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| 共 14 篇文章 |
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且听小编细细道来:假基因，也称伪基因，是基因进化过程中的不具有编码功能的残留物。它与正常基因非常相似，但不具有正常基因的功能。因此，作者首先评估了假基因RP11-564D11.3和前十个枢纽基因在肝癌、肺癌和肾细胞癌中的相关性。发现在肝癌中，10个枢纽基因中的6个枢纽基因和假基因RP11-564D11.3都具有显著正相关，肺癌中只有3个，而肾细胞癌... 阅155 转4 评0 公众公开 20-04-12 15:10 |
ER单阳性乳腺癌预后不良。· 其次比较了单阳性乳腺癌与ER/PR阳性乳腺癌及TNBC的生存率，为了说明ER单阳性乳腺癌的预后更差， 值得一提的是，作者使用了OS与BCSS两个生存时间，Breast Cancer-Specific Survival指的是从诊断到死亡的时间。· 作者还做了单因素与多因素Cox分析，结果仍然显示ER单阳性较ER/PR双阳性HR高。作者自身的前瞻性... 阅285 转2 评0 公众公开 19-01-17 18:30 |
数据均来源于GEO：GSE47460，GSE72967，GSE93606，GSE53845和GSE110147。基于加权基因共表达网络分析（WGCNA），使用差异表达的基因来确定两个IPF组之间的共表达基因及模块，最终共识别出16个模块，并根据个基因的Fold Change值来确定模块的上调或下调，最终获得6个在IPF中上调的模块和10个在IPF中下调的模块。 阅169 转0 评0 公众公开 19-01-09 18:52 |
预后标记——来历不简单哦。DNA甲基化早已已被证实与癌症预后相关，DNA甲基化是啥？为了评估这些预后标记，对所选基因分别计算三种癌症训练数据集和测试数据集中的肿瘤样本的风险评分，为了方便比较，还应用Cox回归来挑选那些DNA甲基化水平与肿瘤样本预后最相关的位点作为对照标记，结果如下。由于所选的预后基因是从DNA甲基化相互作用网络中的... 阅390 转1 评0 公众公开 18-12-26 18:16 |
CeRNA才是人生赢家，一篇著名的赤果果的文(tao)献(lu)ceRNA是个啥？它并不是一个新的物种，如果说lncRNA性别为男，miRNA性别为女，ceRNA并不是太监，这时候ceRNA讲的是花前月下的男女朋友（还是出轨呀），当然啦，有些lncRNA很有可能是单身狗。咱们老规矩，看图说话，首先就是差异分析的结果，包括mRNA, miRNA, lncRNA三次，作者做了个热图意思... 阅244 转8 评0 公众公开 18-12-19 16:55 |
GEO数据挖掘-第六期-RNA-seq数据也照挖不误。当然不是这样，现在就给大家秀一秀RNA-seq数据的挖掘。数据量不小，按照我在生信技能树的教程，首先应该是学习了解GEO和SRA数据库： 阅231 转2 评0 公众公开 18-11-27 11:21 |
下载乳腺癌的芯片表达数据进行差异分析下载乳腺癌的芯片表达数据进行差异分析。choose_gene = c( rownames( nrDEG_Z )[1:100], rownames( nrDEG_F )[1:100] )nrDEG$change = as.factor( ifelse( nrDEG$P.Value logFC_cutoff,gene_down = nrDEG[ nrDEG$change == ''''''''DOWN''''''&... 阅600 转10 评0 公众公开 18-11-27 11:20 |
首先用第一个数据集GSE37892做了差异分析（分组是early stage Vs. advanced stage），找到几百个差异lncRNA,然后分层聚类分析下，明显分层两类，虽然有点点小瑕疵，效果还算不错。列下这8个lncRNA的大概信息，然后用这8个lncRNA来聚类看下：作者找了跟这8个lncRNA表达相关的mRNA做富集，认为这些是与8个lncRNA相关的研究通路，然后就没有然后了... 阅78 转0 评0 公众公开 18-11-26 14:31 |
基因表达与甲基化表达谱纯生信分析4分文章，你也可以。接下来作者提供一个流程图讲解是如何筛选到DCTD这个基因的，注意到了吧，Cancer Vs. Normal小伙伴们out啦，这里用的是CGGA数据库中，生存时间小于1年与大于3年分组比较获得：低甲基化，高表达的基因，并且做生存分析，再用CGGA数据库中剩下的生存时间1-3年之间的生存分析，再用TCGA验证下... 阅660 转1 评0 公众公开 18-11-26 14:31 |
然后基于其自噬相关基因比较浆液性卵巢癌组织与正常卵巢组织的主成分分析显示两种显著不同的分布模式，正常卵巢样本分布在左侧，而浆液性卵巢癌样本分布在右侧，表明正常卵巢和浆液性卵巢癌中自噬的调节作用明显不同（图2）。在回顾了浆液性卵巢癌中发现的与自噬相关的独特基因表达模式与正常卵巢中发现的模式相比较后，作者研究了自噬可能在浆... 阅239 转4 评0 公众公开 18-11-23 17:49 |
