| 共 18 篇文章 |
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热图以特殊高亮的形式显示访客热衷的页面区域和访客所在的地理区，用在RNA-seq中，热图可以表示图中某一个位置的基因的表达水平高低。每个比较组合都会得到一个差异基因集，将所有比较组合的差异基因集的并集在每个实验组/样品中的FPKM值，用于层次聚类、 K-means聚类和SOM聚类分析。聚类方式：双向聚类（如上图）可以根据某一基因在不同样本中... 阅12712 转85 评0 公众公开 18-12-18 18:57 |
RNA-seq中GO、KEGG结果图如何解读。本期咱们看看RNA-seq如何利用GO和KEGG数据库！KEGG Orthology（KO）是KEGG直系同源数据库，将各个KEGG注释系统联系在一起，将分子网络和基因组信息联系起来，根据直系同源关系，实现跨物种的基因组或转录组的功能注释。对于有参考基因组的物种，转录组测序获得的差异基因构建KEGG通路图时可以选择物种特异性... 阅871 转7 评0 公众公开 18-12-18 18:57 |
edgeR的线性模型和差异表达分析需要定义一个实验设计矩阵。library(edgeR)library(limma)group <- factor(c("control","KD","KD","control"))genelist <- DGEList(counts=raw_count_filt[,2:5], group = group)### filter base use CPMkeep <- rowSums(cpm(genelist) >0.5 ) >=2table... 阅3162 转10 评0 公众公开 18-12-15 16:51 |
mkdir -p RNA-Seq/matrix/for i in `seq 56 58`do htseq-count -s no -r pos -f bam RNA-Seq/aligned/SRR35899${i}_sorted.bam reference/gencode.v26lift37.annotation.sorted.gtf >RNA-Seq/matrix/SRR35899${i}.count 2> RNA-Seq/matrix/SRR35899${i}.logdone.甚至说如果不同来源的RNA-seq数据的构建文库都不一样该如何比较?不同来... 阅126 转1 评0 公众公开 18-12-15 15:52 |
关于RNA-seq数据集的小结1、reads：测序得到的小片段（类似：ATCCTA..GCTA）2、counts：与已知序列（基因）比对上的reads个数（为整数，可能是个位数也可能是几千，与基因表达情况和测序深度有关）3、由于不同基因的reads长度不同，从统计角度上看，需要采用FPKM或RPKM来排除随机抽样带来的偏倚。 阅359 转2 评0 公众公开 18-12-15 15:39 |
简单使用DESeq做差异分析 – 生信笔记。cds <- estimateSizeFactors(cds)cds <- estimateDispersions(cds)res <- nbinomTest(cds,"LC_1","LC_2")cds <- estimateDispersions(cds, method="blind", sharingMode="fit-only" )res <- nbinomTest(cds,"LC_1","LC_2")t... 阅1971 转7 评0 公众公开 18-12-15 13:08 |
答：1)首先某一基因可能比较长，但无参考基因组装出的片段即Unigene很难组装得到全长，得到的是这个基因上的大小不等的片段，在进行比对的时候就会比对到同一个基因上，因此他们的注释信息一致;2)从序列来看Unigene基因的序列相似度不高，但是因为比对的是蛋白，所以可能他们的蛋白相似度会比较高，因此会注释到同一基因上。Trinity软件认为这... 阅1188 转8 评0 公众公开 18-12-15 12:41 |
这篇文章概述了RNA-seq生物信息学分析的现行标准和现有资源，为人们提供了一份RNA-seq数据分析指南，可以作为开展RNA-seq研究的宝贵参考资料。对低表达的基因的定量仍是一个等待解决的问题; 三代测序技术，Smart-seq和Smart-seq2应用于转录组测序，所需要的样品量少，并且可以测定单细胞内的RNA表达水平; Pacbio 技术可以直接测得接近全长的转... 阅107 转1 评0 公众公开 18-12-15 12:37 |
RNA.RNA-seq 通过测定稳定状态下的RNA样品的序列来对RNA样品进行研究，从而避免了许多之前研究手段的不足，比如象基因芯片或者 PCR 就需要背景知识。现在的比对模板都是基因组模板，而不是真正的转录组模板，也就是说，这对本来就不是很长的短序来说，它很有可能是界于两个 exon之间。由于 RNA-seq 结果的离散性，人们一般都会使用统计模型来拟... 阅10258 转29 评0 公众公开 18-12-13 09:51 |
美国Illumina公司作为二代测序仪生产领先企业，自2006年进军基因测序市场以来，陆续发布了HiSeq，MiSeq，NextSeq等一系列测序仪器，下面小编就为大家盘点下Illumina公司的各型号测序仪，看看你最中意哪一款~代表仪器：HiSeq X系列——HiSeq X Five，HiSeq X Ten.MiSeq系列在微生物多样性分析、宏基因组测序、转录组de novo测序、微生物基因组测... 阅647 转3 评0 公众公开 18-12-11 19:24 |
