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| 共 21 篇文章 |
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多重假设检验与Bonferroni校正、BH校正总结起来就三句话：（1）当同一个数据集有n次（n>=2）假设检验时，要做多重假设检验校正（2）对于Bonferroni校正，是将p-value的cutoff除以n做校正，这样差异基因筛选的p-valuecutoff就更小了，从而使得结果更加严谨（3）BH校正是对每个p-value做校正，转换为q-value。 阅4492 转10 评0 公众公开 17-03-03 14:23 |
Solexa与Hiseq测序技术中常见术语名词解释。第二代测序技术中Solexa以及它的升级版Hiseq，目前使用最多。Index：标签，在Solexa多重测序（Multiplexed Sequencing）过程中会使用Index来区分样品，并在常规测序完成后，针对Index部分额外进行7个循环的测序，通过Index的识别，可以在1条Lane中区分12种不同的样品。Fastq：Fastq是Solexa测序技术... 阅223 转3 评0 公众公开 17-03-02 09:47 |
x2检验（chi.这里可将两种疗法合计有效率作为理论上的有效率，即53/87=60.9%，以此为依据便可推算出四格表中相应的四格的理论数。按x2检验的自由度v=（行数-1）（列数-1），则该题的自由度v=（2-1）（2-1）=1，查x2界值表（附表20-1），找到x20.001（1）=6.63，而本题x2=10.01即x2＞x20.001（1），P＜0.01，差异有高度统计学意义，按α=0.05水... 阅280 转0 评0 公众公开 17-03-01 14:25 |
Here’s an example. If the TPM for gene A in Sample 1 is 3.33 and the TPM in sample B is 3.33, then I know that the exactsame proportion of total reads mapped to gene A in both samples. This isbecause the sum of the TPMs in both samples always add up to the same number(so the denominator required to calculate the prop... 阅135 转0 评0 公众公开 17-02-27 11:42 |
Here’s an example. If the TPM for gene A in Sample 1 is 3.33 and the TPM in sample B is 3.33, then I know that the exactsame proportion of total reads mapped to gene A in both samples. This isbecause the sum of the TPMs in both samples always add up to the same number(so the denominator required to calculate the prop... 阅137 转1 评0 公众公开 17-02-27 11:37 |
标题: RPKM简介摘要: [RPKM简介]RNA-seq是透过次世代定序的技术来侦测基因表现量的方法，在衡量基因表现量时，若是单纯以map到的read数来计算基因的表现量，在统计上是一件相当不合理事，因为在随机抽样的情况下，序列较长的基因被抽到的机率本来就会比序列短的基因较高，如此一来，序列长的基因永远会被认为表现量较高，而错估基因真正的表现... 阅171 转1 评0 公众公开 17-02-27 10:54 |
Affymetrix芯片质量评估 在拿到（数据库下载或者自己实验得到）的芯片，最好先对芯片的质量做出评估，从而将有问题的芯片剔除。芯片质量控制：1. 对于“探针数据（probe-data level）”的三种图，使用"affy"packageboxplot()：未处理的原始探针密度（以2为底取对数）的盒箱图。如果出现一个或者几个芯片的slope过高，则暗示这... 阅1180 转15 评0 公众公开 17-02-27 10:40 |
三、以样品GSM362947_LTT.CEL和GSM362948_LTT.CEL为例：rawData<-ReadAffy("GSM362947_LTT.CEL","GSM362948_LTT.CEL")AFFX-HSAC07/X00351_3_at AFFX-HSAC07/X00351_5_at.AFFX-HSAC07/X00351_M_at AFFX-HUMGAPDH/M33197_3_at.actin3/actin5的值等于AFFX-HSAC07/X00351_3_at的表达值减去AFFX-HSAC07/X00351_5_at的表达值... 阅38 转0 评0 公众公开 17-02-27 10:35 |
【转录组建库】转录组（RNA.以前一直混混沌沌，知道RNA-seq建库测序大概是打断、加接头、PCR、测序这么些步骤，至于具体每步如何操作，最终怎么测得的PEReads；RNA建库步骤1：此时产物为：??DNA/RNA在这里是一样的。RNA建库步骤2：从PE测序来看，Read1跟Reads2并非是直接测模板的两端，而是其中一条Reads测的是模板的某一段的互补或反向互补序... 阅242 转1 评0 公众公开 17-02-27 09:43 |
在生物细胞体内普遍存在的是26s蛋白酶体，它的组成分为两部分，一部分是20s蛋白酶体，是核心的成分，另一部分是两个19s蛋白酶体，起调节作用。总的来说，靶蛋白是在泛素激活酶E1、泛素结合酶E2、泛素连接酶E3的依次作用下共价连接上几个泛素分子，最后被26s蛋白酶体特异性地识别并降解成小肽，泛素在去泛素连接酶的作用下进行回收利用，这些小... 阅24021 转122 评0 公众公开 17-02-24 14:50 |
