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Cytohubba是Cytoscape软件用于识别hub节点的插件，它提供12种分析算法来计算蛋白质互作网络图中的hub基因，包括度数、边缘渗透分量 (EPC)、最大邻域分量 (MNC)、最大邻域分量的密度 (DMNC)、最大集团中心性 (MCC) ) 和基于最短路径的中心性，Bottleneck（BN）、EcCentricity、Closeness、Radality、Betweenness 和 Stress。4.你保存后的hub网络... 阅1212 转7 评0 公众公开 21-07-23 17:00 |
你还在用GEO2R进行差异表达分析。作为一个工具人，于是就有了easyGEO（https://easygeo.cn），正如其名，就是为了使用GEO更容易一些。由于我们需要对正常样本与乳腺癌样本进行差异表达分析，还需要有正常样本，这里选择数据GSE52568(https://easygeo.cn/#/series/GSE42568)进行差异表达分析。关于分组工具的使用方法见如何使用easyGEO分组工具... 阅137 转2 评0 公众公开 21-07-15 08:28 |
■ 异常代谢和生化过程导致的急性和慢性细胞应激可能触发普遍的非凋亡形式的细胞死亡，即铁死亡，最早于2012年被Scott J Dixon提出，一种铁依赖的，区别于细胞凋亡、细胞坏死和细胞自噬的新的细胞程序性死亡模式，但有关如今描述的具有铁死亡特征的细胞死亡的报道可以追溯到上世纪50年代。细胞中的铁储存在铁蛋白中，其蛋白量特别是重链的表达... 阅237 转1 评0 公众公开 21-07-13 23:05 |
老谈信号通路系列：mTOR信号通路&自噬一、自噬过程： 根据胞内底物运送到溶酶体的方式不同，哺乳动物细胞自噬可分为三种主要方式：巨自噬(Macroautophagy)，微自噬(Microautophagy)和分子伴侣介导的自噬(Chaperone-mediatedautophagy)。而mTOR的抑制信号，导致Atg13去磷酸化，形成ULK1(Atg1)-Atg13-FIP200复合物。当然，如果发现靶分子... 阅3 转自柳叶刀star 公众公开 18-05-22 21:34 |
假设检验：p-value, FDR, q-value.一、假设检验基础：p-value相关 0. 单个假设检验中主要依靠p值(或统计量t)做出是否拒绝零假设H0的决定：p-value和预先设定的检验水准alpha做对比，如果p-value小于等于alpha，拒绝原假设，否则不拒绝原假设。3. 给定FDR的控制水平alpha，多重假设检验次数M，通过求得拒绝H0的次数N，可得出多重检验M次中，有多... 阅3 转自悦隶广 公众公开 18-01-17 22:08 |
Hi-C文库数据质控及解读。图3.BL-HiC实验原理图。如果两侧数据都能比对到基因组的数据会被统一认为是Unique mapped reads，此时对于动物基因组，unique mapped reads 占测序量（clean reads）50%以上应是可接受的范围。因此在分析过程中会将部分无效的数据进行过滤，首先是如果两个片段原本通过一个酶切位点连接在一起，在HiC文库中如果该片段... 阅3980 转34 评0 公众公开 17-12-13 15:05 |
常用的模式生物数据库汇总。模式生物在科研中的重要地位不必多说，今天给大家汇总了一下常用的模式生物数据库。MGI，Mouse Genome Informatics，http://www.informatics.jax.org/RGD，Rat Genome Databasehttp，http://rgd.mcw.edu/wg/home.SGD，Saccharomyces Genome Database，https://www.yeastgenome.org/Xenbase，http://www.xenbase.org/... 阅201 转2 评0 公众公开 17-12-11 08:33 |
Endnote的使用方法（史上最详细）今天给大家推送“文献检索与管理”软件endnote的方法，这是我见过写的最详细的一个了，该方法步骤可点击最下方“阅读全文”进行下载。您横枪跃马攻关课题，没时间查新文献，我替您查。您朝九晚九（或更惨），没空读新文献，我替您读。2017，读文献更轻松一点，植物科学我们更专注。 阅74204 转180 评0 公众公开 17-12-11 08:33 |
柱状图的坐标轴如何“中断”？如何做出这种柱状图呢？单击选中柱子，右键，选Plot Details，在Space选项卡更改柱子之间的空隙和柱子宽度（如下图）。得到无“Break”的柱状图如下，很明显，sweet11和sweet15的数据显示效果不好，柱子太矮了。给Y轴加“break“，点击Y轴，右键选择Scale,弹出的窗口，在Break选项卡，在Show Break前打勾，更改合... 阅447 转4 评0 公众公开 17-08-05 13:19 |
