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如何使用GEO数据库ChIP-Seq数据和UCSC genome browser数据库设计ChIP引物？高通量测序数据提交到GEO数据库之后会分配一个GSE编号，在撰写科研论文过程中需要在文章中描述测序数据的GEO数据库编号。我们也可以在NCBI Pubmed数据库中查询对应的文章，然后点击网页右侧GEO数据库的链接，跳转到GEO数据库中对应的数据。我们在接下来使用UCSC genome... 阅2 转自xx科研专用 公众公开 19-06-05 11:48 |
大分子的标签，还有GFP蛋白，GFP基本上也是用于检测蛋白表达的，融合GFP后，可以通过GFP的荧光显示蛋白表达情况。SUMO标签也是一种大分子标签，SUMO标签可以作为重组蛋白表达的融合标签和分子伴侣，不但可以进一步提高融合蛋白的表达量，且具有抗蛋白酶水解以及促进靶蛋白正确折叠，提高重组蛋白可溶性等功能。首先如果把蛋白标签放到N端，对于... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 18-07-01 13:02 |
如何用ImageJ测量图片不规则区域面积？最近，生信交流群（群号：659344871）有童鞋问怎么计算叶片的病斑面积，在之前的《如何用ImageJ进行细胞计数？ImageJ 当然也可用来分析如叶片面积，划痕实验的划痕面积等不规则区域的面积，方法其实和计数的方法几乎一样。下面，我们就看一下如何测量叶片病斑的面积。如果病斑与叶片的颜色区分度不大，可... 阅660 转10 评0 公众公开 18-06-04 18:56 |
教你玩转miRNA靶基因及其结合位点的预测。研究miRNA的老师们都清楚miRNA靶基因预测的重要性，之前的文章《研究miRNA，这些数据库你必须得知道！TargetScan（targetscan.org）由麻省理工学院的Benjamin Lewis等人在2003年开发，它通过搜索与每个miRNA的种子区匹配的保守位点而预测miRNA的靶基因。在该页面我们不仅可以看到预测的hsa-miR-21-5p与... 阅1 转自闲书5mg7d... 公众公开 18-04-28 11:42 |
还在手动排版Word？今天就给大家推荐一款Word排版工具——Word自动排版大师。打开Word文档以及排版大师之后，它会自动锁定Word文档。我们看到从EXCEL里复制过来的表格，超出了Word的纸张限制，怎么拖都拖不回来。我们用手动模式，选按内容调整，就能很容易的把表格调整过来。表格2和表格3当中则可以调整行距、设置表格边框以及表格填充，具体效... 阅101 转5 评0 公众公开 18-04-16 14:31 |
比DAVID强一万倍的基因注释工具，附详细教程。从数据库种类来说，Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源，使其不仅能完成通路富集和生物过程注释，还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析，致力于为科研工作者提供每个基因全面而详细的信息。Metascape对多个不同gene list提供两种分析模式，第一种可以将... 阅145 转13 评0 公众公开 18-04-16 13:23 |
我就是用这神器随便挖一个TCGA.这个神器是用来挖掘芯片和二代测序数据的，不用太在意啦，就只是可以随便挖一个GEO和TCGA的数据，不是必考题。当然我比较感兴趣的是TCGA，因为另一栏里的GEO数据我都挖好久了，所以还是看看TCGA，这里也只有二十多个测序数据可以挖吧。所以这篇TCGA的数据，我就挖得很随意。除了分析TCGA，还能分析GEO，甚至是你... 阅88 转1 评0 公众公开 18-04-10 10:22 |
分享4个基因分析的网址。1、GeneAnalysis（https://ga.genecards.org/#input）：这个在线工具只能分析人的基因和老鼠的基因。3、Genes Likes me(https://glm.genecards.org/#input):，如果我有一个基因，我想知道和基因相似的其他基因有哪些，那么这个软件就可以帮我们做到。4、VarElect（https://ve.genecards.org/#input）如果我有一些基因，... 阅462 转6 评0 公众公开 18-03-29 17:37 |
分子生物学软件大测评：清新脱俗美少女和妖艳贱货。首先是Invitrogen的Vector NTI，说实话Vector NTI是一款很强大的软件，分子生物学研究的话，用这个其实是个不错的选择。总的来说，Vector NTI，不是很人性化，功能虽然多（包括序列比对，BLAST，引物设计，片段拼接等等功能），但是你要认认真真学好了说明书才能真正上手，否则就基本是一脸懵... 阅76 转1 评0 公众公开 18-03-29 17:22 |
TCGA中miRNA神器的骚操作John Bee文献无限好，Low Bee文献快乐多。嗯，是TCGA中miRNA的表达数据，没错。就是研究肿瘤中miRNA和miRNA相关的信号通路的。好吧，其实这个神器还有别的功能，就是分析miRNA的信号通路：就随便浏览一下关于miR-21-5p在乳腺癌中的信号通路，当然分析的数据也都是基于TCGA的，然后就得到：这就是跟miR-21-5p相关的信号... 阅484 转15 评1 公众公开 18-03-29 17:21 |
