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| 共 4 篇文章 |
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不同版本坐标转换工具CrossMap.# 在转换前需要先去官网(http://crossmap.sourceforge.net/)下载版本坐标对应文件$ wget http://sourceforge.net/projects/crossmap/files/chain_files/hg19ToGRCh37.over.chain.gz/download -O hg19ToGRCh37.over.chain.gz# 坐标转换$ which CrossMap.py/usr/bin/CrossMap.py$ python CrossMap.py bed hg19ToGRC... 阅313 转1 评0 公众公开 19-09-11 17:22 |
Cytoscape：强大的pathway分析可视化工具。如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文插图瞬间提示一个档次，比如像这样：Step3：使用Cytoscape进行pathway富集分析及可视化。右上角的面板中会显示下图这样的pathway关系图，展示富集出来的显著差异的path... 阅66 转0 评0 公众公开 19-07-23 09:30 |
Python 脚本推荐——将fasta格式转换为Phylip格式。至于fasta格式和phylip格式具体的格式要求，网络上很容易查找得到相关的资料，这里就不过多赘述。其实网上也有很多关于序列文件格式的转换器，但是根据我个人的使用经验，大多数的转换结果都是经典的Phylip格式（序列名称只允许10个字符），而目前支持Phylip格式运算的的软件如PHYML，RAxML早... 阅1276 转17 评0 公众公开 19-07-11 11:05 |
提取对应物种的kegg通路内的gene.#提取KEGG对于物种的gene.hsa_kegg <- clusterProfiler::download_KEGG("hsa")names(hsa_kegg)str(hsa_kegg)PATH2ID <- hsa_kegg$KEGGPATHID2EXTID.PATH2NAME <- hsa_kegg$KEGGPATHID2NAME.PATH_ID_NAME <- merge(PATH2ID, PATH2NAME, by="from")head(PATH_ID_NAME)res=queryM... 阅390 转5 评0 公众公开 19-05-30 16:18 |
