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老司机带你解锁DAVID数据库的多基因富集分析。左边是主要的功能菜单栏,主要有四个工具:基因功能注释(Functional Annotation)基因功能分类(Gene Functional Classification)基因ID转换(Gene ID Conversion)基因ID对应基因名称(Gene Name Batch Viewer)这其中最为常用的工具是功能注释和gene ID 转换。退回到主页面,点击基因ID转换,g...
预测与可视化转录因子结合位点的在线工具转录因子预测与结合位点目前也是主要的机制研究类的着力点。转录因子,教材称之为反式作用因子。接下来,这篇文章就介绍一个免费的在线预测转录因子结合位点的工具ConTra V3 (http://bioit2.irc.ugent.be/contra/v3/#/step/1)。可视化可以让研究者识别特定的转录因子识别位点与指定基因的关联。除此之...
解锁这个论文写作网站,3分钟完成一篇 SCI!写一篇SCI论文几乎都经了无数次修改摧残。英文写作利器功能强大到不敢相信!英文论文写作利器-ProWritingAid。集各种优点于一身的实用工具,让大家不再头疼英文论文写作,大大降低英文写作中低级错误发生的可能性,最重要的是,让你的论文水准UP UP UP!累赘的单词或句子修改建议;例子一:点击“All...
你所不知道的Cytoscape.同样的基因,ClueGO这里显示的是显著富集的term,不同颜色表示term的聚类,比如说两个term关系比较近,就标注成同一颜色;与BiNGO相比,ClueGO不显示term之间的直接上下游关系,不过ClueGO可以可视化所有的所有的基因,比如像这样。。。和我们之前介绍的k-core算法从结果来看有点像如何愉快地利用网络分析筛选关键基因,...
http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn.OmicShare GO富集分析工具。http://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html.OmicShare KEGG富集分析工具。http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html.OmicShare 趋势分析工具。http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend.http://www.omicshare.com/tools/Hom...
(工具篇)S5E47:圣器之——基因功能分析在前面的几期中,我们介绍了各种强大的神器,今天我们介绍的这个软件用神器已经不够形容其逆天的功能了,因为有了它,所谓的生信分析是如此的简单!网站:http://www.funrich.org/软件主要完成基因功能注释:下面我们举个例子,先下载软件:http://funrich.org/FunRich2.1.2.zip.这里导入的数据一般是...
生物医学大数据解读和分析——构建miRNA-mRNA网络(番外篇) 生物医学大数据解读和分析——构建miRNA-mRNA网络(番外篇) 原创 2016-09-07 freescience 弗雷赛斯 弗雷赛斯。一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,mi...
Funrich数据库选项目前支持的丰富分析:生物过程、细胞成分、分子函数、蛋白质结构域、表达位点(正常组织、癌组织、细胞类型和细胞系)、生物途径、转录因子、临床概要表型术语。除了这些分析,FunRich还能做相互作用分析,在侧边栏我们可以看到这些基因主要通路,右键还可以看某一通路的基因和位置。如果你要分析miRNA的功能富集分析,首先点击...
用户提交蛋白质序列或比对序列,服务器返回一个多序列比对结果、PROSITE序列基序、低复杂性区域SEG、核定位信号、非常规结构区(NORS)和二级结构预测、溶剂可接触性、球状区域、跨膜螺旋、复合螺旋区域,结构开关区域、二硫键、亚细胞定位和功能注释等信息。最新版本中采用了改进的算法,以腺苷酸之后的6 nt 序列作为种子序列进行扫描,并且要求...
BioGPS数据库:实打实的基因信息“定位器”在此,小鱼给大家分享另一个简便快捷查询的基因信息数据库BioGPS,可为大家研究功能基因提供科研灵感。举个栗子,查询基因“PTEN”的详细信息,则可在搜索栏输入基因名称:PTEN,点击Search按钮。(3)基因PTEN的详细信息(如简称、全称以及不同数据的识别号Accessions)、染色体定位(Genome Locatio...
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