| 共 18 篇文章 |
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很长一段时间以来，人们对DNA去甲基化的认识还是停留在被动去甲基化（passive demethylation）途径：即在DNA合成的过程中，新合成的那条链是无甲基化修饰的，如果DNMT1不能很好的依照旧DNA链的甲基化模板，维持新链DNA甲基化修饰的话，那么新合成的DNA则失去了甲基化修饰。对于DNA的主动去甲基化的了解，直到2009年DNA的去甲基化酶--DNA双加氧... 阅1 转自生物_医药... 公众公开 22-01-28 17:20 |
《Cell Stem Cell》先定他一个小目标，比如克服表观遗传障碍。首先，组蛋白H3赖氨酸 9三甲基化（histone H3 lysine 9 trimethylation）表观遗传因子被认为是重编程SCNT胚胎正确发育的一个重要障碍，通过注射一种被称为Kdm4d的去甲基化因子移除这种因子，可以提高克隆胚胎成功植入速率。进一步研究表明，尽管受精胚胎和SCNT胚胎的表观遗传标记总... 阅1 转自本报hrpb6... 公众公开 22-01-27 11:04 |
flox小鼠详细介绍。条件性基因敲除是通过染色体位点特异性重组酶系统Cre-LoxP或FLP-FRT来实现的。基因敲除把两个LoxP位点放到目的基因一个或几个重要的外显子两端，制备出Flox小鼠，该目的基因表达不受LoxP插入的影响，而当该Flox小鼠与组织特异性表达Cre酶的小鼠进行杂交后，Cre酶的组织特异性表达可以促进目的基因两侧的LoxP位点发生重组，目... 阅1 转自科研小助手 公众公开 22-01-10 10:42 |
小鼠模型的构建1.基因打靶小鼠2.条件敲除小鼠条件性基因敲除小鼠是通过基因打靶，把两个loxP 位点放到目的基因一个或几个重要的外显子的两边。这段LoxP序列是Cre重组酶识别的位点。如果将Cre重组酶cDNA通过基因工程的手段置于组织或细胞特异性启动子之下，可以得到Cre组织/细胞特异性表达的Cre小鼠，也叫Cre工具小鼠。这种小鼠跟Cre工具小鼠交... 阅1 转自公彦栋 公众公开 22-01-10 10:42 |
基因印记（Genomic imprinting）通常情况下，人类这种二倍体基因组的两份等位基因都可以表达，但少数（小于1%）基因由于受到基因印记影响，其中一份基因失去作用。上半部分是没有发生印记的基因，父亲（♂）和母亲（♀）的基因都可以按照DNA的一条链为模板，按照碱基互补配对原则，转录出mRNA。上图中蓝色的竖线代表来自精子的父方染色体，红色... 阅1 转自醉意流年h... 公众公开 22-01-02 16:12 |
for id in {73..80} do ascp -QT -l 300m -P33001 -i $dsa \ era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR123/0$id/SRR123031$id/SRR123031$id$x.fastq.gz . ascp -QT -l 300m -P33001 -i $dsa \ era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR123/0$id/SRR123031$id/SRR123031$id$y.fastq.gz . done. 阅1 转自健明 公众公开 21-12-21 16:42 |
这样解释概念，大家一定很清楚，进一步将ChIP核心步骤串起来理解也很容易：就是用特异性抗体（ChIP级抗体，不建议使用WB抗体）和染色质中组蛋白结合，进而将染色质沉淀下来（磁珠吸附或琼脂糖珠离心，建议使用磁珠），然后将染色质中DNA纯化出来（过柱纯化或酚氯仿抽提，建议过柱纯化）并进行检测（PCR或测序）。ChIP实验中需要选择ChIP级别抗... 阅1 转自迷途中小... 公众公开 21-12-21 15:07 |
告别ChIP-Seq的折磨：CUT&Tag技术详解。与以往的ChIP-Seq、pA-MNase等方法相比，CUT&Tag技术方法简便易行，信噪比高，重复性好，需要的细胞数量少至60个细胞，且有望将ChIP-Seq做到单细胞水平，再一次展现了创新技术方法的潜力。CUT&Tag与ChIP-Seq流程比较：（见文献）图3. 左图：CUT&Tag、CUT&RUN、ChIP-Seq三种方法分析H... 阅1 转自周婷111 公众公开 21-11-05 19:04 |
1分钟看懂差异表达基因结果想研究某现象的分子机制，老板豪气的来一句，先测个转录组吧，看下差异表达基因。2差异基因数据解读经过合适的差异基因方法筛选出的差异基因，结果一般分为两部分，数据+图形。火山图可反映总体基因的表达情况，横坐标代表log2（Fold Change）,纵坐标表示-log10（P值），每个点代表一个基因，颜色用以区分基因是否差... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 21-10-27 20:48 |
图9. ATAC-seq与Fluidigm C1单细胞平台整合的实验流程[14]作者首先对254个类淋巴母细胞进行了单细胞ATAC测序，将这些单细胞数据合并分析后得到的结果与群体细胞DNase-seq或ATAC-seq获得的染色质可及性图谱具有很高的相关性，单细胞水平的数据再现了一些群体细胞ATAC-seq数据反映出的染色质特征。图15. scATAC-seq与bulk ATAC-seq的一致性及细胞... 阅1 转自生物_医药... 公众公开 21-10-27 12:27 |
