的分布事实上是Poisson分布的。例如，RNA-seq与基因分型数据结合以... 阅1417 转6 评0 公众公开 18-07-17 15:27 |
数值概念：计算公式：RPKM=(1000000*C)/(N*L/1000) 设C 为比对到 gene A 的 reads数（read count），N为比对到所有 gene 的总 reads 数，L 为 gene A 的碱基数。RPKM法能消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响，计算得到的基因表达量可直接用于比较不同样品间的基因表达差异。核糖体RNA（rRNA）- 蛋白质合成。即:特定组织或细胞在某一... 阅5147 转8 评0 公众公开 18-07-17 15:22 |
RNA-Seq差异表达分析-扩展综述及新工具。RNA-seq流程各阶段软件的最优选择。可以看出不同比对软件对最后的DEG影响不大，造成DEG有较大差异的软件主要是差异表达分析软件。由上图fig.1可以看出不同的差异分析软件得到最终的DEG有较大的差别，所以我们应该非常非常慎重的去选择适合我们的差异表达分析软件。以qRT-PCR为金标准来评判差异分析结果... 阅905 转5 评0 公众公开 18-07-17 15:15 |
常见非编RNA介绍。ncRNA基因数量巨大，除上述几种ncRNA外，转移一信使RNA(transfer—messenger RNA，tmRNA)、小胞浆RNA(small cytoplasmic RNA，seRNA)、信号识别颗粒RNA等也都属于ncRNA，它们在染色体复制，转录调节，RNA加工、修饰，mRNA稳定性和翻译以及蛋白质降解和转运过程中都起了重要的作用。mRNA 的5’端帽子结构是 mRNA 翻译起始的必... 阅759 转8 评0 公众公开 18-07-17 11:49 |
