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LncRNA与癌症：最全LncRNA明星分子总结。通过肿瘤样本的全基因组关联研究发现了大量的与各种类型癌症相关的LncRNAs。德克萨斯大学基因调控与表观遗传学研究实验室的Arunoday Bhan等人不久前在Cancer Research杂志发表题为“Long Noncoding RNA and Cancer:A New Paradigm”的综述文章（图1），总结统计了前列腺癌、乳腺癌、肺癌、肝癌、胰腺癌... 阅1 转自BioWorld 公众公开 20-11-25 10:35 |
lncRNA宝刀不老。再说回技术上，我们平常做lncRNA的注释和功能富集时，一直缺少一个像做基因富集分析时那样的sets，对lncRNA进行功能富集分析时常需要做lncRNA与基因间的共表达，然后再根据共表达的基因去做富集分析。在Search模块，大家可以直接在输入栏里输入lncRNA名（兼容多种ID）来了解输入的lncRNA属于18个类型中的哪个分类，以此进一步... 阅42 转0 评0 公众公开 20-11-18 11:46 |
TANRIC提供查询和分析两大功能，提供每个样品lncRNA表达量信息，可供分析表达量与临床指标、耐药性和预后相关性，可以针对候选lncRNA(已注释或任何用户自定义lncRNA)与功能基因mRNA或miRNA之间的相关性进行预测，还提供不同肿瘤中lncRNA表达谱的Heatmap可视化结果。TANRIC这部分数据提供lncRNA与每个micRNA或mRNA之间的相关性结果，可据此推断... 阅242 转8 评0 公众公开 20-11-18 11:45 |
(2)LncRNA全长克隆 可以通过5RACE获取lncRNA 5全长，3RACE获取lncRNA 3全长，最终拿到完整的lncRNA序列。功能缺失性研究：可通过siRNA、shRNA、反义核酸等方法沉默lncRNA，干预 lncRNA后检测其对疾病相关基因表达影响和对细胞表型如增值、凋亡、侵袭、转移等的影响。可通过RNA pull down、RNA-RIP、ChIRP-seq等方法检测与lncRNA结合的DNA、RNA... 阅2 转自lwanghong... 公众公开 18-10-06 16:27 |
如何预测lncRNA的结合蛋白？2. 如何寻找lncRNA的结合蛋白？2. 一篇名为《Identification of novel long non-coding RNAs in clear cell renal cell carcinoma》的文章通过lncRNA芯片（透明细胞肾细胞癌 vs 癌旁）和PCR验证筛选出11个差异倍数较高的lncRNA， 然后通过生物信息学预测lncRNA-蛋白（catRAPID omics）相互作用，并对预测出的蛋白进... 阅264 转0 评0 公众公开 18-10-05 22:25 |
lncRNA介绍专题：lncRNA与疾病。长非编码RNAs（lncRNAs）活性的改变与microRNAs的调控有关。尽管这些特征暗示了lncRNA在β细胞基因调节和糖尿病中的作用，但β细胞lncRNA功能在很大程度上未知。经OGD处理后,PC12细胞中BC088414、Adrb2和Casp6 m RNA表达水平较常氧组均明显增加（P〈0.05）;抑制BC088414表达,可导致PC12细胞中Adrb2和Casp6 m RNA... 阅3 转自微笑如酒 公众公开 18-10-05 17:37 |
如何查lncRNA序列？我们以前介绍过lncRNA的命名方式（（策略篇）lncRNA命名的五种方式），我们知道lncRNA的命名方式比较多，所以lncRNA会以各种名字出现，我们也可能用到各种数据库。当然，有很多lncRNA在这个数据库中没有收录，所以一般我们用来查用的最多的lncRNA。比如lncRNA AF147447就是一条相对很新的lncRNA：这里需要注意的是UCSC检索的... 阅2 转自微笑如酒 公众公开 18-10-05 17:31 |
研究 | 被忽略的lncRNA与癌症。Cell子刊《Trands in cancer》的一篇综述讲述了lncRNA在癌症中的作用，lncRNA在癌症中显示出多种生物学功能：包括表观遗传调控、DNA损伤和细胞周期调控、对microRNA的调控、参与信号转导通路和介导激素导致的癌症。长非编码RNA(lncRNAs)在癌症中的生物学功能,包括表观遗传调控、DNA损伤和细胞周期控制，对microRN... 阅126 转2 评0 公众公开 18-10-05 17:29 |
《相约2015NSFC》之疾病相关lncRNA研究策略。3. lncRNA与疾病。lncRNA功能。目前lncRNA研究主流的数据分析包括表达差异lncRNA分析、新lncRNA预测、lncRNA-mRNA共表达网络构建等，高级分析包括基因融合、RNA编辑、SNP分析、lncRNA功能预测等内容。完成lncRNA功能及调控机制的研究后，可基本确认lncRNA从哪里来，到哪里去，接下来需要结合研究目... 阅111 转1 评0 公众公开 18-10-05 16:40 |
《相约2015NSFC》之疾病相关lncRNA研究策略。参与mRNA转录后调控的主要为antisense lncRNA，在mRNA可变剪切调控过程中，antisense lncRNA会与mRNA互补区域结合，影响某些剪切位点募集剪切体，控制mRNA剪切过程，同时也会对RNA编辑（A-to-I）产生影响。总结起来，虽然关于lncRNA调控作用已经有很多研究，但目前还有很多关键问题没有解决，比如说... 阅147 转6 评0 公众公开 18-10-05 16:40 |
