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| 共 13 篇文章 |
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差异基因的筛选方法有很多，最简单的是阈值法，用倍数分析基因表达水平差异，即计算基因在两个条件下表达水平的比值，确定比值的阈值，将绝对值大于此阈值的基因判断为差异基因。T-test 检验是差异基因表达检测中常用的统计方法，通过合并样本间可变的数据，来评价差异表达，用于判断某一基因在两个样本中是否有差异表达。答：在GCBI进行差异筛... 阅4846 转38 评0 公众公开 17-09-19 01:27 |
一文掌握GO和pathway分析上次1分钟系列介绍了差异基因结果解读，那如何从众多差异基因中筛选出目标基因呢?下面小编以一篇文章为例，来看看如何缩小差异基因范围，使目标基因挑选更有针对性。教程：GO和pathway分析 目前有许多GO和pathway分析软件，GO分析软件有Avadis （商业软件）、BiNGO（开源java）、DAVID（基于web的工具）等，pathway分析... 阅3047 转40 评0 公众公开 17-09-19 01:25 |
手把手教你看富集分析结果之GO富集。下面我们认识一下GO富集分析的真面目。GO富集分析的结果主要有两种展现形式：柱状图和DAG（有向无环图），柱状图主要是对富集结果的统计，故在此我们主要挖掘反映GO term上下层级关系以及富集程度的DAG图，实例如下：图形的颜色反映了差异基因在GO term的富集程度，颜色越深富集越显著，红色最显著，黄色次... 阅69961 转302 评0 公众公开 17-09-19 01:24 |
你的GO富集分析图还是那么low爆了？说明：GO三大类别：BP（biological process），CC（cell component），MF（molecular function）z-score：表示BP（/MF/CC）是更可能下降（负值）或者升高（正值）logFC：基因倍数变化count：GO term包含的基因数adj p：校正的P值GO term，例如GO:0007507是heart development.3种颜色代表3大类（BP，CC，MF）... 阅8070 转44 评0 公众公开 17-09-19 01:23 |
#软件工具#基因批量注释到KEGG通路并获得彩色的通路图。本文介绍一个简洁的批量将基因/蛋白MAP到KEGG通路中，并在通路中标记出输入的基因，并且将标记后的KEGG通路批量下载到本地的方法。首先你需要有一个基因的ID列表/uniprot的ID列表/KO ID列表。2. 打开KEGG Mapper主页http://www.genome.jp/kegg/mapper.html，点击search&color pathway... 阅2710 转30 评0 公众公开 17-09-19 01:22 |
David告诉你可以绘制KEGG通路图。那么我们是不是可以这么认为，只要我们的差异基因富集在某个通路上，通过一些统计的计算方法被筛选了出来，同时又被给予注释，我们就凭借这些注释找到那些富集在该通路上的差异基因。这里可以发现我们基因所富集的通路按照P值由小到大排列下来（注：由于小编是随机挑选了数量较少的基因，所以最后的富集通路只... 阅382 转10 评0 公众公开 17-09-19 01:20 |
【数据挖掘专题四】GO富集分析。接着上一期，我们找到差异基因以后，我们希望找到这些差异基因的功能，看它富集在哪些功能上，我们就可以做一下GO的富集分析。通过对差异表达基因进行GO terms富集度统计学的分析，计算出差异基因GO term的p-value和p-value的FDR值（q-value），定位差异基因最可能相关的GO term。 阅393 转10 评0 公众公开 17-09-19 01:20 |
【数据挖掘专题四】寻找差异表达的基因。我们在专题二中讲了如何应用GEO2R的在线工具来帮助寻找差异基因，今天小编再教大家一招，如何使用gene spring来再次实现这个功能。首先我们点击右上角的Experiment grouping，然后选择Add Parameter。现在总共有32个样本，假设我们分为两组，分别为control和drug。先选择前16个样本，然后点击Assign val... 阅446 转12 评0 公众公开 17-09-19 01:19 |
【数据挖掘专题三】如何制作基因矩阵文件。今天我们继续给大家讲解如何通过应用gene spring这个软件给矩阵文件进行基因注释。首先我们不妨先用excel打开矩阵文件，如下图。那么，我们有没有办法将每个ID号所对应的基因名字在矩阵文件里进行注释，最终生成基因矩阵文件。到此，我们给矩阵文件完成了基因注释后，这为下一步通过R软件或gene sprin... 阅545 转12 评0 公众公开 17-09-19 01:18 |
【数据挖掘专题二】GEO——如何寻找差异表达的基因。这里，所有基因的排序是根据P.Val值从小到大依次排列的，P值越小，越有理由相信该基因在组与组之间存在差异表达，而adj.P.Val是经过校正后的P值，其意义与P值一样，但更加准确。基因芯片检测的时候，都会涉及到这些RNA，但他们中间有些要么不是基因，要么功能还没明确，甚至未被命名，所以一... 阅1376 转43 评0 公众公开 17-09-19 01:18 |
