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Cytoscape：庞大的相互作用网络出图神器 Cytoscape：庞大的相互作用网络出图神器 原创 2017-03-05 医生科研助手 解螺旋 解螺旋。圈圈在软件中叫Node（节点），有source node（源节点）和target node（靶节点）的区别；所以，数据表要有一列源节点，一列靶节点，于是它们的关系（Edge）就自动确立了，其他的都是Node或Edge的属性。导入... 阅3 转自微笑如酒 公众公开 18-07-13 10:22 |
(3) 下面讲一下包中的其他函数# 一个展示颜色的函数colour_plot(c(''''''''''''''''#14B294'''''''''''''''', ''''''''''''''''coral... 阅4 转自九斗酒 公众公开 18-06-22 09:44 |
Rstudio不报warnings.Rstudio运行过程中经常会出现各种warning信息，虽然不影响程序，但是鲜红的warning带来的视觉效果非常让人不爽。总结一下常用的不报warning信息的方法如下：warn=负数，忽略所有warning信息；warn=0(默认)，函数结束后显示warning信息.如果warnings10则只会显示warning的个数；warn=1,出现warning会立即显示； 阅1667 转1 评0 公众公开 18-06-19 22:10 |
【R包】2018年数据科学前20名R包。因此，在我们安排比较这些编程语言如何相互关联时，我们根据自己的经验为数据科学家和工程师准备了一些最有用的R库。虽然有很多通用的软件包，但我们希望将重点放在那些能够提供足够数据操作，可视化，竞争性研究和机器学习功能的软件包上。因此，我们准备了数据科学前20个R包的信息图，其中涵盖了库的主要功... 阅81 转1 评0 公众公开 18-06-17 22:38 |
没办法，小编要先去找到GSE39582中给的批次信息，我们知道对于样本的注释，一般会在每个样本的具体信息界面或者在GSE*_series_matrix.txt文件中（有时候这两个途径中存储的信息不完全一样），当然对于查看批次信息，只能通过GSE*_series_matrix.txt，因为所有样本的信息都集中在一起，下载打开：gpca = gPCA.batchdetect(x = t(ExpData), batch... 阅75 转2 评0 公众公开 18-06-17 22:35 |
R for Data Science（八）join家族函数数据分析仅涉及单个数据表很少见。例如：x y x %>% inner_join(y, by = ''''''''key'''''''')##一定不要忘记by参数##等价于 inner_join(x,y, by = ''''''''key'''''''... 阅42 转0 评0 公众公开 18-06-17 22:28 |
水稻微生物组时间序列分析2a-相关分析写在前面。筛选后的实验设计样本与OTU表交叉筛选# sub and reorder subdesign and otu_tableidx = rownames(sub_design) %in% colnames(otu_table)sub_design = sub_design[idx,]count = otu_table[, rownames(sub_design)] 阅73 转0 评0 公众公开 18-06-14 12:17 |
零偏差和残差偏差之间的差异显示了我们的模型如何对付零模型（仅包含截距的模型）。is.na(data$Embarked),]rownames(data) train data[1:800,]test data[801:889,]model summary(model)anova(model, test=''''''''Chisq'''''''')library(pscl)pR2(model)fitted.results fitte... 阅168 转3 评0 公众公开 18-06-12 14:08 |
利用Qiime生成OUT-table，所使用的命令：make_otu_table.py -i non_chimeric_seqs_otus.txt -t rep_set_tax_assignments.txt -o otu_table.biom ；然后将信息转化为TXT格式：biom summarize-table -i otu_table.biom -o otu_table.txt 。再将OUT-table转化为带有分类信息的文件，生成带有OTU分类信息的txt文件，所使用命令： biom convert -i o... 阅998 转8 评0 公众公开 18-06-11 23:48 |
microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram.这种数据经常会产生一个表格，如下download.file(''''''''https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/raw/tip/demos/biobakery_demos/data/metaphlan2/output/SRS014459-Stool_profile.txt'''''''', ''''''... 阅375 转3 评0 公众公开 18-06-10 00:55 |
